• Microarray Home Microarray Hjem
• Microarray Vendors Microarray Vendors
• Microarray Software Microarray Programvare
• Learn About Microarrays Lær Om Microarrays
• DNA Microarrays DNA Microarrays
• Protein Microarrays Protein Microarrays
• Microarray Forum Microarray Forum
• Microarray Protocols Microarray Protokoller
• Microarray Bioinformatics Microarray Bioinformatikk
• Microarray News Microarray Nyheter
• Microarray News Archive Microarray Nyhetsarkiv
• Microarray Resources Microarray Ressurser
• Contact Us Kontakt oss
• Bookmark Us! Bookmark Us!

Tissue Microarrays Tissue Microarrays

Tissue Microarrays an Introduction : Tissue Microarrays en innføring:

Tissue microarrays (TMAs) are used to analyze the expression of genes simultaneously in multiple individual tissue samples on one slide. Tissue microarrays (TMAs) brukes til å analysere uttrykk av gener samtidig i flere individuelle vev vareprøver på ett lysbilde. TMAs are composed of small 0.6 - 3.0 mm cores of tissue from donor tissue paraffin blocks which are arrayed at a high density on a slide. TMAs er sammensatt av små 0,6 - 3,0 mm kjerner av vev fra giver vev parafin blokker som er plassert på en høy tetthet på et lysbilde.

Technology Insight: identification of biomarkers with tissue microarray technology Jena M Giltnane and David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111 Technology Insight: identifisering av biomarkers med tissue microarray teknologi Jena M Giltnane og David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111

Tissue Microarrays have allowed tissue traditional analysis of conventional histologic paraffin blocks to become miniturized and high-throughput. Tissue Microarrays har tillatt vev tradisjonelle analyser av konvensjonelle histologic parafin blokker for å bli miniturized og høy overføringshastighet.

Histochemical and molecular detection techniques can be used on the TMA slides, and thus allow TMAs to be powerful tools to examine gene expression profiling in disease states across a variety of patients and disease conditions. Histochemical og molekylær påvisning teknikkene kan brukes på TMA skred, og dermed tillate TMAs å være kraftige verktøy for å undersøke gene expression profilering i sykdom stater på tvers av en rekke pasienter og sykdom forhold.

Tissue Microarray Contents Tissue microarray Innhold

TMA Introduction TMA Innledning

Characteristics of Tissue Arrays Kjennetegn vev Arrays

Tissue Microarray Synthesis Tissue microarray Synthesis

Applications Programmer

Advantages of TMAs Fordeler med TMAs

Types of Tissue Arrays Typer Tissue Arrays

Analysis Software Analysis Software

Tissue Chip References Tissue Chip Referanser

Characteristics of Tissue Microarrays : Kjennetegn på Tissue Microarrays:

• 50 - 500 tissues or more can be analyzed per slide block 50 - 500 vev eller mer kan bli analysert per lysbilde blokk
• high throughput høy hastighet
• relatively low cost relativt lave kostnader
• can be stained with a variety of stains such as H & E stained kan stained med en rekke stains for eksempel H & E stained
• slides can be analyzed with a wide-variety of techniques skred kan bli analysert med et bredt spekter av teknikker
• automated analysis and data collection with many techniques automatisert analyse og datainnsamling med mange teknikker

Tissue Microarray Synthesis : Tissue microarray Synthesis:

Tissue Microarrays are produced using a microtome which sections tissue into 4 - 5 micrometer sections (see figure 1 above). Tissue Microarrays er produsert ved hjelp av en microtome som deler vevet inn i 4 - 5 mikrometer deler (se figur 1 ovenfor). These core tissue biopsy sections are taken from specific areas of interest from paraffin-embedded tissue blocks.  These cynlindrical cores of tissue are re-embedded into an arrayed blank recipient blocks. Disse kjerne vev biopsy deler er hentet fra bestemte områder av interesse fra parafin-embedded tissue blokker. Disse cynlindrical kjerner av vevet blir re-forankret i en gruppert tomt mottaker blokker. Using this method, more than 500 tissue cores can be arrayed on a single slide! Ved hjelp av denne metoden, mer enn 500 vevet kjerner kan være plassert på et enkelt lysbilde! The master block was developed by Konenen et al. The master Blokken ble utviklet av Konenen et al.

