A global evaluation of microarray dedicated databases. O evaluare globală a microarray dedicat baze de date. PDF. Sophie Lemoine. Sophie Lemoine. - [ Read more ] -- [Read more]

The Array Clone Information Database (ACID) is a searchable resource for information about human, mouse, and rat cDNA clones. Clonă de Array Informații de date (acid) este o resursă pentru căutarea de informații despre umane, mouse-ul, și șobolan cDNA clone. Each clone contains information about the assigned UniGene cluster(s), location in the full-length transcript, assigned gene ont - [ Read more ] Fiecare clona conține informații despre atribuite UniGene de clustere (e), locul în complet de lungime transcriere, atribuit de gene ont - [Read more]

Allows correlation of GeneChip array results with array design and annotation information; provides access to array content information, including probe sequences and gene annotations; free registration is required. Permite corelarea cu rezultatele GeneChip array array de proiectare și adnotare de informații; oferă acces la informațiile de matrice de conținut, inclusiv proba de secvențe de gene și adnotări; gratuit de înregistrare este necesară. - [ Read more ] -- [Read more]

Public repository for microarray based gene expression data; contains several curated gene expression datasets. Publica repository pentru microarray pe bază de date de gene expresie; curated conține mai multe seturi de date de gene expresie. - [ Read more ] -- [Read more]

ArrayPipe allows users to customize a processing pipeline for the analysis of microarray data. ArrayPipe permite utilizatorilor să personalizeze o conductă de prelucrare pentru analiza datelor de microarray. Includes methods for quality assessment of slides, data visualization, normalization, and detection of differentially expressed genes. Include metodele de evaluare a calității de diapozitive, vizualizare a datelor, normalizare, și de detectare a exprimat differentially gene. Output consists of repor - [ Read more ] Rezultat constă în repor - [Read more]

ArrayProspector is a set of predicted functional associations between genes that have been inferred from microarray expression data from the Standford Microarray Database. ArrayProspector este un set de anticipat funcționale între asociațiile de gene care au fost dedusă de la microarray expresie de date de la Standford Microarray de date. Users can search for genes linked to query or for links between two genes. Utilizatorii pot căuta genele legate de interogare sau pentru link-uri între două gene. - [ Read more ] -- [Read more]

ArrayXPath is a web-based service for matching microarray gene-expression profiles with known biological pathways. ArrayXPath este un serviciu bazat pe web pentru potrivire expresie microarray de gene-profile cu biologice cunoscute căile. Input is a clustered gene-expression profile in a tab-delimited text format. De intrare este o genă-grupate într-un profil de expresie delimitat prin tab-uri în format text. Output includes pathway diagrams. Calea de iesire include diagrame. - [ Read more ] -- [Read more]

BASE - BioArray Software Environment. BASE - BioArray Produse de plastic Mediu. BASE a free web-based database solution for the massive data generated by microarray analysis. BASE-un mod gratuit de web-bază de date bazate pe soluție pentru masive de date generate de analiza microarray. Released under GNU General Public License. Lansat sub GNU General Public License. - [ Read more ] -- [Read more]

Batch Extraction and Analysis of cis-Regulatory Regions (BEARR) takes a list of gene identifiers (such as RefSeq and Unigene IDs), consensus patterns, and (optionally) a position weight matrix as input and returns a list of matches for the patterns in bot - [ Read more ] Serie Extractia si Analiza cis-reglementare Regiunilor (BEARR) face o listă a genei de identificare (cum ar fi ID-uri de RefSeq și Unigene), modele de consens, și (opțional) o poziție greutate ca matrice de intrare și returnează o listă de meciuri pentru a modelelor în bot - [Read more]

BiNGO is a Java-based tool to determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically overrepresented in a set of genes or a subgraph of a biological network. Bingo este un instrument bazat pe Java pentru a determina care Gene ontologie (GO) categorii sunt statistic overrepresented într-un set de gene sau a unui subgraph biologice a unei rețele. - [ Read more ] -- [Read more]

