Microarray Bioinformatic Tools and Databases Online Microarray bioinformatycznych narzędzi oraz baz danych online
Microarray Bioinformatic Tools Online. Microarray bioinformatycznych narzędzi online. Data Analysis online. Analiza danych w trybie online. Gene Ontology. Gene Ontology. GO. Clustering. Statistics software online. Statystyki oprogramowania online. Array and chip Databases Db. Array oraz chip Bazy danych Db.
Categories Kategorie
Tissue Microarray Bioinformatics (3) Tissue Microarray bioinformatyki (3) |
Links Sort by: Hits | Alphabetical Linki Sortuj przez: Hits | Alphabetical
| A global evaluation of microarray dedicated databases PDF - http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/tools/download/data_management_en.pdf Całościowej oceny microarray dedykowane bazy danych PDF - http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/tools/download/data_management_en.pdf A global evaluation of microarray dedicated databases. Całościowej oceny microarray dedykowane bazy danych. PDF. Sophie Lemoine. Sophie Lemoine. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| ACID - http://bioinfo.thep.lu.se/acid.html KWAS - http://bioinfo.thep.lu.se/acid.html The Array Clone Information Database (ACID) is a searchable resource for information about human, mouse, and rat cDNA clones. Array Clone Informacje Database (kwas) jest wyszukania informacji na temat zasobów ludzkich, myszy, szczurów i klonów cDNA. Each clone contains information about the assigned UniGene cluster(s), location in the full-length transcript, assigned gene ont - [ Read more ] Każdy klon zawiera informacje na temat przypisanych UniGene klastra (s), lokalizacja w pełnej długości przebiegu, przypisany gen ONT - [Czytaj więcej] |
| Affymetrix NetAffx Analysis Center - http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx Affymetrix NetAffx Analysis Center - http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx Allows correlation of GeneChip array results with array design and annotation information; provides access to array content information, including probe sequences and gene annotations; free registration is required. Pozwala korelacja GeneChip tablicy wyników z tablicy wzorów informacji i adnotacji, zapewnia dostęp do tablicy treści informacji, w tym sondy sekwencji genów i adnotacji, wolne jest wymagana rejestracja. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| ArrayExpress - http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ ArrayExpress - http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ Public repository for microarray based gene expression data; contains several curated gene expression datasets. Publiczne repozytorium microarray oparte na danych ekspresji genów; zawiera kilka kurator ekspresji genów danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| ArrayPipe - http://koch.pathogenomics.ca/cgi-bin/pub/arraypipe.pl ArrayPipe - http://koch.pathogenomics.ca/cgi-bin/pub/arraypipe.pl ArrayPipe allows users to customize a processing pipeline for the analysis of microarray data. ArrayPipe pozwala użytkownikom dostosować do przetwarzania rurociągu do analizy microarray danych. Includes methods for quality assessment of slides, data visualization, normalization, and detection of differentially expressed genes. Obejmuje metody oceny jakości slajdów, wizualizacji danych, normalizacja, wykrywania i differentially wyrażonych genów. Output consists of repor - [ Read more ] Wyjście składa się z repor - [Czytaj więcej] |
| ArrayProspector - http://string.embl-heidelberg.de:8080/prophecies_html/prophecies.html ArrayProspector - http://string.embl-heidelberg.de:8080/prophecies_html/prophecies.html ArrayProspector is a set of predicted functional associations between genes that have been inferred from microarray expression data from the Standford Microarray Database. ArrayProspector to zestaw przewidywane funkcjonalnych związków między genami, które wynika z wypowiedzi microarray danych z Standford Microarray bazy danych. Users can search for genes linked to query or for links between two genes. Użytkownicy mogą szukać genów związanych z kwerendy lub linki do dwóch genów. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| ArrayXPath - http://www.snubi.org/software/ArrayXPath/ ArrayXPath - http://www.snubi.org/software/ArrayXPath/ ArrayXPath is a web-based service for matching microarray gene-expression profiles with known biological pathways. ArrayXPath jest internetowej usługi dla dopasowania microarray gene-profile z wypowiedzi znanych biologicznych ścieżek. Input is a clustered gene-expression profile in a tab-delimited text format. Wejście jest klastrowym profil ekspresji genów, w zakładce-tekst w formacie. Output includes pathway diagrams. Wyjście zawiera ścieżki diagramów. