Microarray Types and Info Microarray Typer og Info

• Learn About Microarrays Lær Om Microarrays
• DNA Microarrays DNA Microarrays
• Protein Microarrays Protein Microarrays
• Antibody Microarrays Antibody Microarrays
• Tissue Microarrays Tissue Microarrays

Using Microarrays Bruke Microarrays

• Microarray Vendors Microarray Vendors
• Microarray Software Microarray Programvare
• Microarray Protocols Microarray Protokoller
• Microarray Forums Microarray Forums
• Contact Us / Advertise Kontakt oss / Annonsere

DNA Microarray Protocols DNA microarray Protokoller	DNA Microarray Bioinformatics DNA microarray Bioinformatikk	Learn about DNA Chips Lær om DNA-Chips	DNA Microarray Vendors and Products DNA microarray leverandører og produkter	DNA Array Forum DNA Array Forum	DNA Microarray News DNA microarray Nyheter

Short Oligonucleotide DNA Microarrays : Kort Oligonucleotide DNA Microarrays:

Short Oligonucleotide arrays are created using in-situ photolithographic synthesis Kort Oligonucleotide arrays er opprettet ved hjelp av in-situ photolithographic syntese

25-mer oligos are chemically synthesized onto glass slides using photolithographic methods pioneered originally by Affymetrix.  Digitally controlled micro-mirrors are now used in the photolithographic printing technique. 25-MER oligos er kjemisk syntetiserte på glass lysbilder ved hjelp photolithographic metoder var en pioner innenfor opprinnelig av Affymetrix. Digitalt kontrollert mikro-speil er nå brukt i photolithographic utskrift teknikk.

Glass slides are coated with synthetic linkers which contain photo-labile chemical groups.  Masks are used to direct light to pre-determined positions on the slide and this removes exposed groups. Glass skred er belagt med syntetisk linkers som inneholder bilde-labile kjemiske grupper. Masker blir brukt til direkte lys for pre-avgjøres plasseringer på lysbildet, og dette fjerner utsatte grupper. The unprotected groups can then be coupled with bi-functional deoxy-nucleotide triphosphates dNTPs. Den ubeskyttet grupper kan da bli koplet med bi-funksjonelle deoxy-nucleotide triphosphates dNTPs.

New masks are used in order to direct coupling at other sites until the desired sequences and lengths of oligos are synthesized. Nye masker er brukt for å direkte coupling på andre nettsteder til den ønskede sekvenser og lengder oligos er syntetiserte.

An Affymetrix chip can have over 500,000 25-mer oligo probes arrayed on a 1.25x1.25 cm slide! En Affymetrix chip kan ha over 500000 25-MER oligo probes plassert på en 1.25x1.25 cm lysbilde!

Anywhere from 10 to 20 different oligo probes are synthesized for each gene to tile from the 3' end of the mRNA.  There are oligos that are synthesized as perfect matches (designated PM), and mis-match pairs (MM). Hvor som helst 10 - 20 ulike oligo probes er syntetiserte for hver genet for flis fra 3 'enden av mRNA. Det er oligos som er syntetiserte som perfekt søkeord (tiltenkte PM), og mis-match parene (MM).

Each MM pair has a one-base pair mismatch in the centre of the oligo, which allows a control for background noise and allows normalization of cross-hybridization. Hver MM pair har en en-base pair mismatch i sentrum av oligo, som lar en kontroll av bakgrunnsstøy og gir normalisering av kryss-hybridization.

Problems of Short Oligonucleotide DNA Microarrays: Problemer med Short Oligonucleotide DNA Microarrays:

- Short oligos have cross-hybridization problems -- Kort oligos har kryss-hybridization problemer

- Must therefore use many oligo controls for each gene target -- Må derfor bruke mange oligo-kontroller for hver genet målrette