Bioconductor is an open source and open development software project that aims to provide access to a wide range of powerful statistical and graphical methods for the analysis of genomic data. Bioconductor este o sursă liberă și deschisă de dezvoltare software de proiect care își propune să ofere acces la o gamă largă de puternice metode grafice statistice și de analiză a genomic date. - [ Read more ] -- [Read more]

Server which scans upstream of genes in the same gene expression cluster for regulatory sequence motifs using a Gibbs sampling strategy. Server care scanează în amonte de gene în același cluster în expresia genei pentru motive de reglementare, folosind o secvență Gibbs strategia de prelevare de probe. The Markov background model is used for non-motif bases, improving specificity of predicted motif locations. Markov, modelul de fundal este folosită pentru a nu-baze de motiv, îmbunătățirea specificitatea anticipat motiv locații. - [ Read more ] -- [Read more]

The MGuide (version 2.0). De MGuide (versiunea 2.0). The Brown Labs complete guide to microarraying for the molecular biologist. The Brown Labs ghid complet pentru a microarraying pentru biolog molecular. - [ Read more ] -- [Read more]

Contact information, availabilities and expertise of Canadian microarray centres; includes labs that supply cDNA or oligonucleotide spotted arrays and other services, and labs that can analyse RNA with Affymetrix chips. Informatii de contact, disponibilitatea și expertiza din Canada microarray centre; care include laboratoare de aprovizionare cDNA sau oligonucleotide identificat arrays si alte servicii, și de laboratoare care să poată să analizeze cu ARN Affymetrix chips-uri. - [ Read more ] -- [Read more]

Server which analyzes microarray and promoter sequence data associated with a response to a specific stimulus. Server care analizează microarray promotor și secvența de date asociată cu un răspuns la un anumit stimul. After analysis a potential transcriptional regulatory network is created. După analiza un potențial de reglementare transcriptional de rețea este creat. CARRIE also determines which transcription factors were likely invol - [ Read more ] Carrie de asemenea, determină factorii de transcriere care au fost probabil invol - [Read more]

The Center for Information Biology gene EXpression database (CIBEX) is a public repository for gene expression experimental data. Centrul de Informare Biologie gene expression de baze de date (CIBEX) este un public repository pentru gene expresie a datelor experimentale. The database system is compliant with the MIAME standard. Baza de date sistem este compatibil cu standardul MIAME. - [ Read more ] -- [Read more]

A program for calculating cluster enrichment analysis and integrated visualization of expression, annotation and transcription factor binding site data using the Gene Ontology. Un program de calcul pentru clustere de îmbogățire integrat de analiza si vizualizarea de exprimare, de adnotări și factor de transcriere a datelor cu caracter obligatoriu pe site folosind Gene ontologie. - [ Read more ] -- [Read more]

Server which attempts to identify any motifs related to genes predicted to share regulatory elements. Server care încearcă să identifice orice motive legate de gene anticipat pentru a partaja elemente de reglementare. It alters Gibbs sampling through biasing searches towards conserved sequences across multiple species. Se modifică prin prelevare de probe Gibbs biasing căutările spre conservate secvente de pe mai multe specii. - [ Read more ] -- [Read more]

The Conserved Transcription Factor Binding Site Finder (CONFAC) takes a list of human gene names and identifiers as input, and compares them with their mouse orthologues to identify conserved transcription factor binding sites. Factor de conservată Transcrierea obligatorii site-Finder (CONFAC) face o listă de denumiri de gene umane și de identificare, ca intrare, și le compară cu mouse-ul pentru a identifica orthologues conservate factor de transcriere obligatorii site-uri. Further information from t - [ Read more ] Mai multe informații de la t - [Read more]

Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) is a web-based tool that provides integrated solutions for the annotation and analysis of genome-scale datasets derived from high-throughput technologies such as microarray and proteo - [ Read more ] Baza de date pentru adnotare, vizualizarea și integrat Discovery (David) este un instrument bazat pe web care oferă soluții integrate pentru adnotări și de analiză a genomul de dimensiune seturi de date derivate din cantitățile produse de înaltă tehnologie, cum ar fi microarray și proteo - [Read more]