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| BASE - BioArray Software Environment - http://base.thep.lu.se/ BASE - BioArray Środowisko oprogramowania - http://base.thep.lu.se/ BASE - BioArray Software Environment. BASE - BioArray Środowisko oprogramowania. BASE a free web-based database solution for the massive data generated by microarray analysis. BASE bezpłatny internetowy oparty na bazie danych rozwiązaniem dla masowej danych generowanych przez microarray analizy. Released under GNU General Public License. Wydana na licencji GNU General Public License. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/~vega/BEARR1.0/ BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/ ~ vega/BEARR1.0 / Batch Extraction and Analysis of cis-Regulatory Regions (BEARR) takes a list of gene identifiers (such as RefSeq and Unigene IDs), consensus patterns, and (optionally) a position weight matrix as input and returns a list of matches for the patterns in bot - [ Read more ] Wydobycie i Batch Analysis of cis-regulowanym Regionów (BEARR) przyjmuje listę identyfikatorów genu (np. RefSeq i Unigene identyfikatory), konsensus wzorców, oraz (opcjonalnie) stanowisko wagi macierzy jako wejście i zwraca listę pasuje do wzorców bot - [Czytaj więcej] |
| BiNGO - http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/ Bingo - http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/ BiNGO is a Java-based tool to determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically overrepresented in a set of genes or a subgraph of a biological network. Bingo jest Java-based narzędzie do określenia, które Gene Ontology (GO) kategorie są statystycznie overrepresented w zestawie genów lub subgraph o biologiczne sieci. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Bioconductor - http://www.bioconductor.org/ Bioconductor - http://www.bioconductor.org/ Bioconductor is an open source and open development software project that aims to provide access to a wide range of powerful statistical and graphical methods for the analysis of genomic data. Bioconductor jest open source i otwartych projektów rozwoju oprogramowania, które ma na celu zapewnienie dostępu do szerokiej gamy silnych i wykresy statystyczne metody analizy genomu danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| BioProspector - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/BioProspector/ BioProspector - http://robotics.stanford.edu/ ~ xsliu / BioProspector / Server which scans upstream of genes in the same gene expression cluster for regulatory sequence motifs using a Gibbs sampling strategy. Server, który skanuje w górę rzeki od genów w tym samym klastrze ekspresji genu dla regulacyjne sekwencji motywów za pomocą Gibbs strategii pobierania próbek. The Markov background model is used for non-motif bases, improving specificity of predicted motif locations. W tle Markov model stosowany jest dla motywem podstaw, poprawę specyfikę przewidywane motywem lokalizacji. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Build your own arrayer - http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/index.html Zbuduj własną arrayer - http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/index.html The MGuide (version 2.0). W MGuide (wersja 2.0). The Brown Labs complete guide to microarraying for the molecular biologist. The Brown Labs kompletny przewodnik dla microarraying biolog molekularny. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Canadian Microarray Resources - http://kinase.uhnres.utoronto.ca/CanArrays.html Zasoby kanadyjski Microarray - http://kinase.uhnres.utoronto.ca/CanArrays.html Contact information, availabilities and expertise of Canadian microarray centres; includes labs that supply cDNA or oligonucleotide spotted arrays and other services, and labs that can analyse RNA with Affymetrix chips. Informacje kontaktowe, dyspozycyjność i doświadczenie kanadyjskich microarray ośrodków; laboratoria, które obejmuje dostawę cDNA lub oligonukleotydu plamistego tablic i innych usług, i laboratoriów, które mogą analizować RNA z Affymetrix chipów. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| CARRIE - http://zlab.bu.edu/CARRIE-web Carrie - http://zlab.bu.edu/CARRIE-web Server which analyzes microarray and promoter sequence data associated with a response to a specific stimulus. Server, który analizuje microarray i promotor sekwencji danych związanych z odpowiedzi na konkretne bodźce. After analysis a potential transcriptional regulatory network is created. Po analizie potencjalne transkrypcji regulacyjnych sieci jest tworzony. CARRIE also determines which transcription factors were likely invol - [ Read more ] Carrie również określa, które czynniki transkrypcji były prawdopodobnie zaan - [Czytaj więcej] |
