Microarray Bioinformatic 工具和資料庫聯機
Microarray Bioinformatic 用工具加工聯機。資料分析聯機。基因Ontology 。去。成群。統計資料軟體聯機。列陣和芯片資料庫Db 。
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組織Microarray Bioinformatics (3) |
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| microarray 熱忱的資料庫PDF 的一個全球評估 - http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/tools/download/data_management_en.pdf microarray 熱忱的資料庫的一個全球評估。PDF 。Sophie Lemoine 。- [讀 更多] |
| 酸 - http://bioinfo.thep.lu.se/acid.html 列陣克隆資訊資料庫(酸) 是一種搜查的資源對於關於人、滑鼠, 和匯率DNA 克隆的資訊。各克隆包含關於被分配的UniGene cluster(s) 的資訊, 地點在全長抄本, 被分配基因ont - [讀 更多] |
| Affymetrix NetAffx 分析中心 - http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx 允許GeneChip 列陣結果的相關性以列陣設計和註釋資訊; 提供存取對於列陣目錄資訊, 包括探針順序和基因註釋; 自由註冊必需。- [讀 更多] |
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ArrayExpress - http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 公共程式庫為microarray 基於的基因表達資料; 包含數curated 基因表達資料集。- [讀 更多] |
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ArrayPipe - http://koch.pathogenomics.ca/cgi-bin/pub/arraypipe.pl ArrayPipe 允許用戶自定義一條處理管道為對microarray 資料的分析。包括方法為對幻燈片、資料形象化、有差別地表達的基因的正常化, 和檢測的質量鑒定。輸出包括repor - [讀 更多] |
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ArrayProspector - http://string.embl-heidelberg.de:8080/prophecies_html/prophecies.html ArrayProspector 是一套被預言的功能關聯在從microarray 表達式資料被推斷了從Standford Microarray 資料庫的基因之間。用戶能尋找基因被鏈接查詢或連結在二個基因之間。- [讀 更多] |
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ArrayXPath - http://www.snubi.org/software/ArrayXPath/ ArrayXPath 是一個基於網際網路的服務為匹配microarray 基因表達式配置文件以已知的生物路。輸入是一個成群的基因表達式配置文件在一種製表符被劃定的文本格式。輸出包括路繪製。- [讀 更多] |
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基礎- BioArray 軟體環境 - http://base.thep.lu.se/ 基礎- BioArray 軟體環境。根據一個自由基於網際網路的資料庫解決方法為大資料由microarray 分析生成。發行在GNU 公眾許可證之下。- [讀 更多] |
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BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ 批對同邊管理地區的提取和分析(BEARR) 採取基因標識(譬如RefSeq 和Unigene 身份證), 公眾輿論模式, 和(選項) 位置重量矩陣列表作為輸入和回歸符合列表為模式在bot - [讀 更多] |
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賓果遊戲 - http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/ 賓果遊戲是一個基於Java 的工具確定哪個基因Ontology (去) 類別是統計overrepresented 在一套基因或一個生物網路的subgraph 。- [讀 更多] |
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Bioconductor - http://www.bioconductor.org/ Bioconductor 是打算為對genomic 資料的分析提供存取對於大範圍強有力的統計和圖解方法的一個未結來源和未結開發軟體項目。- [讀 更多] |
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BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ 掃描upstream.of 基因在同樣基因表達字符串為管理順序主題使用Gibbs 採樣方法的伺服器。Markov 背景設計被使用為非主題基礎, 改進被預言的主題地點特異性。- [讀 更多] |
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建立您自己的arrayer - http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/index.html MGuide (版本2.0) 。布朗實驗室完成指南對於microarraying 為分子生物學家。- [讀 更多] |
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加拿大Microarray 資源 - http://kinase.uhnres.utoronto.ca/CanArrays.html 加拿大microarray 中心聯絡資訊、可用性和專門技術; 包括提供DNA 或oligonucleotide 被察覺的列陣和其它服務的實驗室, 並且可能分析的實驗室核糖核酸與Affymetrix 切削。- [讀 更多] |