This website contains microarray analysis software (Argus and Z-pool), an Endothelial Cell Expression Database, and other resources related to Vascular Endothelium research. Acest website conține software de analiza microarray (Argus și Z-piscina), o expresie a endoteliului Cell Bază de date, și alte resurse legate de vasculare Endothelium de cercetare. See the PubMed abstracts for more information. Vezi PubMed rezumate pentru mai multe informații. - [ Read more ] -- [Read more]

Doelan is an tool designed to monitor the quality of DNA microarray production. Doelan este un instrument proiectat pentru a monitoriza calitatea de DNA microarray de producție. - [ Read more ] -- [Read more]

Useful for summarizing the predominant biological "theme" of a given gene list. Utile pentru care rezumă predominant biologice "tema" de o anumită listă de gene. From a list of genes from microarray or other genome-scale experiments, EASE can rapidly calculate over-representation statistics for every possible Gene Ontology term with re - [ Read more ] Dintr-o listă de gene din genomul microarray sau alte dimensiuni de experimente, EASE poate calcula rapid supra-reprezentare statistici pentru fiecare termen posibil Gene ontologiilor cu re - [Read more]

ermineJ is a tool for the analysis of gene sets (user defined or those defined by GO terms) in expression data. ermineJ este un instrument de analiză a genei seturi (definite de utilizator, sau cele definite de termeni GO) în expresia de date. The software is designed to be used by biologists with little or no informatics background. Produsul software este conceput pentru a fi utilizate de către biologi, cu puțină sau nu informatice de fundal. A command-line interface is available for users who - [ Read more ] O interfață de linie de comandă este disponibilă pentru utilizatorii care - [Read more]

ExpressDB - a relational database containing yeast and E. coli RNA expression data. ExpressDB - o bază de date relationale care conține drojdie de E. coli și ARN expresie de date. - [ Read more ] -- [Read more]

Expression Profiler is a web based platform for microarray data analysis developed at the EBI. Expresie Profiler este o platforma de web-based microarray analiza datelor dezvoltat la BEI. This resource is integrated with the ArrayExpress database, a public repository for microarray data. Această resursă este integrat cu baze de date ArrayExpress, un public repository pentru microarray de date. - [ Read more ] -- [Read more]

The Gene Expression Data Analyzer (GEDA) is a tool for discovering differential gene expression in a subset of patients. The Gene Expression Data Analyzer (GEDA) este un instrument pentru descoperirea diferentiale de gene expresie într-un subgrup de pacienți. It is tailored to cancer-related microarray studies and offers extensive options for visualization, classification and normalization. Este adaptat pentru a cancerului microarray legate de studii si ofera ample de opțiuni de vizualizare, clasificarea și de normalizare. - [ Read more ] -- [Read more]

GeneX-Lite - a client software application providing an interface to relational database managment systems (RDBMS). GeneX-Lite - o aplicatie client care furnizează o interfață pentru baza de date a sistemelor de management relationale (RDBMS). The application interface allows the user to load, manage, analyze, visualize and query gene expression data. Cererea de interfață permite utilizatorului să încarce, administra, analiza, vizualizarea de gene expresie și de interogare a datelor. RDBMS provides storage of the data and analysis/visualization results. RDBMS prevede de stocare a datelor și de analiză / vizualizarea rezultatelor. Free download. Descărcare gratuită. NCGR.org - [ Read more ] NCGR.org - [Read more]

GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler) is a microarray expression data visualization tool, allowing data to be viewed on maps representing gene groupings and biological pathways. GenMAPP (Gene MicroArray calea Profiler) este o expresie microarray instrument de vizualizare a datelor, care să permită date pentru a fi vizualizate pe hărți reprezentând grupurile de gene biologice și căi. - [ Read more ] -- [Read more]

Gene Expression Omnibus: - GEO is a gene expression/molecular abundance repository supporting MIAME compliant data submissions, and a curated, online resource for gene expression data browsing, query and retrieval. Gene Expression Omnibus: - OUG este o expresie de gene / molecular abundenta repository justificative MIAME compatibil transmiteri de date, și un curated, de resurse online pentru gene expression citește date, interogare și regăsire. NCBI - [ Read more ] NCBI - [Read more]

