A global evaluation of microarray dedicated databases. En global evaluering av microarray dedikerte databaser. PDF. Sophie Lemoine. Sophie Lemoine. - [ Read more ] -- [Les mer]

The Array Clone Information Database (ACID) is a searchable resource for information about human, mouse, and rat cDNA clones. Den Array Klon Information Database (syre) er en søkbar ressurs for informasjon om menneskelige, mus og rotte cDNA kloner. Each clone contains information about the assigned UniGene cluster(s), location in the full-length transcript, assigned gene ont - [ Read more ] Hver klone inneholder informasjon om den tildelte UniGene klynge (r), beliggenhet i full lengde transkripsjon, tildelt genet ont - [Les mer]

Allows correlation of GeneChip array results with array design and annotation information; provides access to array content information, including probe sequences and gene annotations; free registration is required. Tillater correlation av GeneChip matrise resultater med array design og uttalelse, og gir tilgang til matrise innhold, inkludert probe sekvenser og genet merknader; gratis registrering kreves. - [ Read more ] -- [Les mer]

Public repository for microarray based gene expression data; contains several curated gene expression datasets. Offentlig oppbevaringssted for microarray baserte gene expression data; inneholder flere curated gene expression datasett. - [ Read more ] -- [Les mer]

ArrayPipe allows users to customize a processing pipeline for the analysis of microarray data. ArrayPipe gjør det mulig for brukere å skreddersy en behandling rørledning for analyse av microarray data. Includes methods for quality assessment of slides, data visualization, normalization, and detection of differentially expressed genes. Omfatter metoder for kvalitet vurdering av skred, data visualisering, normalisering, og påvisning av differentially uttrykte gener. Output consists of repor - [ Read more ] Utdata består av repor - [Les mer]

ArrayProspector is a set of predicted functional associations between genes that have been inferred from microarray expression data from the Standford Microarray Database. ArrayProspector er et sett anslås funksjonelle assosiasjoner mellom gener som har vært inferred fra microarray expression data fra Standford microarray database. Users can search for genes linked to query or for links between two genes. Brukerne kan søke etter gener knyttet til søket, eller koblinger mellom to gener. - [ Read more ] -- [Les mer]

ArrayXPath is a web-based service for matching microarray gene-expression profiles with known biological pathways. ArrayXPath er et web-basert tjeneste for målrettet microarray gene expression-profiler med kjent biologisk pathways. Input is a clustered gene-expression profile in a tab-delimited text format. Inngang er gruppert gene-uttrykk profil i en tabulatordelt tekst-format. Output includes pathway diagrams. Output inkluderer pathway diagrammer. - [ Read more ] -- [Les mer]

BASE - BioArray Software Environment. BASE - BioArray Software Environment. BASE a free web-based database solution for the massive data generated by microarray analysis. BASE en gratis web-basert database løsning for den massive data generert av microarray analyse. Released under GNU General Public License. Lansert under GNU General Public License. - [ Read more ] -- [Les mer]

Batch Extraction and Analysis of cis-Regulatory Regions (BEARR) takes a list of gene identifiers (such as RefSeq and Unigene IDs), consensus patterns, and (optionally) a position weight matrix as input and returns a list of matches for the patterns in bot - [ Read more ] Batch Utvinning og analyse av cis-Regulatory Regioner (BEARR) tar en liste av genet identifikatorer (for eksempel RefSeq og Unigene IDer), konsensus mønstre, og (eventuelt) en stilling vekt matrise som input og returnerer ei liste av treff for mønstrene i bot - [Les mer]

BiNGO is a Java-based tool to determine which Gene Ontology (GO) categories are statistically overrepresented in a set of genes or a subgraph of a biological network. Bingo er en Java-basert verktøy for å finne ut hvilke Gene ontologi (GO) kategorier er statistisk overrepresentert i et sett av gener eller en subgraph av en biologisk nettverk. - [ Read more ] -- [Les mer]

Bioconductor is an open source and open development software project that aims to provide access to a wide range of powerful statistical and graphical methods for the analysis of genomic data. Bioconductor er en åpen kildekode og åpne utvikling programvare prosjekt som tar sikte på å gi tilgang til et bredt utvalg av kraftige statistiske og grafiske metoder for analyse av genomikk data. - [ Read more ] -- [Les mer]

Server which scans upstream of genes in the same gene expression cluster for regulatory sequence motifs using a Gibbs sampling strategy. Server som skanner oppstrøms av gener i samme gene expression klynge av regulatoriske sekvens motivene ved hjelp av en Gibbs sampling. The Markov background model is used for non-motif bases, improving specificity of predicted motif locations. Den Markov bakgrunnen modellen er brukt for ikke-motivet baser, forbedre spesielle ved anslås motivet steder. - [ Read more ] -- [Les mer]

The MGuide (version 2.0). Den MGuide (versjon 2.0). The Brown Labs complete guide to microarraying for the molecular biologist. The Brown Labs komplett guide til microarraying for molekylær biolog. - [ Read more ] -- [Les mer]

Contact information, availabilities and expertise of Canadian microarray centres; includes labs that supply cDNA or oligonucleotide spotted arrays and other services, and labs that can analyse RNA with Affymetrix chips. Kontakt informasjon, availabilities og kompetanse av kanadiske microarray sentre; omfatter laboratorier som leverer cDNA eller oligonucleotide prikket matriser og andre tjenester, og laboratorier som kan analysere RNA med Affymetrix sjetonger. - [ Read more ] -- [Les mer]