| CIBEX - http://cibex.nig.ac.jp/ CIBEX - http://cibex.nig.ac.jp/ The Center for Information Biology gene EXpression database (CIBEX) is a public repository for gene expression experimental data. Centrum Informacji Biologia ekspresji genów bazy danych (CIBEX) jest repozytorium publicznej ekspresji genów dla danych eksperymentalnych. The database system is compliant with the MIAME standard. Baza danych systemu jest zgodny z MIAME normy. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| CLENCH - http://www.personal.psu.edu/faculty/n/h/nhs109/Clench/ CLENCH - http://www.personal.psu.edu/faculty/n/h/nhs109/Clench/ A program for calculating cluster enrichment analysis and integrated visualization of expression, annotation and transcription factor binding site data using the Gene Ontology. Program do obliczania klastra wzbogacenie analizy i wizualizacji zintegrowane wypowiedzi, adnotacji i czynnik transkrypcyjny wiążący witryny przy użyciu danych Gene Ontology. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ Server which attempts to identify any motifs related to genes predicted to share regulatory elements. Server, który próbuje zidentyfikować wszelkie motywy związane z genów przewidywane do akcji elementy regulacyjne. It alters Gibbs sampling through biasing searches towards conserved sequences across multiple species. To zmienia Gibbs biasing wyszukiwania poprzez pobieranie próbek w kierunku konserwatywnym sekwencji wielu gatunków. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl The Conserved Transcription Factor Binding Site Finder (CONFAC) takes a list of human gene names and identifiers as input, and compares them with their mouse orthologues to identify conserved transcription factor binding sites. W konserwatywnym czynnik transkrypcyjny Binding Site Finder (CONFAC) przyjmuje listę ludzkich genów i nazwy identyfikatorów jako wkład, i porównuje je z ich myszy orthologues zachowane do zidentyfikowania czynnik transkrypcyjny wiążący witryn. Further information from t - [ Read more ] Więcej informacji: t - [Czytaj więcej] |
| DAVID - http://david.niaid.nih.gov/ David - http://david.niaid.nih.gov/ Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) is a web-based tool that provides integrated solutions for the annotation and analysis of genome-scale datasets derived from high-throughput technologies such as microarray and proteo - [ Read more ] Uwagi do bazy danych, wizualizacji i zintegrowane Discovery (David) to oparta o WWW narzędzie, które dostarcza zintegrowane rozwiązania dla adnotacji i analizy genomu skalę danych pochodzących z technologii wysokiej przepustowości, takich jak microarray i proteo - [Czytaj więcej] |
| Defining Transcriptional Programs in Vascular Endothelium - http://www.vessels.bwh.harvard.edu/ Definiowanie programy w transkrypcji Vascular śródbłonek - http://www.vessels.bwh.harvard.edu/ This website contains microarray analysis software (Argus and Z-pool), an Endothelial Cell Expression Database, and other resources related to Vascular Endothelium research. Ta strona internetowa zawiera microarray analysis software (ARGUS i Z-basen), Endothelial Cell Expression bazy danych i innych zasobów związanych z badań naczyniowych śródbłonek. See the PubMed abstracts for more information. Zobacz PubMed abstraktów, aby uzyskać więcej informacji. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Doelan - http://www.transcriptome.ens.fr/doelan/ Doelan - http://www.transcriptome.ens.fr/doelan/ Doelan is an tool designed to monitor the quality of DNA microarray production. Doelan jest narzędziem mającym na celu monitorowanie jakości Mikromacierz produkcji. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| EASE - http://david.niaid.nih.gov/david/ease.htm Ease - http://david.niaid.nih.gov/david/ease.htm Useful for summarizing the predominant biological "theme" of a given gene list. Przydatne dla podsumowujące dominujący biologicznych "tematu" z listy danego genu. From a list of genes from microarray or other genome-scale experiments, EASE can rapidly calculate over-representation statistics for every possible Gene Ontology term with re - [ Read more ] Od listę: microarray genów lub inne genomu skalę eksperymentów, łatwość można szybko obliczyć ponad reprezentacji statystyki dla wszelkich możliwych Gene Ontology kadencji z re - [Czytaj więcej] |