Gene expression and hybridization array data repository; online resource for retrieval of gene expression data from any organism or artificial source. Gene expresie și hybridization array de date repository; online de resurse pentru recuperarea de date de gene expression de la orice organism sau artificiale sursă. - [ Read more ] -- [Read more]

The Gene Expression Pattern Analysis Suite (GEPAS) is a collection of tools for the analysis of microarray data including data pre-processing, clustering, sample comparison, data mining based on GO terms (FatiGO), and annnotation. The Gene Expression Modelul de Analiză Suite (GEPAS) este o colecție de instrumente de analiză a microarray de date, inclusiv date de pre-prelucrare, clustering, mostre de comparație, data mining, pe baza OG termeni (FatiGO), și annnotation. Also included are tools - [ Read more ] De asemenea, sunt incluse instrumente - [Read more]

Genome Functional INtegrated Discoverer (GFINDer) takes a list of gene/clone IDs with classification information as input, and allows the user to characterize the different gene classes in the list using annotations of various types from several different - [ Read more ] Genome functionale integrate de Discoverer (GFINDer) face o listă a genei / clona de ID-uri cu informații de clasificare ca intrare, și permite utilizatorului să caracterizeze diferitele clase de gene în lista de adnotări, utilizând diverse tipuri diferite de la mai multe - [Read more]

Gene Ontology Automated Lexicon (GOAL) is a tool for the functional analysis of data from SAGE and microarray experiments. Gene ontologie automată Dicționar (GOAL) este un instrument de analiză funcțională de date de la SAGE și microarray experimente. Gene Ontology terms are used as the basis for statistical analysis. Gene ontologie termeni sunt utilizați ca bază pentru analiza statistică. - [ Read more ] -- [Read more]

GoMiner organizes and allows the visualization of large sets of genes based on Gene Ontology classifications. GoMiner organizează și permite vizualizarea de mare seturi de gene, pe baza Gene ontologie clasificări. - [ Read more ] -- [Read more]

GoSurfer is a tool for visualizing and comparing gene sets by mapping them onto Gene Ontology (GO) information in the form of a hierarchical tree. GoSurfer este un instrument pentru compararea și lipsă de gene seturi de cartografiere-le pe Gene ontologie (GO) de informații sub formă de arbore ierarhic. It is useful for investigating the results of microarray analyses or genome-wide computations. Este util pentru a cerceta rezultatele analizelor sau microarray genome-wide calculelor. - [ Read more ] -- [Read more]

Software for microarray image analysis. Software pentru analiza microarray imagine. - [ Read more ] -- [Read more]

HuGEIndex Database. HuGEIndex de date. - [ Read more ] -- [Read more]

KARMA (Keck Array Manager and Annotator) allows you compare and annotate your own microarrays against other available arrays. Karma (Keck Array Manager și Annotator) va permite sa comparati si annotate propria dvs. microarrays împotriva altor disponibile Array. Comparison of arrays can be achieved within the same species as well as across species (array comparison is based on UniGene Clu - [ Read more ] Compararea arrays poate fi realizat în cadrul aceleiași specii, cât și la nivelul speciilor (array comparație se bazează pe UniGene Clu - [Read more]

Multi-Conditional Hybridization Intensity Processing System. Multi-condiționată hybridization intensity sistem de prelucrare. A data warehousing concept that focuses on providing a structure for the statistical analysis of the entire components of microarray database's including the experimental annotations. Un concept de depozitare a datelor care se concentrează pe furnizarea de o structură de analiză statistică a componentelor de microarray întreaga bază de date experimentale, inclusiv de adnotări. - [ Read more ] -- [Read more]

MatchMiner is a tool to compare and convert gene identifiers. MatchMiner este un instrument de a compara și a face conversia de gene de identificare. Users can translate single or lists of identifiers from one form to another, or compare two lists of identifiers for common gene references. Utilizatorii pot traduce unic de identificare, sau listele de la un formular la altul, sau a compara doua liste comune de identificare, pentru trimiteri de gene. - [ Read more ] -- [Read more]

maxd - a data warehouse and visualisation environment for genomic expression data. maxd - un depozit de date și mediu de vizualizare pentru genomic expresie de date. maxdLoad2, maxdView. maxdLoad2, maxdView. - [ Read more ] -- [Read more]

