A global evaluation of microarray dedicated databases. En övergripande utvärdering av microarray särskilda databaser. PDF. Sophie Lemoine. Sophie Lemoine. - [ Read more ] -- [Läs mer]

The Array Clone Information Database (ACID) is a searchable resource for information about human, mouse, and rat cDNA clones. Matrisen Klona Information Database (sur) är en sökbar resurs för information om mänskliga, mus och råtta cDNA kloner. Each clone contains information about the assigned UniGene cluster(s), location in the full-length transcript, assigned gene ont - [ Read more ] Varje klon innehåller information om tilldelade UniGene cluster (s), plats i full längd utskrift, tilldelats gen ont - [Läs mer]

Allows correlation of GeneChip array results with array design and annotation information; provides access to array content information, including probe sequences and gene annotations; free registration is required. Låter korrelation av GeneChip array resultat med array design och notering information, ger tillgång till array innehåll information, inklusive prob-sekvenser och genterapi kommentarer, gratis registrering krävs. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Public repository for microarray based gene expression data; contains several curated gene expression datasets. Offentlig mötesplats för microarray baserad gene expression data, innehåller flera curated genuttryck datamängder. - [ Read more ] -- [Läs mer]

ArrayPipe allows users to customize a processing pipeline for the analysis of microarray data. ArrayPipe tillåter användare att skräddarsy en behandling rörledning för analys av microarray-data. Includes methods for quality assessment of slides, data visualization, normalization, and detection of differentially expressed genes. Innefattar metoder för kvalitetsbedömning av diabilder, data visualisering, normalisering, och upptäcks av olika gener uttrycks. Output consists of repor - [ Read more ] Produktionen består av rapporten - [Läs mer]

ArrayProspector is a set of predicted functional associations between genes that have been inferred from microarray expression data from the Standford Microarray Database. ArrayProspector är en uppsättning förutspådde funktionella samband mellan gener som har härledas från microarray expression data från Standford Microarray Database. Users can search for genes linked to query or for links between two genes. Användare kan söka efter gener att fråga eller för kopplingar mellan två gener. - [ Read more ] -- [Läs mer]

ArrayXPath is a web-based service for matching microarray gene-expression profiles with known biological pathways. ArrayXPath är en webbaserad tjänst för matchning microarray gene-expression profiler med kända biologiska spridningsvägar. Input is a clustered gene-expression profile in a tab-delimited text format. Input är grupperat gen-expression-profil i en tabbavgränsad text format. Output includes pathway diagrams. Produktionen omfattar pathway scheman. - [ Read more ] -- [Läs mer]

BASE - BioArray Software Environment. BASE - BioArray Software Environment. BASE a free web-based database solution for the massive data generated by microarray analysis. BASE en kostnadsfri webbaserad databas lösning för den omfattande data som genereras av microarray analysis. Released under GNU General Public License. Utgivna under GNU General Public License. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Batch Extraction and Analysis of cis-Regulatory Regions (BEARR) takes a list of gene identifiers (such as RefSeq and Unigene IDs), consensus patterns, and (optionally) a position weight matrix as input and returns a list of matches for the patterns in bot - [ Read more ] Batch Extraction och Analys av cis-Regulatory Regionkommittén (BEARR) tar en lista med genterapi kännetecken (t.ex. RefSeq och Unigene IDs), samförstånd mönster, och (valfritt) en position vikt matris som indata och returnerar en lista med matcher för mönster i bot - [Läs mer]

