DNA Microarray Protocol DNA Microarray protocol
Basic DNA Microarray Protocol: DNA Microarray protocol de bază:
The Stages in a Microarray Experiment: Etapele Microarray într-un experiment:
1. Obtain DNA Microarray Chip Obțineți DNA Microarray Chip
Currently, over 50,000 cDNA probes can be spotted onto a 25X75mm slide by robotic printing. În prezent, peste 50000 cDNA probe poate fi identificat pe un diapozitiv de 25X75mm robotizate de imprimare. It is thus possible to array the entire human genome compliment using this high-density array approach (eg Affymetrix Arrays). Astfel, este posibil să se întreaga gamă genomul uman compliment folosind această matrice de mare densitate de abordare (de exemplu, Affymetrix Array).
Thousands of distinct spots of known oligos or cDNAs are printed on matrix platforms located on either silicon, nylon sheets, or glass slides. Mii de spoturi distincte de oligos cunoscute sau cDNAs sunt imprimate pe matrice fie amplasate pe platforme de siliciu, foi de nailon, sticla sau diapozitive.
2. Cy3 and Cy5 Labeling of RNA Specimens using (RT-PCR) cDNA synthesis Cy3 și Cy5 Identificare de ARN folosind Specimene (RT-PCR) cDNA de sinteza
The RNA from 2 or more specimens are compared. The RNA from each specimen is reverse transcribed using RT-PCR to cDNA (complementary cDNA). De ARN de la 2 sau mai multe specimene sunt comparate. ARN de la fiecare specimen este inversă transcrise utilizând RT-PCR pentru a cDNA (cDNA complementare). The cDNA is labeled with two different fluorescent dyes which are colored differently (red and green), with Cy3 and Cy5. De cDNA este etichetat cu două fluorescente coloranților, care sunt colorate diferit (roșu și verde), cu Cy3 și Cy5.
3. Hybridization of cDNA Probes to DNA array Hybridization cDNA de probe pentru a ADN matrice
The cDNA probes are hybridized to the DNA microarray. The DNA array is then washed. CDNA de probe sunt hybridized la DNA microarray. ADN matrice este apoi spălate.
4. Detection of Hybridization Signal Semnal de detectare a hybridization
Fluorescent hybridization signals are scanned and detected using laser confocal devices. Fluorescent hybridization semnale sunt scanate și detectat folosind dispozitivele laser confocala. Data is the filtered and processed. Este filtrat de date și prelucrate.
5. DNA Microarray Data Analysis DNA Microarray analiza datelor
Data analysis is conducted using DNA Microarray bioinformatic tools and/or image processing software. Analiza datelor este realizat, folosind ADN-ul Microarray bioinformatic instrumente și / sau de prelucrare a produsului software de tip imagine.
The signal intesities of the spots are correlated with the concentrations of target mRNA samples. Semnalul intesities de pete sunt corelate cu concentratiile de probe țintă mRNA. Data mining is also conducted using statistical programs and algorithms to determine if the gene of interest is up-regulated, down-regulated, or unchanged. Data mining este, de asemenea, efectuate utilizând programe statistice și algoritmi pentru a determina dacă a genei de interes este de până-reglementate, down-reglementată, sau nemodificate.
Data is then organized using a database. Data este organizat apoi, folosind o bază de date. Gene Annotation can be then performed on the data, with GO (gene ontology) analysis, clustering analysis (which groups similar genes and pathways together), and analysis of pathways and networks of genes. Gene Annotation poate fi atunci efectuat asupra datelor, cu GO (genei ontologie) analiza, analiza clustering (care grupurile de gene similare, precum și căile de), precum și căile de analiză și rețele de gene.
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