Server designed to pinpoint protein-DNA interaction sites at the base pair level. Server pinpoint proiectat pentru a ADN-proteină de interacțiune site-uri la nivel de bază pereche. Uses ChIP-array data, word enumeration and position-specific weight matrix updating to search for motifs representing these interaction sites. Utilizeaza chip-array de date, cuvântul enumerării și poziția-greutatea specifică matrice de actualizare pentru a căuta motive reprezentând aceste site-uri de interacțiune. - [ Read more ] -- [Read more]

MedMiner can be used to select genes from a microarray set based on GeneCards information. MedMiner pot fi folosite pentru a selecta genele de la un microarray stabilit pe baza GeneCards informații. Based on the genes selected one can then search PubMed abstracts using known gene synonyms and other user-specified search parameters. Bazat pe gene selectate pot apoi o căutare folosind PubMed rezumate de gene cunoscute și alte sinonime de utilizator specificat parametrii de căutare. The PubMed search can also - [ Read more ] PubMed de căutare poate, de asemenea, - [Read more]

MIAME (minimum information about a microarray experiment) compliant microarray data submission tool. MIAME (minim de informații despre un experiment microarray) microarray de date compatibile cu depunerea instrumentului. - [ Read more ] -- [Read more]

Group facilitating the development of an international repository for gene expression data and the experimental and database standards required for such an endeavour. Grupul de a facilita dezvoltarea unei internaționale repository pentru gene expresie și a datelor experimentale și de standardele de bază de date necesare pentru o astfel de eforturi. - [ Read more ] -- [Read more]

MicroArray Project System (MAPS). Proiect MicroArray System (MAPS). MAPS is a MicroArray Project System for the management and interpretation of microarray gene expression experiment data. MAPS este un proiect MicroArray sistem de gestionare și de interpretare a expresiei genei microarray datele experimentului. NIEHS - Microarray Group - [ Read more ] NIEHS - Microarray Group - [Read more]

Protocols, analysis and resources; BLAST against the 15K set cDNA library clones (from 15,000 human UniGene clusters; clones are available). Protocoale, analiză și resurse; sablare împotriva 15K biblioteca stabilit cDNA clone (de la 15000 umane UniGene clustere; clone sunt disponibile). - [ Read more ] -- [Read more]

NOMAD. Popoare migratoare. An open source system of software for storing and querying the results of microarray experiment data. Un sistem de open source software pentru stocarea și interogarea rezultatele microarray datele experimentului. UCSF Nomad - [ Read more ] UCSF Popoare migratoare - [Read more]

Oligodb generates oligos suitable for expression experiments based on predicted gene transcripts from the Ensembl project. Oligodb generează oligos expresie potrivite pentru experimente bazate pe anticipat transcrieri de gene de la Ensembl proiect. One can search for transcripts via keyword, or do a batch search by providing a list of Ensembl identifiers. Se poate de căutare prin cuvinte cheie pentru transcrieri, sau de a face un lot de căutare furnizează o listă de Ensembl biometrice de identificare. - [ Read more ] -- [Read more]

Onto-Tools is a suite of tools for data mining based on information from Gene Ontology (GO). Pe-tools este o suită de utilitare pentru data mining bazate pe informații de la Gene ontologie (GO). Functional groupings of lists of differentially expressed genes can be created using Onto-Express. Functionarea grupurilor de liste de differentially exprimate gene poate fi creat folosind onto-Express. Contains tools for assessing the functional bias for sets of - [ Read more ] Contine instrumente pentru evaluarea funcțională pentru seturi de prejudecată - [Read more]

An XML-based Java application is described that provides a function-oriented overview of the results of cluster analysis of gene-expression microarray data based on Gene Ontology terms and associations. Un XML bazate pe Java de aplicare este descris, care oferă o funcție orientată spre imagine de ansamblu a rezultatelor de analiză cluster-expresie a genei microarray de date bazate pe Gene ontologie termeni și asociații. The application generates one HTML page with listi - [ Read more ] Aplicatia genereaza o pagină HTML cu listă - [Read more]

