Microarray Types and Info Microarray Typy i Info

Using Microarrays Korzystanie Microarrays

menu

Tissue Microarrays Tissue Microarrays

Tissue Microarrays an Introduction : Tissue Microarrays Wprowadzenie:

Tissue microarrays (TMAs) are used to analyze the expression of genes simultaneously in multiple individual tissue samples on one slide. Tissue microarrays (TMAs) są wykorzystywane do analizy ekspresji genów jednocześnie w wielu pojedynczych próbek tkanek na jednego slajdu. TMAs are composed of small 0.6 - 3.0 mm cores of tissue from donor tissue paraffin blocks which are arrayed at a high density on a slide. TMAs składają się z małych 0,6 - 3,0 mm rdzeni tkanek od dawcy tkanek bloki parafinowe, które ustawił na wysokiej gęstości na szkiełku.

tkanki microarray

Technology Insight: identification of biomarkers with tissue microarray technology Jena M Giltnane and David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111 Technologia Insight: identyfikacja biomarkerów z tkanki technologii microarray Jena M Giltnane i David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111

Tissue Microarrays have allowed tissue traditional analysis of conventional histologic paraffin blocks to become miniturized and high-throughput. Tissue Microarrays umożliwiły analizy tkanki tradycyjnych konwencjonalnych histologic bloki parafinowe się miniturized i wysokiej przepustowości.

Histochemical and molecular detection techniques can be used on the TMA slides, and thus allow TMAs to be powerful tools to examine gene expression profiling in disease states across a variety of patients and disease conditions. Histochemical i molekularnych technik wykrywania mogą być wykorzystane na TMA slajdy, a tym samym umożliwić TMAs się potężne narzędzia do badania ekspresji genów w profilowaniu choroba stanowi w wielu pacjentów choroby i warunki.

Tissue Microarray Contents Tissue Microarray Zawartość

TMA Introduction TMA Wstęp

Characteristics of Tissue Arrays Charakterystyka tkanki Tablice

Tissue Microarray Synthesis Tissue Microarray Synteza

Applications Wnioski

Advantages of TMAs Zalety TMAs

Types of Tissue Arrays Rodzaje tkanki Tablice

Analysis Software Analiza Oprogramowanie

Tissue Chip References Tissue Chip Referencje

Characteristics of Tissue Microarrays : Charakterystyka Tissue Microarrays:

Tissue Microarray Synthesis : Tissue Microarray Synteza:

Tissue Microarrays are produced using a microtome which sections tissue into 4 - 5 micrometer sections (see figure 1 above). Tissue Microarrays są produkowane przy użyciu Mikrotom, które działy tkanek do 4 - 5 mikrometra odcinków (patrz rysunek 1 powyżej). These core tissue biopsy sections are taken from specific areas of interest from paraffin-embedded tissue blocks.  These cynlindrical cores of tissue are re-embedded into an arrayed blank recipient blocks. Te podstawowe działy są biopsja tkanek pobranych z konkretnych obszarów zainteresowania z parafiny-embedded tkanki bloków. Cynlindrical rdzeni tkanki są ponownie osadzony w ustawił pusty odbiorcy bloków. Using this method, more than 500 tissue cores can be arrayed on a single slide! Korzystając z tej metody, ponad 500 rdzeni tkanki mogą być ustawił w jednym slajdów! The master block was developed by Konenen et al. Kapitan blok został opracowany przez Konenen et al.

Applications of Tissue Microarrays : Wnioski o Tissue Microarrays:

TMA

Advantages of Tissue Arrays or Tissue Chips : Zalety tkanki tablice lub tkanek Chips:

Types of Tissue Microarrays : Rodzaje Tissue Microarrays:

Cryo - Tissue Microarrays : Cryo-TMAs uses frozen tissues which are embedded in an optimal cutting temperature compound. Cryo - Tissue Microarrays: Cryo-TMAs używa zamrożonych tkanek, które osadzone są w optymalnej temperaturze cięcia mieszanki. These cryo-TMAs due to their freezing are superior to formalin fixed tissues for RNA and protein analysis. Te cryo-TMAs ze względu na ich zamrożenia są najwyższej do formaliną ustalone dla tkanek RNA i białek analizy. Also, antibodies work much betterl with frozen tissues. Ponadto, przeciwciała dużo pracy betterl z zamrożonych tkanek.