| ermineJ - http://microarray.genomecenter.columbia.edu/ermineJ/ ermineJ - http://microarray.genomecenter.columbia.edu/ermineJ/ ermineJ is a tool for the analysis of gene sets (user defined or those defined by GO terms) in expression data. ermineJ jest narzędziem do analizy genów zestawy (zdefiniowane przez użytkownika lub określone przez warunki GO) w wypowiedzi. The software is designed to be used by biologists with little or no informatics background. Program jest przeznaczony do użytkowania przez biologów z mało lub nie informatyki w tle. A command-line interface is available for users who - [ Read more ] Interfejs linii komend jest dostępny dla użytkowników, którzy - [Czytaj więcej] |
| ExpressDB - http://arep.med.harvard.edu/ExpressDB/ ExpressDB - http://arep.med.harvard.edu/ExpressDB/ ExpressDB - a relational database containing yeast and E. coli RNA expression data. ExpressDB - relacyjną bazę danych zawierającą drożdże i E. coli RNA wypowiedzi danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Expression Profiler - http://www.ebi.ac.uk/expressionprofiler/ Sposób Profiler - http://www.ebi.ac.uk/expressionprofiler/ Expression Profiler is a web based platform for microarray data analysis developed at the EBI. Sposób Profiler to internetowy oparty na platformie microarray analizy danych opracowane na EBI. This resource is integrated with the ArrayExpress database, a public repository for microarray data. Ten zasób jest zintegrowany z ArrayExpress bazy danych, publicznego do microarray repozytorium danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Gene Expression Data Analyzer - http://bioinformatics.upmc.edu/GE2/GEDA.html Gene Expression Data Analyzer - http://bioinformatics.upmc.edu/GE2/GEDA.html The Gene Expression Data Analyzer (GEDA) is a tool for discovering differential gene expression in a subset of patients. W ekspresji genów Dane Analyzer (GEDA) jest narzędziem do odkrywania różnicowej ekspresji genów w podgrupie pacjentów. It is tailored to cancer-related microarray studies and offers extensive options for visualization, classification and normalization. Jest dostosowany do raka związanych microarray badań i oferuje szerokie możliwości wizualizacji, normalizacji i klasyfikacji. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| GeneX-Lite :: Gene Expression Lite - http://www.ncgr.org/research/genex/ GeneX-Lite: Ekspresja genu Lite - http://www.ncgr.org/research/genex/ GeneX-Lite - a client software application providing an interface to relational database managment systems (RDBMS). GeneX-Lite - klient aplikacji zapewniając interfejs do relacyjnych systemów zarządzania bazami danych (RDBMS). The application interface allows the user to load, manage, analyze, visualize and query gene expression data. Zastosowanie interfejsu pozwala użytkownikowi na obciążenia, zarządzania, analizy, wizualizacji i ekspresji genów dane zapytanie. RDBMS provides storage of the data and analysis/visualization results. RDBMS przewiduje przechowywania danych i analizy / wizualizacji wyników. Free download. Darmowe pobrania. NCGR.org - [ Read more ] NCGR.org - [Czytaj więcej] |
| GenMAPP - http://www.genmapp.org/ GenMAPP - http://www.genmapp.org/ GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler) is a microarray expression data visualization tool, allowing data to be viewed on maps representing gene groupings and biological pathways. GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler) jest microarray wypowiedzi narzędzie do wizualizacji danych, pozwalając danych, które mają być wyświetlane na mapach reprezentujących grupy genów biologicznych i ścieżek. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| GEO - Gene Expression Omnibus - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/ GEO - ekspresja genów Omnibus - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/ Gene Expression Omnibus: - GEO is a gene expression/molecular abundance repository supporting MIAME compliant data submissions, and a curated, online resource for gene expression data browsing, query and retrieval. Ekspresja genu Omnibus: - GEO jest ekspresja genów / molekularnej obfitości repozytorium wspieranie MIAME zgodny dane, a także kuratorem, zasobów internetowych dla ekspresji genów przeglądania danych, kwerendy i odzyskiwanie. NCBI - [ Read more ] NCBI - [Czytaj więcej] |