BiNGO is a Java-based tool to determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically overrepresented in a set of genes or a subgraph of a biological network. Bingo är ett Java-baserade verktyg för att avgöra vilka Gene Ontology (GO) kategorier är statistiskt överrepresenterade i en uppsättning av gener eller en subgraph av ett biologiskt nätverk. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Bioconductor is an open source and open development software project that aims to provide access to a wide range of powerful statistical and graphical methods for the analysis of genomic data. BioConductor är en öppen källkod och öppen utveckling mjukvara projekt som syftar till att ge tillgång till ett brett utbud av kraftfulla statistiska och grafiska metoder för analys av genetiska data. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Server which scans upstream of genes in the same gene expression cluster for regulatory sequence motifs using a Gibbs sampling strategy. Server som skannar uppströms av gener i samma genuttryck klustret för tillsynen sekvens av motiv med hjälp av en Gibbs sampling. The Markov background model is used for non-motif bases, improving specificity of predicted motif locations. Den Markov bakgrund modellen används för icke-motiv baser, förbättra specificitet förutspådde motiv platser. - [ Read more ] -- [Läs mer]

The MGuide (version 2.0). Den MGuide (version 2.0). The Brown Labs complete guide to microarraying for the molecular biologist. The Brown Labs komplett guide till microarraying för molekylär biolog. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Contact information, availabilities and expertise of Canadian microarray centres; includes labs that supply cDNA or oligonucleotide spotted arrays and other services, and labs that can analyse RNA with Affymetrix chips. Kontakt information, tillgänglighet och expertis av kanadensiska microarray; omfattar labs som levererar cDNA eller oligonucleotide fläckig matriser och andra tjänster, och laborationer som kan analysera RNA med Affymetrix marker. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Server which analyzes microarray and promoter sequence data associated with a response to a specific stimulus. Server som analyserar microarray och promotor sekvens data förknippade med ett svar på ett specifikt stimulus. After analysis a potential transcriptional regulatory network is created. Efter analys en potentiell transkriptionell reglering nätverk skapas. CARRIE also determines which transcription factors were likely invol - [ Read more ] CARRIE också bestämmer vilka transkriptionsfaktorer var sannolikt omfattar - [Läs mer]

The Center for Information Biology gene EXpression database (CIBEX) is a public repository for gene expression experimental data. Center for Information Biologi genuttryck databasen (CIBEX) är ett offentligt arkiv för genuttryck experimentella data. The database system is compliant with the MIAME standard. Databasen systemet är kompatibelt med MIAME standard. - [ Read more ] -- [Läs mer]

A program for calculating cluster enrichment analysis and integrated visualization of expression, annotation and transcription factor binding site data using the Gene Ontology. Ett program för beräkning av klustret anrikning analys och integrerad visualisering av uttryck, annotation och transkriptionsfaktor bindningsställe uppgifterna med hjälp av Gene Ontology. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Server which attempts to identify any motifs related to genes predicted to share regulatory elements. Server där man försöker identifiera eventuella motiv med anknytning till gener förutspådde att dela reglerande element. It alters Gibbs sampling through biasing searches towards conserved sequences across multiple species. Det ändrar Gibbs sampling genom polarisering sökningar mot bevarade sekvenser för flera arter. - [ Read more ] -- [Läs mer]

The Conserved Transcription Factor Binding Site Finder (CONFAC) takes a list of human gene names and identifiers as input, and compares them with their mouse orthologues to identify conserved transcription factor binding sites. De bevarade transkriptionsfaktor Bindande Site Finder (CONFAC) tar en lista över mänsklig gen namn och kännetecken som indata och jämför dem med musen orthologues att identifiera bevarade transkriptionsfaktor bindningsställen. Further information from t - [ Read more ] Ytterligare information från t - [Läs mer]

Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) is a web-based tool that provides integrated solutions for the annotation and analysis of genome-scale datasets derived from high-throughput technologies such as microarray and proteo - [ Read more ] Databas för uppmärkning, visualisering och integrerade Discovery (David) är ett webbaserat verktyg som erbjuder integrerade lösningar för kommentaren och analys av genomet skala dataset som härrör från kombinatorisk teknik såsom microarray och proteo - [Läs mer]