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CARRIE - http://zlab.bu.edu/CARRIE
萬維網 分析microarray 的伺服器並且促進者順序資料關聯了對特定刺激的一種回應。在分析以後一個潛在transcriptional 管理網路被創建。CARRIE 並且確定哪個副本系數是可能的invol - [讀 更多] |
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CIBEX - http://cibex.nig.ac.jp/ 資訊生物基因表達資料庫的中心(CIBEX) 是一個公共程式庫為基因表達實驗資料。資料庫系統是服從以MIAME 標準。- [讀 更多] |
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握緊 - http://www.personal.psu.edu/faculty/n/h/nhs109/Clench/ 一個程式為計算字符串充實分析和表達式的聯合形象化, 註釋和副本析因束縛位置資料使用基因Ontology 。- [讀 更多] |
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CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ 嘗試辨認所有主題的伺服器與基因關係了被預言對共用管理要素。它修改Gibbs 採樣通過偏心的搜索往被保存的順序橫跨多個種類。- [讀 更多] |
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CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl 被保存的副本系數束縛位置定位程式(CONFAC) 採取人的基因名字和標識列表作為輸入, 和他們與他們的滑鼠orthologues 比較辨認被保存的副本系數束縛位置。詳細資訊從t - [讀 更多] |
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大衛 - http://david.niaid.nih.gov/ 資料庫為註釋、形象化和聯合發現(大衛) 是提供的一個基於網際網路的工具聯合解決方法為註釋和分析染色體稱資料集從高生產量技術被派生譬如microarray 和proteo - [讀 更多] |
| 定義Transcriptional 程式在血管內皮 - http://www.vessels.bwh.harvard.edu/ 這個網站包含microarray 分析軟體(阿格斯和Z 水池), 一個內皮細胞的電池表達式資料庫, 和其它資源與血管內皮研究有關。看PubMed 摘要對於更多資訊。- [讀 更多] |
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Doelan - http://www.transcriptome.ens.fr/doelan/ Doelan 是工具被設計監控DNA microarray 生產的質量。- [讀 更多] |
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舒適 - http://david.niaid.nih.gov/david/ease.htm 有用為總結主要生物"題材" 一個指定的基因列表。從基因列表從microarray 或其他染色體稱實驗, 舒適能迅速地計算在表示法統計資料為每個可能的基因Ontology 術語與錸- [讀 更多] |
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ermineJ - http://microarray.genomecenter.columbia.edu/ermineJ/ ermineJ 是為對基因集的分析的一個工具(用戶定義或那些被定義是術語) 在表達式資料。軟體被設計由生物學家使用以一點點或沒有資訊學背景。指令線路界面是可利用的為- 的用戶 [讀 更多] |
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ExpressDB - http://arep.med.harvard.edu/ExpressDB/ ExpressDB - 關係資料庫包含酵母和E. 桿菌核糖核酸表達式資料。- [讀 更多] |
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表達式Profiler - http://www.ebi.ac.uk/expressionprofiler/ 表達式Profiler 是一個萬維網基於的平臺為microarray 資料分析被開發在EBI 。這種資源集成以ArrayExpress 資料庫, 一個公共程式庫為microarray 資料。- [讀 更多] |
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基因表達資料分析程式 - http://bioinformatics.upmc.edu/GE2/GEDA.html 基因表達資料分析程式(GEDA) 是為發現有差別的基因表達的一個工具在一個子集患者。它為專門製作與癌症相關的microarray 研究和提供廣泛的選項為形象化、分類和正常化。- [讀 更多] |
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GeneX Lite:: 基因表達Lite - http://www.ncgr.org/research/genex/ GeneX Lite - 客戶機軟體應用提供界面對關係資料庫managment 系統(RDBMS) 。申請界面允許用戶裝載, 管理, 分析, 形象化和查詢基因表達資料。RDBMS 提供資料和analysis/visualization 結果的存貯。免費下載。NCGR.org - [讀 更多] |
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GenMAPP - http://www.genmapp.org/ GenMAPP (基因MicroArray 路Profiler) 是一個microarray 表達式資料形象化工具, 允許資料被觀看在映射代表基因分組和生物路。- [讀 更多] |
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GEO - 基因表達多項 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/ 基因表達多項: - GEO 是基因expression/molecular 豐盈程式庫支持MIAME 服從的資料提交, 並且a curated, 聯機資源為基因表達資料瀏覽, 查詢和檢索。NCBI - [讀 更多] |