| GEO - Gene Expression Omnibus - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO - ekspresja genów Omnibus - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ Gene expression and hybridization array data repository; online resource for retrieval of gene expression data from any organism or artificial source. Ekspresja genów i hybrydyzacja tablicy danych repozytorium zasobów online dla ekspresji genów odzyskiwanie danych z dowolnego organizmu lub sztuczne źródła. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| GEPAS - http://www.gepas.org/ GEPAS - http://www.gepas.org/ The Gene Expression Pattern Analysis Suite (GEPAS) is a collection of tools for the analysis of microarray data including data pre-processing, clustering, sample comparison, data mining based on GO terms (FatiGO), and annnotation. W ekspresji genów Pattern Analysis Suite (GEPAS) jest zbiorem narzędzi do analizy microarray danych, w tym wstępne przetwarzanie danych, grupowanie, próby porównania, eksploracja danych w oparciu o warunki GO (martwić), i annnotation. Also included are tools - [ Read more ] Ujęte są również narzędzia - [Czytaj więcej] |
| GFINDer - http://www.medinfopoli.polimi.it/GFINDer/ GFINDer - http://www.medinfopoli.polimi.it/GFINDer/ Genome Functional INtegrated Discoverer (GFINDer) takes a list of gene/clone IDs with classification information as input, and allows the user to characterize the different gene classes in the list using annotations of various types from several different - [ Read more ] Genome zintegrowane systemy Odkrywcy (GFINDer) przyjmuje listy gen / klon identyfikatory z klasyfikacji jako informacje wejściowe, i pozwala użytkownikowi na charakterystyczne różnych klas genów w wykazie adnotacji przy użyciu różnych typów z kilku różnych - [Czytaj więcej] |
| GOAL - http://microarrays.unife.it/ GOAL - http://microarrays.unife.it/ Gene Ontology Automated Lexicon (GOAL) is a tool for the functional analysis of data from SAGE and microarray experiments. Gene Ontology Automatyczne Leksykon (GOAL) to funkcjonalne narzędzie do analizy danych z SAGE i microarray eksperymentów. Gene Ontology terms are used as the basis for statistical analysis. Gene Ontology terminy są używane jako podstawa do analizy statystycznej. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| GoMiner - http://discover.nci.nih.gov/gominer/ GoMiner - http://discover.nci.nih.gov/gominer/ GoMiner organizes and allows the visualization of large sets of genes based on Gene Ontology classifications. GoMiner organizuje i umożliwia wizualizację dużych zestawów genów w oparciu o klasyfikacje Gene Ontology. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| GoSurfer - http://www.biostat.harvard.edu/complab/gosurfer/ GoSurfer - http://www.biostat.harvard.edu/complab/gosurfer/ GoSurfer is a tool for visualizing and comparing gene sets by mapping them onto Gene Ontology (GO) information in the form of a hierarchical tree. GoSurfer to narzędzie do wizualizacji i porównanie zestawów genów poprzez mapowanie ich na Gene Ontology (GO) informacje w formie hierarchiczne drzewo. It is useful for investigating the results of microarray analyses or genome-wide computations. Jest to przydatne w celu zbadania wyników analizy microarray lub genomu całej obliczeń. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| GridGrinder - http://gridgrinder.sourceforge.net/ GridGrinder - http://gridgrinder.sourceforge.net/ Software for microarray image analysis. Oprogramowanie do analizy microarray obrazu. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| HuGEIndex Database - http://www.biotechnologycenter.org/hio/databases/index.html HuGEIndex Database - http://www.biotechnologycenter.org/hio/databases/index.html HuGEIndex Database. HuGEIndex bazy danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| KARMA - http://biryani.med.yale.edu/karma/cgi-bin/mysql/karma.pl Karmy - http://biryani.med.yale.edu/karma/cgi-bin/mysql/karma.pl KARMA (Keck Array Manager and Annotator) allows you compare and annotate your own microarrays against other available arrays. Karma (Keck i Annotator Array Manager) pozwala porównać i adnotacje własne microarrays wobec innych dostępnych tablic. Comparison of arrays can be achieved within the same species as well as across species (array comparison is based on UniGene Clu - [ Read more ] Porównanie tablic mogą być zrealizowane w ramach tego samego gatunku, jak również we wszystkich gatunków (array porównanie oparte jest na UniGene Clu - [Czytaj więcej] |