This website contains microarray analysis software (Argus and Z-pool), an Endothelial Cell Expression Database, and other resources related to Vascular Endothelium research. Den här webbplatsen innehåller microarray analysis software (Argus och Z-poolen), en endotelcell Expression Database, och andra resurser som rör vascular endothelium forskning. See the PubMed abstracts for more information. Se PubMed abstrakt för mer information. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Doelan is an tool designed to monitor the quality of DNA microarray production. Doelan är ett verktyg utformat för att övervaka kvaliteten av DNA microarray. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Useful for summarizing the predominant biological "theme" of a given gene list. Användbar som sammanfattar den dominerande biologiska "tema" i en viss gen lista. From a list of genes from microarray or other genome-scale experiments, EASE can rapidly calculate over-representation statistics for every possible Gene Ontology term with re - [ Read more ] Från en lista med gener från microarray eller andra genome-scale experiment, lätthet kan snabbt räkna ut över-representation statistik för alla tänkbara Gene Ontology sikt med re - [Läs mer]

ermineJ is a tool for the analysis of gene sets (user defined or those defined by GO terms) in expression data. ermineJ är ett verktyg för analys av gen-apparater (användardefinierade eller de som definieras genom GO-termer) i uttrycket data. The software is designed to be used by biologists with little or no informatics background. Programmet är tänkt att användas av biologer med liten eller ingen informatik bakgrund. A command-line interface is available for users who - [ Read more ] Ett command-line interface är tillgänglig för användare som - [Läs mer]

ExpressDB - a relational database containing yeast and E. coli RNA expression data. ExpressDB - en relationsdatabas som innehåller jäst och E. coli RNA expression data. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Expression Profiler is a web based platform for microarray data analysis developed at the EBI. Expression Profiler är en webbaserad plattform för microarray data analysis utvecklats på EBI. This resource is integrated with the ArrayExpress database, a public repository for microarray data. Denna resurs är integrerad med ArrayExpress databas, en offentlig mötesplats för microarray-data. - [ Read more ] -- [Läs mer]

The Gene Expression Data Analyzer (GEDA) is a tool for discovering differential gene expression in a subset of patients. De Gene Expression Data Analyzer (GEDA) är ett verktyg för att upptäcka differential genuttryck i en undergrupp av patienter. It is tailored to cancer-related microarray studies and offers extensive options for visualization, classification and normalization. Det är anpassade till cancer-relaterade microarray undersökningar och erbjuder omfattande möjligheter för visualisering, klassificering och normalisering. - [ Read more ] -- [Läs mer]

GeneX-Lite - a client software application providing an interface to relational database managment systems (RDBMS). GENEX-Lite - en klient programvara med ett gränssnitt för relationsdatabas management system (RDBMS). The application interface allows the user to load, manage, analyze, visualize and query gene expression data. Ansökan gränssnitt tillåter användaren att läsa in, hantera, analysera, visualisera och frågeord gene expression data. RDBMS provides storage of the data and analysis/visualization results. RDBMS innefattar lagring av data och analys / visualisering resultat. Free download. Gratis nedladdning. NCGR.org - [ Read more ] NCGR.org - [Läs mer]

GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler) is a microarray expression data visualization tool, allowing data to be viewed on maps representing gene groupings and biological pathways. GenMAPP (Gene microarray Pathway Profiler) är en microarray expression data visualization redskap, vilket gör att data som kan visas på kartor som representerar gen grupperingar och biologiska spridningsvägar. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Gene Expression Omnibus: - GEO is a gene expression/molecular abundance repository supporting MIAME compliant data submissions, and a curated, online resource for gene expression data browsing, query and retrieval. Genuttryck Omnibus: - GEO är ett genuttryck / molekylära överflöd repository stödja MIAME kompatibel rapportering, och en curated, online resursen för genuttryck uppgifter surfning, söktermer och sökning. NCBI - [ Read more ] NCBI - [Läs mer]

Gene expression and hybridization array data repository; online resource for retrieval of gene expression data from any organism or artificial source. Genuttryck och hybridisering array data repository; online resursen för hämtning av genuttryck data från en organism eller artificiell källa. - [ Read more ] -- [Läs mer]