Applications of Tissue Microarrays : Søknader av Tissue Microarrays:

• Immunohistochemistry
• Staining of : H & E, HC, ISH, Flekker av: H & E, HC, ISH,
• In situ hybridization In situ hybridization
• Fluorescent in situ hybridization (FISH) Fluorescent In situ hybridization (FISH)
• In situ PCR In situ PCR
• RNA or DNA expression analysis RNA eller DNA uttrykk analyse
• TUNEL assay for apoptosis Tunel analysen av apoptose
• Morphological and Clinical Characterisation of Many Patient Tissues Morfologiske og kliniske karakterisering av mange Patient vev

Advantages of Tissue Arrays or Tissue Chips : Fordeler med Tissue Arrays eller Tissue Chips:

• Experimental uniformity Experimental uniformity
• Allows amplification (and conservation) of scarce tissue samples Tillater forsterkersystem (og bevaring) av knappe vev vareprøver
• Saving the assay volume Lagrer analysen volum
• Reduces the number of slides examined (conventional slides tissue paraffin) Reduserer antall lysbilder undersøkt (konvensjonelle skred vev parafin)
• High-throughput Høy hastighet
• Analysis can be automated and data can be computerized Analyse kan være automatisert og data kan være datastyrt

Types of Tissue Microarrays : Typer Tissue Microarrays:

Cryo - Tissue Microarrays : Cryo-TMAs uses frozen tissues which are embedded in an optimal cutting temperature compound. Cryo - Tissue Microarrays: Cryo-TMAs bruker frosne vev som er innebygd i en optimal skjæring temperatur compound. These cryo-TMAs due to their freezing are superior to formalin fixed tissues for RNA and protein analysis. Disse Cryo-TMAs grunn til frysing er overlegen til formalin løst vev av RNA og protein analyse. Also, antibodies work much betterl with frozen tissues. Also, antistoffer arbeidet mye betterl med frosne vev.

Multi-tumours Tissue Microarrays : multi-tumour TMAs have many different types of tissues aligned on the slide. Multi-tumours Tissue Microarrays: Multi-svulst TMAs har mange forskjellige typer vev innretta på lysbildet. The technique was first used by Kononen et al., 1998. Kononen used this type of TMA to detect 6 gene amplifications. Den teknikken ble først brukt av Kononen et al., 1998. Kononen brukte denne typen TMA å oppdage 6 genet presiseringer. p53 expression was also examined in breast cancer tissue. p53 uttrykk ble også undersøkt i brystkreft vev.

Progression Tissue Microarrays : This type of tissue microarray examines different stages of tumour (or disease) progression within a given organ. Progression Tissue Microarrays: Denne typen tissue microarray undersøker ulike stadier av svulst (eller sykdom) progresjon innenfor et bestemt organ. For example, examination of tumours in the breast. For eksempel undersøkelse av tumours i bryst. These slides can then be assayed for markers of interest, or biochemical analysis of the samples can be done. Disse skred kan da bli assayed for markører av interesse, eller biokjemisk analyse av prøvene som kan gjøres.

Prognosis Tissue Microarrays : Disease samples such as tumour biopsies can be taken from patients and examined. Prognoser Tissue Microarrays: Sykdom prøvene som svulst biopsi kan tas fra pasienter og undersøkt. These samples can be used for clinical follow-ups to monitor the patient's progression. Disse prøvene kan brukes til klinisk følge vinduer til å overvåke pasientens progresjon. Data is then analyzed and compared with other clinical data. Dataene er deretter analysert og sammenlignet med andre kliniske data.

Tissue Microarray Software and Bioinformatics : Tissue microarray Programvare og Bioinformatikk:

Software Tools for High-Throughput Analysis of Tissue Microarrays: Image Archiving and Data Analysis Software Tools for høy av kapasitet analyse av Tissue Microarrays: Image arkivering og Data Analysis

Contains the following software: Inneholder følgende programvare:

TMA-Deconvoluter and Stainfinder. TMA-Deconvoluter og Stainfinder. The deconvoluter converts raw scoring worksheets from the 3-D Tissue Microarray layout into a 2-D tabulated table format suitable for further data analysis. Den deconvoluter konverterer rå scoring regneark fra 3-D Tissue microarray layout i en 2-D ordnet tabellen format som er egnet for videre analyse av data.

Tissue Array Data Analysis : Software to creating an interactive database for TMA image viewing and data input. Tissue Array Data Analysis: Programvare for å lage en interaktiv database for TMA bilde visning og data input.

TAD : Tissue Array Database Software for Download. TAD: Tissue Array databaseprogramvaren for nedlasting.

TMAJ : set of software tools used to manage Tissue MicroArray (TMA) data and information.. TMAJ: sett av programvare-verktøy som brukes til å administrere Tissue microarray (TMA) data og informasjon ..

Original Tissue Microarray Reference Papers: Opprinnelig Tissue microarray Referanse Papers:

Battifora H: The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing. Battifora H: multitumor (pølse) vev blokk: romanen metode for immunohistochemical antistoffet testing. Lab Invest 1986, 55:244-248. Lab Invest 1986, 55:244-248.

Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for høy overføringshastighet molecular profilering av svulst eksemplarer som er. Nat Med 1998, 4:844-847. Nat Med 1998, 4:844-847.