| M-CHiPS - http://www.dkfz-heidelberg.de/mchips/ M-Chips - http://www.dkfz-heidelberg.de/mchips/ Multi-Conditional Hybridization Intensity Processing System. Multi-warunkowe hybrydyzacji Intensywność Processing System. A data warehousing concept that focuses on providing a structure for the statistical analysis of the entire components of microarray database's including the experimental annotations. A pojęcie magazynowania danych, które koncentruje się na dostarczaniu struktury statystycznej analizy całego składników microarray bazy danych, łącznie z adnotacjami eksperymentalnych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| MatchMiner - http://discover.nci.nih.gov/matchminer/ MatchMiner - http://discover.nci.nih.gov/matchminer/ MatchMiner is a tool to compare and convert gene identifiers. MatchMiner jest narzędziem do konwertowania i porównaj gen identyfikatorów. Users can translate single or lists of identifiers from one form to another, or compare two lists of identifiers for common gene references. Użytkownicy mogą tłumaczyć jednym lub wykazy identyfikatorów z jednej formy na inną, lub porównać dwie listy identyfikatorów dla wspólnego genu odniesienia. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| maxd - http://www.bioinf.man.ac.uk/microarray/maxd/ maxd - http://www.bioinf.man.ac.uk/microarray/maxd/ maxd - a data warehouse and visualisation environment for genomic expression data. maxd - hurtownia danych i wizualizacji dla środowiska wypowiedzi genomu danych. maxdLoad2, maxdView. maxdLoad2, maxdView. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| MDscan - http://robotics.stanford.edu/~xsliu/MDscan/ MDscan - http://robotics.stanford.edu/ ~ xsliu / MDscan / Server designed to pinpoint protein-DNA interaction sites at the base pair level. Server mające na celu zidentyfikować białko-DNA interakcji witryn u podstawy pary. Uses ChIP-array data, word enumeration and position-specific weight matrix updating to search for motifs representing these interaction sites. Używa chip-tablicę danych, słowo wyliczanie i miejsce specyficzne wagi matrycy aktualizacji do wyszukiwania motywów reprezentujących tych interakcji witryn. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| MedMiner - http://discover.nci.nih.gov/textmining/ MedMiner - http://discover.nci.nih.gov/textmining/ MedMiner can be used to select genes from a microarray set based on GeneCards information. MedMiner mogą być wykorzystane do wyboru genów z microarray ustalone w oparciu o informacje GeneCards. Based on the genes selected one can then search PubMed abstracts using known gene synonyms and other user-specified search parameters. Na podstawie wybranych genów można następnie za pomocą wyszukiwarki PubMed streszczenia znanych genów synonimów i innych określonych przez użytkownika parametrów wyszukiwania. The PubMed search can also - [ Read more ] W PubMed wyszukiwania mogą także - [Czytaj więcej] |
| MIAMExpress - http://www.ebi.ac.uk/microarray/MIAMExpress/miamexpress.html MIAMExpress - http://www.ebi.ac.uk/microarray/MIAMExpress/miamexpress.html MIAME (minimum information about a microarray experiment) compliant microarray data submission tool. MIAME (minimum informacji na temat eksperymentu microarray) zgodnych microarray narzędzie przekazywania danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Microarray Gene Expression Database - http://www.mged.org Microarray Gene Expression Database - http://www.mged.org Group facilitating the development of an international repository for gene expression data and the experimental and database standards required for such an endeavour. Grupa ułatwienia rozwoju międzynarodowej repozytorium danych o ekspresji genów i bazy danych eksperymentalnych oraz standardów wymaganych dla tego typu starania. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| MicroArray Project System (MAPS) - http://dir.niehs.nih.gov/microarray/software/maps/ MicroArray Project System (MAPS) - http://dir.niehs.nih.gov/microarray/software/maps/ MicroArray Project System (MAPS). MicroArray Project System (MAPS). MAPS is a MicroArray Project System for the management and interpretation of microarray gene expression experiment data. MAPS jest MicroArray Project System do zarządzania i interpretacji microarray ekspresji genów danych eksperymentu. NIEHS - Microarray Group - [ Read more ] NIEHS - Microarray - [Czytaj więcej] |