The Gene Expression Pattern Analysis Suite (GEPAS) is a collection of tools for the analysis of microarray data including data pre-processing, clustering, sample comparison, data mining based on GO terms (FatiGO), and annnotation. Den genuttryck Pattern Analysis Suite (GEPAS) är en samling verktyg för analys av microarray, inklusive uppgifter förbehandling, klustring, prov jämförelse, data mining bygger på GO termer (oroa), annnotation. Also included are tools - [ Read more ] Vidare ingår verktyg - [Läs mer]

Genome Functional INtegrated Discoverer (GFINDer) takes a list of gene/clone IDs with classification information as input, and allows the user to characterize the different gene classes in the list using annotations of various types from several different - [ Read more ] Genome Functional integrerade Discoverer (GFINDer) tar en lista med genterapi / klon ID: n med klassificering information som indata och ger användaren möjlighet att karakterisera de olika gene-klasser i listan med hjälp av kommentarer av olika slag från flera olika - [Läs mer]

Gene Ontology Automated Lexicon (GOAL) is a tool for the functional analysis of data from SAGE and microarray experiments. Gene Ontology automatiserat Lexikon (mål) är ett verktyg för funktionell analys av data från SAGE och microarray experiment. Gene Ontology terms are used as the basis for statistical analysis. Gene Ontology termer används som underlag för statistisk analys. - [ Read more ] -- [Läs mer]

GoMiner organizes and allows the visualization of large sets of genes based on Gene Ontology classifications. GoMiner organiserar och möjliggör för visualisering av stora uppsättningar gener bygger på Gene Ontology klassificeringar. - [ Read more ] -- [Läs mer]

GoSurfer is a tool for visualizing and comparing gene sets by mapping them onto Gene Ontology (GO) information in the form of a hierarchical tree. GoSurfer är ett verktyg för att visualisera och jämföra gen-apparater genom kartläggning dem på Gene Ontology (GO) information i form av en hierarkisk trädstruktur. It is useful for investigating the results of microarray analyses or genome-wide computations. Det är användbart för att undersöka resultaten av microarray-metoder eller genome-wide beräkningar. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Software for microarray image analysis. Programvara för microarray bildanalys. - [ Read more ] -- [Läs mer]

HuGEIndex Database. HuGEIndex Database. - [ Read more ] -- [Läs mer]

KARMA (Keck Array Manager and Annotator) allows you compare and annotate your own microarrays against other available arrays. Karma (Keck Array Manager och Annotator) kan du jämföra och beskriva din egen microarrays mot andra tillgängliga matriser. Comparison of arrays can be achieved within the same species as well as across species (array comparison is based on UniGene Clu - [ Read more ] Jämförelse av matriser kan uppnås inom samma art samt i hela arter (array Jämförelsen är baserad på UniGene Clu - [Läs mer]

Multi-Conditional Hybridization Intensity Processing System. Multi-Villkorlig hybridisering Intensity Processing System. A data warehousing concept that focuses on providing a structure for the statistical analysis of the entire components of microarray database's including the experimental annotations. Ett data warehouse koncept som fokuserar på att ge en struktur för den statistiska analysen av hela komponenter av microarray-databasen's inbegripet experimentell kommentarer. - [ Read more ] -- [Läs mer]

MatchMiner is a tool to compare and convert gene identifiers. MatchMiner är ett verktyg för att jämföra och omvandla gen kännetecken. Users can translate single or lists of identifiers from one form to another, or compare two lists of identifiers for common gene references. Användare kan översätta enstaka eller förteckningar över kännetecken från en form till en annan eller jämföra två listor över identitetsbeteckningar för gemensam gen referenser. - [ Read more ] -- [Läs mer]

maxd - a data warehouse and visualisation environment for genomic expression data. MaxD - ett datalager och visualisering miljö för arvsmassans uttryck uppgifter. maxdLoad2, maxdView. maxdLoad2, maxdView. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Server designed to pinpoint protein-DNA interaction sites at the base pair level. Server syftar till att precisera protein-DNA interaktion platser vid basen pair nivå. Uses ChIP-array data, word enumeration and position-specific weight matrix updating to search for motifs representing these interaction sites. Använder chip-array data, "uppräkning och position-specifika vikten matris uppdatera för att söka efter motiv som representerar dessa interaktioner webbplatser. - [ Read more ] -- [Läs mer]

