Tissue Microarrays Ţesut Microarrays

Tissue Microarrays an Introduction : Ţesut Microarrays o introducere:

Tissue microarrays (TMAs) are used to analyze the expression of genes simultaneously in multiple individual tissue samples on one slide. Microarrays de tesuturi (TMAs) sunt folosite pentru a analiza expresia genelor individuale, simultan, în mai multe mostre de ţesut de pe un diapozitiv. TMAs are composed of small 0.6 - 3.0 mm cores of tissue from donor tissue paraffin blocks which are arrayed at a high density on a slide. TMAs sunt compuse din mici 0,6 - 3,0 mm miezuri de ţesut de la donator ţesut blocuri de parafină, care sunt aranjate, la o densitate mare de pe un slide.

ţesutului microarray

Technology Insight: identification of biomarkers with tissue microarray technology Jena M Giltnane and David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111 Tehnologie Insight: identificarea de biomarkeri cu ţesut tehnologia microarray Jena M Giltnane şi David L Rimm Natura practici clinice Oncologie (2004) 1, 104-111

Tissue Microarrays have allowed tissue traditional analysis of conventional histologic paraffin blocks to become miniturized and high-throughput. Microarrays de tesuturi au permis tradiţionale de ţesut convenţionale de analiză histologic blocurile de parafină pentru a deveni miniturized şi de înaltă totală tranzitată.

Histochemical and molecular detection techniques can be used on the TMA slides, and thus allow TMAs to be powerful tools to examine gene expression profiling in disease states across a variety of patients and disease conditions. Histochemical şi tehnici moleculare de detecţie pot fi folosite pe TMA diapozitive şi, astfel, pentru a permite TMAs fi instrumente puternice pentru a examina de gene expression profiling în boala de state într-o varietate de pacienţi şi la condiţiile de boală.

Tissue Microarray Contents Ţesut Microarray Cuprins

TMA Introduction TMA Introducere

Characteristics of Tissue Arrays Caracteristici ale ţesutului Array

Tissue Microarray Synthesis Ţesut Microarray de sinteza

Applications Aplicatii

Advantages of TMAs Avantajele TMAs

Types of Tissue Arrays Tipuri de tesuturi Array

Analysis Software Analiza Software

Tissue Chip References Chip de tesuturi Referinte

Characteristics of Tissue Microarrays : Caracteristici ale ţesutului Microarrays:

50 - 500 tissues or more can be analyzed per slide block 50 - 500 ţesuturi sau mai multe pot fi analizate pe fiecare diapozitiv bloc
high throughput cantităţile de mare
relatively low cost relativ scăzut de cost
can be stained with a variety of stains such as H & E stained pot fi marcate cu o varietate de pete, cum ar fi H & E colora
slides can be analyzed with a wide-variety of techniques diapozitive poate fi analizat cu o mare varietate de tehnici
automated analysis and data collection with many techniques automate de analiză şi de culegere a datelor cu multe tehnici de

Tissue Microarray Synthesis : Ţesut Microarray de sinteza:

Tissue Microarrays are produced using a microtome which sections tissue into 4 - 5 micrometer sections (see figure 1 above). Microarrays de tesuturi sunt produse folosind o microtome care secţiuni ţesut în 4 - 5 micrometer secţiuni (a se vedea figura 1 de mai sus). These core tissue biopsy sections are taken from specific areas of interest from paraffin-embedded tissue blocks. These cynlindrical cores of tissue are re-embedded into an arrayed blank recipient blocks. Aceste secţiuni de bază ale ţesutului sunt luate biopsia de la domenii specifice de interes din parafină-embedded blocuri de ţesut. Cynlindrical Aceste miezuri de ţesut sunt re-aranjate încorporat într-un gol destinatarului blocuri. Using this method, more than 500 tissue cores can be arrayed on a single slide! Utilizând această metodă, mai mult de 500 de ţesut miezuri pot fi aranjate pe un singur slide! The master block was developed by Konenen et al. Comandantul bloc a fost dezvoltat de Konenen et al.

Applications of Tissue Microarrays : Cererile de tesuturi Microarrays:

Immunohistochemistry
Staining of : H & E, HC, ISH, Petele de: H & E, HC, ISH,
In situ hybridization In situ hybridization
Fluorescent in situ hybridization (FISH) Fluorescent in situ hybridization (FISH)
In situ PCR In situ PCR
RNA or DNA expression analysis ARN sau ADN expresie analiză
TUNEL assay for apoptosis Tunel test pentru apoptoza
Morphological and Clinical Characterisation of Many Patient Tissues Morfologice şi clinice caracterizarea Multe ţesuturile pacientului

TMA

Advantages of Tissue Arrays or Tissue Chips : Avantaje de tesuturi Array sau de tesuturi Chips:

Experimental uniformity Experimental uniformitatea
Allows amplification (and conservation) of scarce tissue samples Permite amplificarea (şi de conservare) de rare mostre de ţesut
Saving the assay volume Salvarea de test volum
Reduces the number of slides examined (conventional slides tissue paraffin) Reduce numărul de diapozitive examinate (convenţionale diapozitive ţesut parafină)
High-throughput High-totală tranzitată
Analysis can be automated and data can be computerized Analiza poate fi automatizat şi pot fi date computerizate

Types of Tissue Microarrays : Tipuri de tesuturi Microarrays:

Cryo - Tissue Microarrays : Cryo-TMAs uses frozen tissues which are embedded in an optimal cutting temperature compound. Cryo - tesuturi Microarrays: Cryo-TMAs foloseşte ţesuturi congelate, care sunt incluse într-un compus temperatura optima de taiere. These cryo-TMAs due to their freezing are superior to formalin fixed tissues for RNA and protein analysis. Aceste Cryo-TMAs din cauza lor de congelare sunt superioare formalin fix ţesuturi pentru ARN şi proteine de analiză. Also, antibodies work much betterl with frozen tissues. De asemenea, anticorpi betterl mult de lucru cu ţesuturi congelate.

Multi-tumours Tissue Microarrays : multi-tumour TMAs have many different types of tissues aligned on the slide. Multi-tumori de tesuturi Microarrays: Multi-tumorale TMAs au multe tipuri diferite de ţesuturi aliniate pe diapozitiv. The technique was first used by Kononen et al., 1998. Kononen used this type of TMA to detect 6 gene amplifications. Tehnica a fost utilizată de către Kononen et al., 1998. Kononen folosit acest tip de TMA pentru a detecta 6 genei amplifications. p53 expression was also examined in breast cancer tissue. p53 expresie a fost de asemenea examinate în cancerul de sân ţesut.

Progression Tissue Microarrays : This type of tissue microarray examines different stages of tumour (or disease) progression within a given organ. Progresie de tesuturi Microarrays: Acest tip de ţesut microarray analizează diferite etape ale tumorii (sau boala) progresia în termen de un anumit organ. For example, examination of tumours in the breast. De exemplu, examen de tumori în piept. These slides can then be assayed for markers of interest, or biochemical analysis of the samples can be done. Aceste diapozitive poate fi apoi assayed pentru markeri de interes, sau biochimice de analiză a probelor se poate face.

Prognosis Tissue Microarrays : Disease samples such as tumour biopsies can be taken from patients and examined. Prognoze de tesuturi Microarrays: probe bolilor tumorale, cum ar fi biopsies pot fi luate de la pacienţi şi examinate. These samples can be used for clinical follow-ups to monitor the patient's progression. Aceste probe pot fi folosite pentru clinice, urmaţi-up-uri pentru a monitoriza evoluţia pacientului. Data is then analyzed and compared with other clinical data. Date sunt apoi analizate şi comparate cu alte date clinice.

Tissue Microarray Software and Bioinformatics : Ţesut Microarray Software şi Bioinformatics:

Software Tools for High-Throughput Analysis of Tissue Microarrays: Image Archiving and Data Analysis Instrumente software pentru cantităţile de mare Analiza de tesuturi Microarrays: de arhivare a imaginilor si a analizelor de date

Contains the following software: Conţine următoarele produse software:

TMA-Deconvoluter and Stainfinder. TMA-Deconvoluter şi Stainfinder. The deconvoluter converts raw scoring worksheets from the 3-D Tissue Microarray layout into a 2-D tabulated table format suitable for further data analysis. Deconvoluter converteşte brut de notare de lucru de la 3-D tesuturi Microarray într-o schemă de 2-D tabulated tabel în format adecvat pentru date suplimentare de analiză.

Tissue Array Data Analysis : Software to creating an interactive database for TMA image viewing and data input. Ţesut Array analiza datelor: Produse de plastic pentru a crea o bază de date interactive TMA imagine pentru a vizualiza şi a datelor de intrare.

TAD : Tissue Array Database Software for Download. TAD: tesuturi Array software de baze de date pentru descărcare.

TMAJ : set of software tools used to manage Tissue MicroArray (TMA) data and information.. TMAJ: set de instrumente software utilizate pentru a gestiona de tesuturi MicroArray (TMA) date şi informaţii ..

Original Tissue Microarray Reference Papers: Original de tesuturi Microarray Lucrari de referinta:

Battifora H: The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing. Battifora H: multitumor (cârnaţi) ţesut bloc: romanul immunohistochemical metoda de testare a anticorpilor. Lab Invest 1986, 55:244-248. Lab Invest 1986, 55:244-248.

Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, P Schraml, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: microarrays de tesuturi pentru cantităţile moleculară mare de profilare tumora specimene. Nat Med 1998, 4:844-847. Nat Med 1998, 4:844-847.

Microarray Types and Info Tipuri şi Microarray Info

Using Microarrays Utilizarea Microarrays