DNA Microarray Protocol Mikromacierz Protokół
Basic DNA Microarray Protocol: Podstawowe Mikromacierz Protokołu:
The Stages in a Microarray Experiment: Etapach w Microarray Experiment:
1. Obtain DNA Microarray Chip Uzyskaj Mikromacierz Chip
Currently, over 50,000 cDNA probes can be spotted onto a 25X75mm slide by robotic printing. Obecnie ponad 50000 sond cDNA może być dostrzeżone na jeden slajd 25X75mm przez robotyka druku. It is thus possible to array the entire human genome compliment using this high-density array approach (eg Affymetrix Arrays). Jest zatem możliwe do tablicy całego ludzkiego genomu komplement za pomocą tej wysokiej gęstości tablicy podejścia (np. tablice Affymetrix).
Thousands of distinct spots of known oligos or cDNAs are printed on matrix platforms located on either silicon, nylon sheets, or glass slides. Tysiące różnych miejscach znanych oligos lub cDNAs są drukowane na matrycy platform znajdujących się na jednej krzemu, w arkuszach nylon, szkła lub slajdów.
2. Cy3 and Cy5 Labeling of RNA Specimens using (RT-PCR) cDNA synthesis Cy3 i Cy5 Oznakowanie RNA przy użyciu Okazy (RT-PCR) synteza cDNA
The RNA from 2 or more specimens are compared. The RNA from each specimen is reverse transcribed using RT-PCR to cDNA (complementary cDNA). W RNA z 2 lub więcej okazów są porównywane. RNA z każdego okazu jest przedstawiona za pomocą odwrotnej RT-PCR do cDNA (komplementarny cDNA). The cDNA is labeled with two different fluorescent dyes which are colored differently (red and green), with Cy3 and Cy5. W cDNA jest etykietą z dwóch różnych barwników fluorescencyjnych są kolorowe, które w różny sposób (czerwone i zielone), z Cy3 i Cy5.
3. Hybridization of cDNA Probes to DNA array Hybrydyzacji DNA, cDNA wystawał do tablicy
The cDNA probes are hybridized to the DNA microarray. The DNA array is then washed. W sond cDNA są hybridized do Mikromacierz. DNA tablicy jest następnie myte.
4. Detection of Hybridization Signal Wykrywanie sygnału do hybrydyzacji
Fluorescent hybridization signals are scanned and detected using laser confocal devices. Fluorescencyjna hybrydyzacja sygnały są skanowane i wykrywane przy pomocy urządzeń laserowych confocal. Data is the filtered and processed. Dane są filtrowane i przetwarzane.
5. DNA Microarray Data Analysis Mikromacierz Analiza danych
Data analysis is conducted using DNA Microarray bioinformatic tools and/or image processing software. Analiza jest prowadzona przy użyciu Mikromacierz bioinformatycznych narzędzi i / lub przetwarzania obrazu oprogramowania.
The signal intesities of the spots are correlated with the concentrations of target mRNA samples. Sygnał intesities na spoty są skorelowane z docelowych stężenia mRNA próbek. Data mining is also conducted using statistical programs and algorithms to determine if the gene of interest is up-regulated, down-regulated, or unchanged. Dane górnictwa jest również prowadzone z wykorzystaniem programów statystycznych i algorytmów, aby ustalić, czy gen jest przedmiotem zainteresowania się regulacją, dół-regulowanym, lub na niezmienionym poziomie.
Data is then organized using a database. Dane są następnie organizowane przy użyciu bazy danych. Gene Annotation can be then performed on the data, with GO (gene ontology) analysis, clustering analysis (which groups similar genes and pathways together), and analysis of pathways and networks of genes. Gene Adnotacje mogą być następnie wykonywane na danych z GO (gen ontologia) analiza, analiza klastrów (grup podobnych genów i ścieżek razem), i analiza sieci dróg i genów.
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
