Primer and Oligo Design Tools Primer oligo i Design Tools
Primer Design Tools and Oligo Software : Primer oligo Design Narzędzia i Oprogramowanie:
Software, programs, and online bioinformatic tools for the design of primers and oligonucleotides. Oprogramowanie, programy i bioinformatycznych narzędzi internetowych do projektowania i pierwsze oligonucleotides.
We recommend the following: Zalecamy następujące:
Array Designer Premier Biosoft International. Array Designer Premier Biosoft International. Software which can design primers for DNA or oligo arrays. Oprogramowanie, które może zaprojektować pierwsze DNA lub oligo tablic.
Beacon Designer Premier Biosoft International. Beacon Designer Premier Biosoft International.
OligoArray2.1 OligoArray 2.0 and the new version 2.1 are free software packages that compute gene specific oligonucleotides for OligoArray2.1 OligoArray 2,0 i 2,1 nowych wersji pakietów są wolne oprogramowanie, które obliczają genów specyficznych dla oligonucleotides
genome-scale oligonucleotide microarray construction. genomu skalę oligonukleotydu microarray budowy. Reference [ PubMed ] Free Nr referencyjny [PubMed] Darmowy
Oligodb - Oligodb is a web-based program for the interactive design of DNA oligos for transcription profiling and hybridization of human genes. Oligodb - Oligodb jest oparte na sieci program do interaktywnego projektowania DNA do transkrypcji oligos profilowanie i hybrydyzacja ludzkich genów. The oligodb program determine oligos using human DNA-transcript data from ENSEMBL. W programie oligodb określić oligos ludzkiego DNA z wykorzystaniem danych z przebiegu ENSEMBL. Reference [ PubMed ][ pdf ] Nr referencyjny [PubMed] [PDF]
OligoPicker - OligoPicker can select up to five oligo probes for each of the DNA sequences you provide for microarray spotting. OligoPicker - OligoPicker można wybrać do pięciu oligo sondy dla każdego z sekwencjami DNA, można przewidzieć microarray plamień. Reference [ PubMed ] Free Nr referencyjny [PubMed] Darmowy
PrimerQuest Free PrimerQuest Free
Genome-wide Automated Primer finder servers (GAP) Software which can design thousands of primer pairs to amplify a set of open reading frames (ORFs) covering a whole genome. Free Genome całej Automatyczne Primer wyszukiwarka serwerów (GAP) do projektowania oprogramowania, które może tysiące par primerów zestaw do nagłaśniania otwartych ramek odczytu (ORFs), obejmujące całość genomu. Wolnego
Genome PRIDE GenomePRIDE is a primer design software tool that designs PCR primers or long oligos based on annotated sequences. Genome PRIDE GenomePRIDE jest primerów projektowania oprogramowania narzędzie, które projektuje aparat PCR lub w oparciu o długie oligos adnotacją sekwencji.
GenomePRIDE has been used for the design of many DNA arrays/chips. Free GenomePRIDE zostało wykorzystane do projektowania tablic wielu DNA / chipów. Wolnego
Primer3 Whitehead Institute/MIT Center for Genome Research, Free Primer3 Whitehead Institute / MIT Center for Genome Research, Darmowy
Primer Premier Premier Biosoft International. Primer Premier Premier Biosoft International.
PRIMEGENS - Primegens (Primer Design Using Gene Specific Fragments) is a computer program which you use selected gene-specific fragments and then it designs primer pairs for PCR amplifications. PRIMEGENS - Primegens (Primer Design Korzystanie Gene szczególne fragmenty) to program komputerowy, który można użyć wybranych fragmentów genów specyficznych a następnie projektuje pary primerów do PCR amplifications. Reference [ PubMed ] Nr referencyjny [PubMed]
ProbeWiz Server - The CBS ProbeWiz WWW server predicts optimal PCR primer pairs for generation of probes for cDNA arrays. ProbeWiz Server - serwer WWW CBS ProbeWiz przewiduje optymalne dla pary primerów PCR generacji sond cDNA dla tablic. Reference [ PubMed ] Nr referencyjny [PubMed]
ProMide - ProMide is a collection of command-line tools for Probe selection and Microarray Design. Free ProMide - ProMide to zbiór narzędzi wiersza polecenia do wyboru Probe i Microarray Design. Free
Sarani - Sarani Gold (Genome Oligo Designer) is a software for automatic large-scale design of optimal oligonucleotide probes for microarray experiments. Sarani - Sarani Gold (Genome oligo Designer) jest oprogramowanie do automatycznego przetwarzania na szeroką skalę projekt optymalnego oligonukleotydu dla sond microarray eksperymentów. Thousands of gene sequences can be analyzed together and best available oligonucleotide probes with uniform thermodynamic properties and minimal similarity to non-specific genes can be selected. Tysiące sekwencji genów mogą być analizowane łącznie oraz najlepszych dostępnych sond oligonukleotydu z jednolitymi właściwości termodynamicznych i minimalne podobieństwo do specyficznych genów nie może być zaznaczona. Product of Strand Genomics . Produkt Strand Genomics.
STACKdb - The STACKdb, Sequence Tag Alignment and Consensus Knowledgebase, is generated by processing EST and mRNA sequences obtained from Genbank through a pipeline consisting of masking, clustering, alignment and variation analysis steps. STACKdb - STACKdb, sekwencja Tag ustawianie i konsensus wiedzy, jest generowane przez EST i przetwarzania sekwencji mRNA uzyskanego z Genbank poprzez rurociąg składający się z maskujących, grupowanie, ustawianie i analiza zmienności kroki. The STACKdb database is created using tools called "stackPACK". W STACKdb bazy danych jest tworzony za pomocą narzędzia o nazwie "stackPACK". Also available through Electric Genetics . Free Ponadto dostępne poprzez Electric Genetyka. Wolnego
Visual OMP - Visual OMP picks primers and oligo probes which do not cross hybridize with each other and other targets. Visual omp - Visual omp wybiera pierwsze i oligo sond, które nie krzyż krzyżowały się ze sobą i inne cele. Uses the OMP (Oligonucleotide Modeling Platform) engine, based on scientific research by nucleic acids thermodynamics expert, Dr. John SantaLucia. DNA Software, Inc . Używa omp (oligonukleotydu Modelowanie Platforma) silnika, w oparciu o badania naukowe przez kwasów nukleinowych termodynamiki ekspertów, Dr. John SantaLucia. DNA Software, Inc.
Xpression Primer Premier Biosoft International. Xpression Primer Premier Biosoft International.