| GEO - 基因表達多項 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 基因表達和雜交列陣資料貯藏室; 聯機資源為基因表達資料檢索從任何有機體或人為來源。- [讀 更多] |
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GEPAS - http://www.gepas.org/ 基因表達模式分析套件(GEPAS) 是工具的一件收藏品為對microarray 資料的分析的包括資料預處理, 成群, 範例比較, 資料採集根據去術語(FatiGO), 和annnotation 。並且被包括工具- [讀 更多] |
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GFINDer - http://www.medinfopoli.polimi.it/GFINDer/ 染色體功能聯合發現者(GFINDer) 採取gene/clone 身份證列表以分類資訊作為輸入, 和允許用戶描繪不同的基因組在列表使用各種各樣的型的註釋從幾不同- [讀 更多] |
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目標 - http://microarrays.unife.it/ 基因Ontology 自動化的詞典(目標) 是為對資料的功能分析的一個工具從賢哲和microarray 實驗。基因Ontology 用語被使用作為基本類型為統計分析。- [讀 更多] |
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GoMiner - http://discover.nci.nih.gov/gominer/ GoMiner 組織和允許大套的形象化基因根據基因Ontology 分類。- [讀 更多] |
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GoSurfer - http://www.biostat.harvard.edu/complab/gosurfer/ GoSurfer 是為形象化和比較基因集的一個工具由映射他們基因Ontology (去) 資訊以一個等級制度的結構樹的形式。它是有用的為調查microarray 分析或染色體寬計算的結果。- [讀 更多] |
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GridGrinder - http://gridgrinder.sourceforge.net/ 軟體為microarray 圖像分析。- [讀 更多] |
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HuGEIndex 資料庫 - http://www.biotechnologycenter.org/hio/databases/index.html HuGEIndex 資料庫。- [讀 更多] |
| 羯磨 - http://biryani.med.yale.edu/karma/cgi-bin/mysql/karma.pl 羯磨(Keck 列陣經理和Annotator) 允許您比較和附註您自己的microarrays 反對其它可利用的列陣。列陣比較可能達到在同樣種類之內以及橫跨種類(列陣比較根據UniGene Clu - [讀 更多] |
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M-CHiPS - http://www.dkfz-heidelberg.de/mchips/ 多有條件雜交強度處理系統。資料儲藏的概念那重點在提供結構為對microarray 資料庫的整個要素的統計分析包括實驗註釋。- [讀 更多] |
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MatchMiner - http://discover.nci.nih.gov/matchminer/ MatchMiner 是工具比較和轉換基因標識。用戶能轉換標識唯一或列表從一份表單到另一個, 或比較標識二個列表作為公用基因參考。- [讀 更多] |
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maxd - http://www.bioinf.man.ac.uk/microarray/maxd/ maxd - 一個資料倉庫和形象化環境為genomic 表達式資料maxdLoad2, maxdView 。- [讀 更多] |
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MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ 伺服器設計精確定位蛋白質Dna 交往站點在基本的成對級。用途芯片排列資料、詞列舉和位置特定重量矩陣更新尋找主題代表這些交往站點。- [讀 更多] |
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MedMiner - http://discover.nci.nih.gov/textmining/ MedMiner 可能使用選擇基因從microarray 集根據GeneCards 資訊。根據基因選擇了一能然後搜索PubMed 摘要使用已知的基因同義詞和其它用戶指定的搜索參數。PubMed 搜索罐頭並且- [讀 更多] |
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MIAMExpress - http://www.ebi.ac.uk/microarray/MIAMExpress/miamexpress.html MIAME (關於一個microarray 實驗的極小的資訊) 服從的microarray 資料提交工具。- [讀 更多] |
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Microarray 基因表達資料庫 - http://www.mged.org 組促進一個國際程式庫的發展為基因表達資料和實驗和資料庫標準被要求為這樣努力。- [讀 更多] |