Multi-tumours Tissue Microarrays : multi-tumour TMAs have many different types of tissues aligned on the slide. Multi-Tissue Microarrays nowotworów: multi-guza TMAs mieć wiele różnych typów tkanek dostosowane do slajdów. The technique was first used by Kononen et al., 1998. Kononen used this type of TMA to detect 6 gene amplifications. Technika po raz pierwszy została zastosowana przez Kononen et al., 1998. Kononen używane tego typu TMA do wykrywania 6 gen amplifications. p53 expression was also examined in breast cancer tissue. P53 wypowiedzi Zbadano również w tkance raka piersi.

Progression Tissue Microarrays : This type of tissue microarray examines different stages of tumour (or disease) progression within a given organ. Progression Tissue Microarrays: Ten rodzaj tkanki microarray analizuje różne etapy guza (lub choroby) progresji w obrębie danego narządu. For example, examination of tumours in the breast. Dla przykładu, badania nowotworów w piersi. These slides can then be assayed for markers of interest, or biochemical analysis of the samples can be done. Te slajdy mogą być następnie zbadany do markerów interesów, lub biochemicznej analizy próbek można zrobić.

Prognosis Tissue Microarrays : Disease samples such as tumour biopsies can be taken from patients and examined. Prognosis Tissue Microarrays: Chorób próbek takich jak biopsji guza może być pobrane od pacjentów i zbadane. These samples can be used for clinical follow-ups to monitor the patient's progression. Próbki te mogą być wykorzystywane do badań klinicznych follow-up do monitorowania pacjenta progresji. Data is then analyzed and compared with other clinical data. Dane są następnie analizowane i porównywane z innymi danymi klinicznymi.

Tissue Microarray Software and Bioinformatics : Tissue Microarray Oprogramowanie i bioinformatyki:

Software Tools for High-Throughput Analysis of Tissue Microarrays: Image Archiving and Data Analysis Software Tools for High-przepływność Analiza Tissue Microarrays: Archiwizacji Obrazu i analiza danych

Contains the following software: Zawiera następujące oprogramowanie:

TMA-Deconvoluter and Stainfinder. TMA-Deconvoluter i Stainfinder. The deconvoluter converts raw scoring worksheets from the 3-D Tissue Microarray layout into a 2-D tabulated table format suitable for further data analysis. W deconvoluter przekształca surowe oceny arkuszy z 3-D Tissue Microarray układ w 2-D Tabelaryczny formacie tabeli nadaje się do dalszej analizy danych.

Tissue Array Data Analysis : Software to creating an interactive database for TMA image viewing and data input. Tissue Array Analiza danych: oprogramowanie do tworzenia interaktywnych baz danych dla TMA obrazu i danych wejściowych.

TAD : Tissue Array Database Software for Download. TAD: Tissue Array Baza danych Oprogramowanie do pobierania.

TMAJ : set of software tools used to manage Tissue MicroArray (TMA) data and information.. TMAJ: zestaw narzędzi do zarządzania używanych Tissue MicroArray (TMA) dane i informacje ..

Original Tissue Microarray Reference Papers: Oryginał Tissue Microarray referencyjny dokumenty:

Battifora H: The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing. Battifora H: multitumor (kiełbasa) tkanki bloku: nowe metody badania immunohistochemiczne przeciwciała. Lab Invest 1986, 55:244-248. Lab Invest 1986, 55:244-248.

Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A Barlund M, Schraml P, S Leighton, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays o wysokiej przepustowości profilowanie molekularne Guz okazów. Nat Med 1998, 4:844-847. Nat Med 1998, 4:844-847.