MedMiner can be used to select genes from a microarray set based on GeneCards information. MedMiner kan användas för att välja gener från en microarray som bygger på GeneCards information. Based on the genes selected one can then search PubMed abstracts using known gene synonyms and other user-specified search parameters. Baserat på de gener som valts ut kan man sedan söka PubMed abstrakt med hjälp av kända genen synonymer och andra användaren har angett sökkriterierna. The PubMed search can also - [ Read more ] I PubMed-sökning kan också - [Läs mer]

MIAME (minimum information about a microarray experiment) compliant microarray data submission tool. MIAME (minst information om en microarray experiment) kompatibel microarray data inlämnande verktyg. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Group facilitating the development of an international repository for gene expression data and the experimental and database standards required for such an endeavour. Grupp underlätta utvecklingen av en internationell mötesplats för gene expression data och experimentell och databasen standard som krävs för en sådan strävan. - [ Read more ] -- [Läs mer]

MicroArray Project System (MAPS). Microarray Project System (MAPS). MAPS is a MicroArray Project System for the management and interpretation of microarray gene expression experiment data. MAPS är en microarray Project System för hantering och tolkning av microarray gene expression experimentdata. NIEHS - Microarray Group - [ Read more ] NIEHS - Microarray gruppen - [Läs mer]

Protocols, analysis and resources; BLAST against the 15K set cDNA library clones (from 15,000 human UniGene clusters; clones are available). Protokoll, analys och resurser, BLAST mot 15K som cDNA bibliotek kloner (från 15000 människor UniGene kluster, kloner finns tillgängliga). - [ Read more ] -- [Läs mer]

NOMAD. An open source system of software for storing and querying the results of microarray experiment data. An open source system av mjukvara för lagring och sökfunktionen resultaten från microarray experiment data. UCSF Nomad - [ Read more ] UCSF Nomad - [Läs mer]

Oligodb generates oligos suitable for expression experiments based on predicted gene transcripts from the Ensembl project. Oligodb genererar oligos som lämpar sig för uttryck experiment baserade på förutspådde gen transkriptioner från Ensembl-projektet. One can search for transcripts via keyword, or do a batch search by providing a list of Ensembl identifiers. Man kan söka efter utskrifter via sökord eller göra en sats sökning genom att tillhandahålla en förteckning över Ensembl kännetecken. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Onto-Tools is a suite of tools for data mining based on information from Gene Ontology (GO). Onto-Verktyg är en svit av verktyg för data mining bygger på uppgifter från Gene Ontology (GO). Functional groupings of lists of differentially expressed genes can be created using Onto-Express. Funktionella grupper av förteckningar över av olika uttryckt gener kan skapas med ut-Express. Contains tools for assessing the functional bias for sets of - [ Read more ] Innehåller verktyg för att bedöma den funktionella bias för uppsättningar - [Läs mer]

An XML-based Java application is described that provides a function-oriented overview of the results of cluster analysis of gene-expression microarray data based on Gene Ontology terms and associations. Ett XML-baserade Java-program beskrivs som ger en funktion inriktad översikt av resultaten av klusteranalys av gene-expression microarray data baserade på Gene Ontology termer och föreningar. The application generates one HTML page with listi - [ Read more ] Ansökan genererar en HTML-sida med lista - [Läs mer]