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MicroArray 項目系統(映射) - http://dir.niehs.nih.gov/microarray/software/maps/ MicroArray 項目系統(映射) 。映射是一個MicroArray 項目系統為microarray 基因表達實驗資料的管理和解釋。NIEHS - Microarray 組- [讀 更多] |
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NHGRI Micorarray 項目 - http://www.nhgri.nih.gov/DIR/Microarray/main.html 協議、分析和資源; 疾風反對15K 集合DNA 圖書館克隆(從15,000 個人的UniGene 字符串; 克隆是可利用的) 。- [讀 更多] |
| 遊牧人 - http://ucsf-nomad.sourceforge.net/ 遊牧人。軟體一個未結來源系統為存儲和查詢microarray 實驗資料的結果。UCSF 遊牧人- [讀 更多] |
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Oligodb - http://oligodb.charite.de/ Oligodb 生成oligos 適當為表達式實驗根據被預言的基因抄本從Ensembl 項目。你可能尋找抄本通過關鍵字, 或做批搜索由提供Ensembl 標識列表。- [讀 更多] |
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工具 - http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html 工具是工具套件為資料採集的根據資訊從基因Ontology (去) 。有差別地表達的基因列表功能分組可能被創建使用表達。包含為估計功能偏心的工具為套- [讀 更多] |
| Ontologizing 基因表達式microarray 資料: - http://www.charite.de/ch/medgen/ontologizer/ 提供對基因表達式microarray 資料的字符串分析的結果針對功能的概覽根據基因Ontology 術語和關聯的一個基於XML 的Java 申請被描述。申請生成一超文字標記語言頁與listi - [讀 更多] |
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POBO - http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi:9801/pobo 一臺伺服器為副本系數束縛位置主題的檢測、比較和證明在促進者。POBO 引導分析適用了於co 被調控的基因一兩個字符串檢測主題在表示法之下的極端級別。- [讀 更多] |
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ProbeLynx - http://www.pathogenomics.ca/probelynx 使用genomic 順序資料當前釋放, ProbeLynx 允許用戶估計探針順序特異性被使用為microarray 實驗。用戶提供探針順序在FASTA 或製表符被劃定的格式化, 並且ProbeLynx 報告特異性- [讀 更多] |
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RAB - 核糖核酸豐盈資料庫 - http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php RAB - 核糖核酸豐盈資料庫- [讀 更多] |
| 讀: RIKEN 表達式列陣資料庫 - http://read.gsc.riken.go.jp/ Bono 、H. 、Kasukawa 、T. 、Hayashizaki 、Y., 和岡崎, Y. 讀: RIKEN 表達式列陣資料庫核酸研究, 30, 211-213 (2002) 。- [讀 更多] |
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研究Assistan II - http://chembank.broad.harvard.edu ChemBank 是一個公共, 基於網際網路的資訊學環境由寬廣的學院的化工生物程式創建。這個知識環境自由地包括可利用的資料從小分子和小分子屏幕被派生。ChemBank 意欲引導化學家綜合新穎的化合物或圖書館, 對協助生物學家尋找心緒不寧特定生物路的小分子, 並且摧化藥物獵人發現新建和有效醫學的進程。- [讀 更多] |
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Resourcerer - http://www.tigr.org/tigr-scripts/magic/r1.pl 為相互參照microarray 資料的工具派生了從另外種類和橫跨不同的表達式分析平臺。編譯使用對ESTs 、TIGR 基因索引(TGI), 和Eukaryotic 基因Orthologs (自我) 資料庫的分析。- [讀 更多] |
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ScanAlyze, 字符串, TreeView - http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm Eisen 實驗室軟體為microarry 圖像加工, 分析和形象化; 可利用為下載對視窗平臺唯一; 釋放以註冊至於非商業使用。- [讀 更多] |
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來源 - http://source.stanford.edu 斯坦福聯機普遍資源為克隆和ESTs 公共合併可利用的資料公用被尋找為任一個克隆、GenBank 增加, 或基因從人, 滑鼠, 匯率。- [讀 更多] |
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斯坦福Microarray 資料庫(SMD) - http://genome-www5.stanford.edu/ SMD 存儲未加工和正常化的資料從microarray 實驗, 並且他們對應的圖像文件。另外, SMD 為資料檢索、分析和形象化提供界面。- [讀 更多] |
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TIGR 軟體工具 - http://www.tigr.org/software/ 打開來源軟體包列表可利用為從學院解脫為Genomic 研究(TIGR) 。- [讀 更多] |
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