| NHGRI Micorarray Project - http://www.nhgri.nih.gov/DIR/Microarray/main.html NHGRI Micorarray Project - http://www.nhgri.nih.gov/DIR/Microarray/main.html Protocols, analysis and resources; BLAST against the 15K set cDNA library clones (from 15,000 human UniGene clusters; clones are available). Protokoły, analizy i zasobów; BLAST przeciwko 15K zestaw biblioteki cDNA klonów (z 15000 ludzi UniGene klastrów; klony są dostępne). - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| NOMAD - http://ucsf-nomad.sourceforge.net/ Nomad - http://ucsf-nomad.sourceforge.net/ NOMAD. Nomad. An open source system of software for storing and querying the results of microarray experiment data. O otwartym kodzie źródłowym systemu oprogramowania do przechowywania i odpytywania wyniki eksperymentu microarray danych. UCSF Nomad - [ Read more ] UCSF Nomad - [Czytaj więcej] |
| Oligodb - http://oligodb.charite.de/ Oligodb - http://oligodb.charite.de/ Oligodb generates oligos suitable for expression experiments based on predicted gene transcripts from the Ensembl project. Oligodb generuje oligos nadające się do wypowiedzi eksperymentów opartych na przewidywane transkrypcje genu z Ensembl projektu. One can search for transcripts via keyword, or do a batch search by providing a list of Ensembl identifiers. Można szukaj dialogowych za pomocą słów kluczowych, czy partia wyszukiwania poprzez dostarczenie listy Ensembl identyfikatorów. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Onto-Tools - http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html Na-Tools - http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html Onto-Tools is a suite of tools for data mining based on information from Gene Ontology (GO). Na-Tools to zestaw narzędzi do data mining w oparciu o informacje z Gene Ontology (GO). Functional groupings of lists of differentially expressed genes can be created using Onto-Express. Funkcjonalne grupy list differentially wyrażonych genów mogą być tworzone przy użyciu Na-Express. Contains tools for assessing the functional bias for sets of - [ Read more ] Zawiera narzędzia do oceny funkcjonalnej stronniczości dla zestawów - [Czytaj więcej] |
| Ontologizing gene-expression microarray data: - http://www.charite.de/ch/medgen/ontologizer/ Ontologizing ekspresji genów-microarray danych: - http://www.charite.de/ch/medgen/ontologizer/ An XML-based Java application is described that provides a function-oriented overview of the results of cluster analysis of gene-expression microarray data based on Gene Ontology terms and associations. Opartym na XML-u aplikacji Java jest opisane, że stanowi przegląd funkcji zorientowanych na wyniki klastra analizy ekspresji genów-microarray danych w oparciu o Gene Ontology terminy i stowarzyszenia. The application generates one HTML page with listi - [ Read more ] Wniosek jedną stronę HTML z listy - [Czytaj więcej] |
| POBO - http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi:9801/pobo POBO - http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi:9801/pobo A server for the detection, comparison and verification of transcription factor binding site motifs in promoters. Serwer do wykrywania, porównania i weryfikacji czynnik transkrypcyjny wiążący motywy w witrynie promotorów. POBO bootstrap analysis applied to one or two clusters of co-regulated genes detects motifs under extreme levels of representation. POBO bootstrap analizy stosowane do jednej lub dwóch grup współpracujących genów regulowanych wykrywa motywy w ekstremalnych poziomów reprezentacji. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| ProbeLynx - http://www.pathogenomics.ca/probelynx ProbeLynx - http://www.pathogenomics.ca/probelynx Using current releases of genomic sequence data, ProbeLynx allows users to assess the specificity of probe sequences used for microarray experiments. Korzystanie z bieżącego wydania sekwencji genomu danych, ProbeLynx umożliwia użytkownikom ocenić specyfikę sekwencji sondy wykorzystywane do eksperymentów microarray. The user provides probe sequences in FASTA or tab-delimited format, and ProbeLynx reports specificity in - [ Read more ] Użytkownik zapewnia sekwencji sondy FASTA lub w formacie tekstu rozdzielanego tabulatorami, a swoistość ProbeLynx raporty - [Czytaj więcej] |
