Microarray Types and Info Microarray Typer och Info

Using Microarrays Använda Microarrays

menu

Tissue Microarrays Tissue microarrays

Tissue Microarrays an Introduction : Tissue microarrays en introduktion:

Tissue microarrays (TMAs) are used to analyze the expression of genes simultaneously in multiple individual tissue samples on one slide. Tissue microarrays (TMAs) används för att analysera uttrycket av gener samtidigt i flera enskilda vävnadsprover i en bild. TMAs are composed of small 0.6 - 3.0 mm cores of tissue from donor tissue paraffin blocks which are arrayed at a high density on a slide. TMAs är sammansatt av små 0,6 - 3,0 mm hylsor av vävnad från givare vävnad paraffinblock som är samlade på en hög densitet på ett objektsglas.

tissue microarray

Technology Insight: identification of biomarkers with tissue microarray technology Jena M Giltnane and David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111 Technology Insight: identifiering av biomarkörer med tissue microarray-teknik Jena M Giltnane och David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111

Tissue Microarrays have allowed tissue traditional analysis of conventional histologic paraffin blocks to become miniturized and high-throughput. Tissue microarrays ha tillåtit vävnad traditionell analys av konventionella histologisk paraffinblock att bli miniturized och hög genomströmning.

Histochemical and molecular detection techniques can be used on the TMA slides, and thus allow TMAs to be powerful tools to examine gene expression profiling in disease states across a variety of patients and disease conditions. Histochemical och molekylära detekteringsmetoder kan användas på TMA diabilder, och därmed möjliggöra TMAs att vara ett kraftfullt verktyg för att undersöka gene expression profiling i sjukdom över en mängd olika patienter och sjukdomstillstånd.

Tissue Microarray Contents Tissue microarray Innehåll

TMA Introduction TMA Inledning

Characteristics of Tissue Arrays Kännetecken för Tissue Arrays

Tissue Microarray Synthesis Tissue microarray Synthesis

Applications Ansökningar

Advantages of TMAs Fördelar med TMAs

Types of Tissue Arrays Typer av Tissue Arrays

Analysis Software Analysis Software

Tissue Chip References Tissue Chip Referenser

Characteristics of Tissue Microarrays : Characteristics of tissue microarrays:

Tissue Microarray Synthesis : Tissue microarray Sammanfattning

Tissue Microarrays are produced using a microtome which sections tissue into 4 - 5 micrometer sections (see figure 1 above). Tissue microarrays produceras med hjälp av en microtome vilka avsnitt vävnad i 4 - 5 mikrometer sektioner (se figur 1 ovan). These core tissue biopsy sections are taken from specific areas of interest from paraffin-embedded tissue blocks.  These cynlindrical cores of tissue are re-embedded into an arrayed blank recipient blocks. Dessa grundläggande tissue biopsy avsnitt är hämtade från specifika områden av intresse från paraffin-inbäddad vävnad block. Cynlindrical borrkärnor vävnad är åter inbäddat i ett ordnade tom mottagaren block. Using this method, more than 500 tissue cores can be arrayed on a single slide! Med den nya metoden, mer än 500 vävnad hylsor kan vara samlade i en enda bild! The master block was developed by Konenen et al. Befälhavaren blockera utvecklades av Konenen et al.

Applications of Tissue Microarrays : Ansökningar av tissue microarrays:

TMA

Advantages of Tissue Arrays or Tissue Chips : Fördelar med Tissue Arrays eller Tissue Chips:

Types of Tissue Microarrays : Typer av tissue microarrays:

Cryo - Tissue Microarrays : Cryo-TMAs uses frozen tissues which are embedded in an optimal cutting temperature compound. Cryo - tissue microarrays: Cryo-TMAs använder frysta vävnader som är inbäddade i en optimal skärning temperatur förening. These cryo-TMAs due to their freezing are superior to formalin fixed tissues for RNA and protein analysis. Dessa cryo-TMAs på grund av sin frysning är överlägsna formalin fasta vävnader för RNA och protein analys. Also, antibodies work much betterl with frozen tissues. Även antikroppar arbeta mycket betterl med frysta vävnader.

Multi-tumours Tissue Microarrays : multi-tumour TMAs have many different types of tissues aligned on the slide. Multi-tumörer tissue microarrays: multi-tumör TMAs har många olika typer av vävnader anpassas på bilden. The technique was first used by Kononen et al., 1998. Kononen used this type of TMA to detect 6 gene amplifications. Tekniken användes första gången av Kononen et al., 1998. Kononen används denna typ av TMA att upptäcka 6 gen amplifications. p53 expression was also examined in breast cancer tissue. p53 uttryck undersöktes också i bröstcancer vävnad.

Progression Tissue Microarrays : This type of tissue microarray examines different stages of tumour (or disease) progression within a given organ. Progression tissue microarrays: Denna typ av tissue microarray undersöker olika stadier av tumör (eller sjukdom) progression inom ett visst organ. For example, examination of tumours in the breast. Exempelvis granskning av tumörer i bröstet. These slides can then be assayed for markers of interest, or biochemical analysis of the samples can be done. Dessa bilder kan sedan analyseras för markörer av intresse, eller biokemiska analyser av de prover som kan göras.

Prognosis Tissue Microarrays : Disease samples such as tumour biopsies can be taken from patients and examined. Prognos tissue microarrays: Disease prover såsom tumör biopsier kan tas från patienter och undersökas. These samples can be used for clinical follow-ups to monitor the patient's progression. Dessa prover kan användas för kliniska uppföljningar för att kontrollera patientens progression. Data is then analyzed and compared with other clinical data. Uppgifterna används sedan analyseras och jämföras med andra kliniska data.

Tissue Microarray Software and Bioinformatics : Tissue microarray Software och bioinformatik:

Software Tools for High-Throughput Analysis of Tissue Microarrays: Image Archiving and Data Analysis Mjukvara för kombinatorisk Analys av tissue microarrays: arkivering av bilder och Dataanalys

Contains the following software: Innehåller följande program:

TMA-Deconvoluter and Stainfinder. TMA-Deconvoluter och Stainfinder. The deconvoluter converts raw scoring worksheets from the 3-D Tissue Microarray layout into a 2-D tabulated table format suitable for further data analysis. Den deconvoluter konverterar raw scoring kalkylblad från 3-D tissue microarray layout till en 2-D tabellen tabellen format lämpligt för vidare analys av data.

Tissue Array Data Analysis : Software to creating an interactive database for TMA image viewing and data input. Tissue Array Data Analysis: Mjukvara för att skapa en interaktiv databas för TMA bild visning och inmatning av data.

TAD : Tissue Array Database Software for Download. TAD: Tissue Array databasprogramvara för nedladdning.

TMAJ : set of software tools used to manage Tissue MicroArray (TMA) data and information.. TMAJ: uppsättning mjukvaruverktyg som används för att hantera tissue microarray (TMA) data och information ..

Original Tissue Microarray Reference Papers: Original tissue microarray Referens Papers:

Battifora H: The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing. Battifora H: multitumor (korv) vävnad block: ny metod för immunohistochemical antikroppstestning. Lab Invest 1986, 55:244-248. Lab Invest 1986, 55:244-248.

Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays för hög kapacitet för molekylär profilering av tumören ark. Nat Med 1998, 4:844-847. Nat Med 1998, 4:844-847.