A server for the detection, comparison and verification of transcription factor binding site motifs in promoters. Un server pentru detectarea, comparare și verificare a site-ului transcrierea factor de motive obligatorii în promotori. POBO bootstrap analysis applied to one or two clusters of co-regulated genes detects motifs under extreme levels of representation. POBO bootstrap analiză aplicate una sau doua clustere de co-reglementate gene detectează motive extreme, în conformitate cu nivelurile de reprezentare. - [ Read more ] -- [Read more]

Using current releases of genomic sequence data, ProbeLynx allows users to assess the specificity of probe sequences used for microarray experiments. Utilizarea curentă a lansat genomic secvență de date, ProbeLynx permite utilizatorilor să evalueze specificitatea proba de secvențe microarray utilizate pentru experimente. The user provides probe sequences in FASTA or tab-delimited format, and ProbeLynx reports specificity in - [ Read more ] Utilizatorul prevede proba de secvențe în FASTA sau în format delimitat prin tab-uri, precum și rapoarte de precizie în ProbeLynx - [Read more]

RAB - RNA Abundance Database - [ Read more ] Rab - ARN abundenta Baza de date - [Read more]

Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y. READ: RIKEN Expression Array Database Nucleic Acids Research, 30, 211-213 (2002). Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., și Okazaki, Y. citi: RIKEN Expresie Array Baza de date Nucleic Acids Research, 30, 211-213 (2002). - [ Read more ] -- [Read more]

ChemBank is a public, web-based informatics environment created by the Broad Institute's Chemical Biology Program. ChemBank este un publice, bazate pe web informatice mediul creat de larg Institutul de Biologie Programul chimice. This knowledge environment includes freely available data derived from small molecules and small-molecule screens. Acest mediu de cunoștințe include liber disponibile datele provenite din molecule mici și molecule ecrane mici. ChemBank is intended to guide chemists synthesizing novel compounds or libraries, to assist biologists searching for small molecules that perturb specific biological pathways, and to catalyze the process by which drug hunters discover new and effective medicines. ChemBank este destinat să ghid roman chimisti sinteze de compuși sau biblioteci, pentru a asista biologi caută mici molecule care perturb biologice specifice căi, și de a catalyze procesul prin care descoperi noi vânători de droguri și eficiente de medicamente. - [ Read more ] -- [Read more]

Tool for cross-referencing microarray data derived from different species and across different expression analysis platforms. Instrumentul de cooperare trans-referencing microarray datele provenite de la diferite specii de expresie și de analiză pe diferite platforme. Built using the analysis of ESTs, the TIGR Gene Index (TGI), and Eukaryotic Gene Orthologs (EGO) databases. Construit folosind analiza ESTS, TIGR Gene Index (TGI), și Eukaryotic Gene Orthologs (I) baze de date. - [ Read more ] -- [Read more]

Eisen Lab software for microarry image processing, analysis and visualization; available for download to windows platforms only; free with registration for non-commercial use. Eisen Lab microarry software pentru prelucrarea imaginilor, analiza și vizualizare; disponibil pentru descărcare numai platformele de la Windows; gratuit cu înregistrarea pentru non-comerciale. - [ Read more ] -- [Read more]

Stanford Online Universal Resource for Clones and ESTs pools publicly available data commonly sought for any clone, GenBank accession, or gene from human, mouse, rat. Stanford Online Universal de Resurse pentru Clonele și ESTS piscine publice de date frecvent solicitat pentru nici o clona, GenBank de aderare, sau de gene de la om, mouse, șobolan. - [ Read more ] -- [Read more]

SMD stores raw and normalized data from microarray experiments, as well as their corresponding image files. SMD brut și stochează datele din normalizat microarray experimente, precum și fișiere de imagini corespunzătoare. In addition, SMD provides interfaces for data retrieval, analysis and visualization. În plus, SMD oferă interfețe de date pentru recuperarea, analiza si vizualizarea. - [ Read more ] -- [Read more]