A server for the detection, comparison and verification of transcription factor binding site motifs in promoters. En server för upptäckt, jämförelse och kontroll av transkriptionsfaktor bindningsställe motiv i initiativtagare. POBO bootstrap analysis applied to one or two clusters of co-regulated genes detects motifs under extreme levels of representation. POBO bootstrap analys tillämpas på en eller två kluster av co-reglerade gener upptäcker motiv under extrema nivåer av representation. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Using current releases of genomic sequence data, ProbeLynx allows users to assess the specificity of probe sequences used for microarray experiments. Med nuvarande utsläpp av arvsmassans sekvens data, ProbeLynx tillåter användare att bedöma specificitet prob-sekvenser som används för microarray experiment. The user provides probe sequences in FASTA or tab-delimited format, and ProbeLynx reports specificity in - [ Read more ] Användaren ger sonden sekvenser i fasta eller tabbavgränsat format, och ProbeLynx rapporter specificitet i - [Läs mer]

RAB - RNA Abundance Database - [ Read more ] RAB - RNA Abundance Database - [Läs mer]

Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y. READ: RIKEN Expression Array Database Nucleic Acids Research, 30, 211-213 (2002). Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., och Okazaki, Y. LÄS: RIKEN Expression Array Database Nucleic Acids Research, 30, 211-213 (2002). - [ Read more ] -- [Läs mer]

ChemBank is a public, web-based informatics environment created by the Broad Institute's Chemical Biology Program. ChemBank är en offentlig, webbaserade informatik miljö som skapats av Broad Institute's Chemical Biology Program. This knowledge environment includes freely available data derived from small molecules and small-molecule screens. Denna kunskap miljö omfattar fritt tillgängliga data från små molekyler och små-molekyl skärmar. ChemBank is intended to guide chemists synthesizing novel compounds or libraries, to assist biologists searching for small molecules that perturb specific biological pathways, and to catalyze the process by which drug hunters discover new and effective medicines. ChemBank är avsett att vägleda kemister syntes nya föreningar eller bibliotek, för att hjälpa biologer söker efter små molekyler som stör specifika biologiska spridningsvägar, och som skall fungera som katalysatorer den process som drog jägare upptäcka nya och effektiva läkemedel. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Tool for cross-referencing microarray data derived from different species and across different expression analysis platforms. Tool för korsvis hänvisning microarray data från olika arter och i olika uttryck analys plattformar. Built using the analysis of ESTs, the TIGR Gene Index (TGI), and Eukaryotic Gene Orthologs (EGO) databases. Byggd med hjälp av analys av EST, TIGR Gene Index (TGI) och eukaryot Gene Orthologs (JAG) databaser. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Eisen Lab software for microarry image processing, analysis and visualization; available for download to windows platforms only; free with registration for non-commercial use. Eisen Lab programvara för microarry bildbehandling, analys och visualisering; tillgängliga för nedladdning till Windows plattformar bara; gratis med registrering av icke-kommersiell användning. - [ Read more ] -- [Läs mer]

Stanford Online Universal Resource for Clones and ESTs pools publicly available data commonly sought for any clone, GenBank accession, or gene from human, mouse, rat. Stanford Online Universal Resource för Clones och EST pooler offentligt tillgängliga uppgifter som vanligen sökas för varje klon, Genbank anslutningen, eller genen från människa, mus, råtta. - [ Read more ] -- [Läs mer]

SMD stores raw and normalized data from microarray experiments, as well as their corresponding image files. SMD butiker rå och normaliserade data från microarray experiment samt deras motsvarande bildfiler. In addition, SMD provides interfaces for data retrieval, analysis and visualization. Dessutom SMD tillhandahåller gränssnitt för data återsökning, analys och visualisering. - [ Read more ] -- [Läs mer]

A list of open-source software packages available for free from The Institute for Genomic Research (TIGR). En lista med öppen källkod paket som finns tillgängliga gratis från The Institute for Genomic Research (TIGR). - [ Read more ] -- [Läs mer]