| RAB - RNA Abundance Database - http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php Rab - RNA obfitosc Database - http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php RAB - RNA Abundance Database - [ Read more ] Rab - RNA obfitosc bazy danych - [Czytaj więcej] |
| READ: RIKEN Expression Array Database - http://read.gsc.riken.go.jp/ Brzmienie: Wyrażenie RIKEN Array Database - http://read.gsc.riken.go.jp/ Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y. READ: RIKEN Expression Array Database Nucleic Acids Research, 30, 211-213 (2002). Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y. brzmienie: Wyrażenie RIKEN Array Baza kwasów nukleinowych Research, 30, 211-213 (2002). - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Research Assistan II - http://chembank.broad.harvard.edu Badania Assistan II - http://chembank.broad.harvard.edu ChemBank is a public, web-based informatics environment created by the Broad Institute's Chemical Biology Program. ChemBank się społeczeństwa, opartego na sieci www informatyki środowisko stworzone przez lasy Instytutu Chemical Biology programu. This knowledge environment includes freely available data derived from small molecules and small-molecule screens. Wiedza ta obejmuje środowisko swobodnie dostępne dane pochodzące z małych cząsteczek i małych ekranach cząsteczki. ChemBank is intended to guide chemists synthesizing novel compounds or libraries, to assist biologists searching for small molecules that perturb specific biological pathways, and to catalyze the process by which drug hunters discover new and effective medicines. ChemBank przewodnik jest przeznaczony dla chemików syntezę nowych związków lub biblioteki, do pomocy biologów wyszukiwania dla małych cząsteczek biologicznych, że perturb konkretnych ścieżek, a także do przyspieszenia tempa procesu przez myśliwych narkotyków, które odkrywają nowe i skuteczne leki. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Resourcerer - http://www.tigr.org/tigr-scripts/magic/r1.pl Resourcerer - http://www.tigr.org/tigr-scripts/magic/r1.pl Tool for cross-referencing microarray data derived from different species and across different expression analysis platforms. Narzędzie do odsyłaniu microarray danych pochodzących z różnych gatunków i różnych platform analizy wypowiedzi. Built using the analysis of ESTs, the TIGR Gene Index (TGI), and Eukaryotic Gene Orthologs (EGO) databases. Zbudowane przy użyciu analizy interesy, tigr Gene Index (TGI), Gene i eukariotycznych Orthologs (JA) baz danych. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| ScanAlyze, Cluster, TreeView - http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm ScanAlyze, Cluster, TreeView - http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm Eisen Lab software for microarry image processing, analysis and visualization; available for download to windows platforms only; free with registration for non-commercial use. Eisen Lab microarry oprogramowania do przetwarzania obrazu, analizy i wizualizacji, dostępny do pobrania tylko na platformach Windows; wolnego z rejestracji dla niekomercyjnego użytku. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| SOURCE - http://source.stanford.edu Źródło - http://source.stanford.edu Stanford Online Universal Resource for Clones and ESTs pools publicly available data commonly sought for any clone, GenBank accession, or gene from human, mouse, rat. Stanford Online Universal Resource do klony i ESTS baseny z publicznie dostępnych danych, wspólnie poszukiwać wszelkich klon, GenBank przystąpienia, lub z genów ludzkich, myszy, szczurów. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| Stanford Microarray Database (SMD) - http://genome-www5.stanford.edu/ Stanford Microarray Database (SMD) - http://genome-www5.stanford.edu/ SMD stores raw and normalized data from microarray experiments, as well as their corresponding image files. SMD magazyny surowców i normalizowane microarray danych z eksperymentów, jak również odpowiadające im pliki graficzne. In addition, SMD provides interfaces for data retrieval, analysis and visualization. Dodatkowo SMD zawiera interfejsy do pobierania danych, analizy i wizualizacji. - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |
| TIGR Software Tools - http://www.tigr.org/software/ Tigr Software Tools - http://www.tigr.org/software/ A list of open-source software packages available for free from The Institute for Genomic Research (TIGR). Lista oprogramowania open-source pakietów dostępnych za darmo z The Institute for Genomic Research (tigr). - [ Read more ] -- [Czytaj więcej] |