
Long Oligonucleotide Arrays Long oligonukleotydu Tablice
Long Oligonucleotide DNA Microarrays : Long oligonukleotydu DNA Microarrays:
Long Oligonucleotide arrays are created using either ink-jet printing or robotic printing. Long oligonukleotydu tablice są tworzone przy użyciu druk atramentowy druk lub robotyka.
Algorithms are used in order to design long oligos of the same size of around 60 nucleotides (60-mers). Algorytmy wykorzystywane są w celu projektowania długo oligos tej samej wielkości około 60 nukleotydów (60-tora). However, these longer oligos are more difficult to pick as they need to have little homology to each other. Jednakże, te już oligos są trudniejsze do odbioru, ponieważ trzeba mieć trochę homology do siebie nawzajem.
Ink-jet pump printing produces the 60-mer arrays. INK-Jet pompa druk produkuje 60-mer tablic. 100 picoliter droplets of reagents are printed onto aa hydrophobic surface containing chemically active hyrdoxyl- OH groups. 100 picoliter krople odczynniki są drukowane na aa hydrofobowych powierzchni zawierających aktywne chemicznie hyrdoxyl grup-OH. The phosphoramidite DNA monomers in the droplets react with the OH groups, resulting in covalent bonding. W phosphoramidite DNA monomerów w kropelki reagować z grupami OH, w wyniku czego kowalencyjnych klejenie.
The slide can then be hybridized with labeled cDNA probes. Slajd może być następnie hybridized z etykietą sond cDNA. Similar to other DNA microarrays, you wash after hybridization, scan and analyze the resulting data. Podobnie jak inne DNA microarrays, umyć po hybrydyzacji, skanowania i analizowania uzyskanych danych.
Companies regularly produce Long oligonucleotide arrays with greater than 25,000 different probes. Firmy regularnie produkują przede wszystkim długie oligonukleotydu tablic z większą niż 25000 różnych sond.
Differences and Advantages of Long Oligonucleotide DNA Microarrays: Różnice i Zalety Long oligonukleotydu DNA Microarrays:
- Long oligos can distinguish between alternatively spliced mRNAs (this is quite important as most genes have alternative isoforms!) -- Long oligos można odróżnić alternatywnie spliced mRNAs (jest to bardzo ważne, ponieważ większość genów mają alternatywne izoformy!)
- Long oligos (60-mers) are single stranded which makes usual DNA microarray denaturation steps un-necessary -- Long oligos (60-tora) są jednym osieroconych, które sprawia, że zwykle Mikromacierz denaturacji niezbędne kroki un -
- Long oligos (60-mers) permit better specificity in DNA microarray hybridization -- Long oligos (60-tora) pozwalają lepiej specyfikę w Mikromacierz hybrydyzacji
- Easily Modified -- Łatwo zmodyfikować
- Adaptable -- Adaptacji