Server which analyzes microarray and promoter sequence data associated with a response to a specific stimulus. Server som analyserer microarray og arrangøren sekvens data knyttet til et svar til en bestemt stimulans. After analysis a potential transcriptional regulatory network is created. Når analysen er en potensiell transcriptional regulatoriske nettverk er opprettet. CARRIE also determines which transcription factors were likely invol - [ Read more ] Carrie også bestemmer hvilke transkripsjonstjenester faktorer var sannsynligvis invol - [Les mer]

The Center for Information Biology gene EXpression database (CIBEX) is a public repository for gene expression experimental data. The Center for Information Biology gene expression database (CIBEX) er et offentlig register for gene expression eksperimentelle data. The database system is compliant with the MIAME standard. Databasen systemet er kompatibelt med MIAME standard. - [ Read more ] -- [Les mer]

A program for calculating cluster enrichment analysis and integrated visualization of expression, annotation and transcription factor binding site data using the Gene Ontology. Et program for beregning av klyngen enrichment analyse og integrert visualisering av uttrykk, merknader og transkripsjon faktor bindende nettstedet data ved hjelp av Gene ontologi. - [ Read more ] -- [Les mer]

Server which attempts to identify any motifs related to genes predicted to share regulatory elements. Server som forsøk på å identifisere eventuelle motiver knyttet til gener som anslås å dele regulerende elementer. It alters Gibbs sampling through biasing searches towards conserved sequences across multiple species. Det endrer Gibbs sampling gjennom biasing søker mot conserved sekvenser på tvers av flere arter. - [ Read more ] -- [Les mer]

The Conserved Transcription Factor Binding Site Finder (CONFAC) takes a list of human gene names and identifiers as input, and compares them with their mouse orthologues to identify conserved transcription factor binding sites. Den Conserved Transcription Factor Binding Site Finder (CONFAC) tar en liste over menneskelige genet navn og identifikatorer som inndata, og sammenligner dem med musen orthologues å identifisere conserved transkripsjonstjenester faktor bindende områder. Further information from t - [ Read more ] Ytterligere informasjon fra t - [Les mer]

Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) is a web-based tool that provides integrated solutions for the annotation and analysis of genome-scale datasets derived from high-throughput technologies such as microarray and proteo - [ Read more ] Database for Annotation, visualisering og integrert Discovery (DAVID) er et web-basert verktøy som leverer integrerte løsninger for merknaden og analyse av genome-skala datasett avledet fra høy overføringshastighet teknologier som microarray og proteo - [Les mer]

This website contains microarray analysis software (Argus and Z-pool), an Endothelial Cell Expression Database, and other resources related to Vascular Endothelium research. Denne nettsiden inneholder microarray analyse programvare (Argus og Z-pool), en Endothelial Cell Expression Data og andre ressurser knyttet til Vascular Endothelium forskning. See the PubMed abstracts for more information. Se PubMed sammendrag for mer informasjon. - [ Read more ] -- [Les mer]

Doelan is an tool designed to monitor the quality of DNA microarray production. Doelan er et verktøy utviklet for å overvåke kvaliteten av DNA microarray produksjon. - [ Read more ] -- [Les mer]

Useful for summarizing the predominant biological "theme" of a given gene list. Nyttig for oppsummering av den dominerende biologiske tema for en gitt genet. From a list of genes from microarray or other genome-scale experiments, EASE can rapidly calculate over-representation statistics for every possible Gene Ontology term with re - [ Read more ] Fra en liste av gener fra microarray eller andre genome-skala eksperimenter, letthet kan raskt beregne over-representasjon statistikk for alle mulige Gene ontologi sikt med nytt - [Les mer]

ermineJ is a tool for the analysis of gene sets (user defined or those defined by GO terms) in expression data. ermineJ er et verktøy for analyse av genetisk sett (brukerdefinerte eller de er definert av GO vilkår) i uttrykket. The software is designed to be used by biologists with little or no informatics background. Programvaren er utviklet for å brukes av biologists med lite eller ingen informatikk bakgrunn. A command-line interface is available for users who - [ Read more ] En kommando-linje grensesnitt er tilgjengelig for brukere som - [Les mer]

ExpressDB - a relational database containing yeast and E. coli RNA expression data. ExpressDB - en relasjonsdatabase som inneholder gjær og E. coli RNA expression data. - [ Read more ] -- [Les mer]

Expression Profiler is a web based platform for microarray data analysis developed at the EBI. Expression Profiler er en web-basert plattform for microarray data analysis utviklet ved EBI. This resource is integrated with the ArrayExpress database, a public repository for microarray data. Denne ressursen er integrert med ArrayExpress database, et offentlig register for microarray data. - [ Read more ] -- [Les mer]

The Gene Expression Data Analyzer (GEDA) is a tool for discovering differential gene expression in a subset of patients. The Gene Expression Data Analyzer (GEDA) er et verktøy for å finne differential gene expression i en undergruppe av pasienter. It is tailored to cancer-related microarray studies and offers extensive options for visualization, classification and normalization. Det er skreddersydd til kreft-relaterte microarray studier og har omfattende muligheter for visualisering, klassifisering og normalisering. - [ Read more ] -- [Les mer]

GeneX-Lite - a client software application providing an interface to relational database managment systems (RDBMS). GeneX-Lite - en klient program som gir et grensesnitt for relasjonsdatabase styringssystemer (RDBMS). The application interface allows the user to load, manage, analyze, visualize and query gene expression data. Søknaden grensesnittet gjør det mulig for brukeren å laste ned, organisere, analysere, visualisere og søket gene expression data. RDBMS provides storage of the data and analysis/visualization results. RDBMS tilbyr lagring av data og analyse / visualisering av resultatene. Free download. Gratis nedlasting. NCGR.org - [ Read more ] NCGR.org - [Les mer]

GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler) is a microarray expression data visualization tool, allowing data to be viewed on maps representing gene groupings and biological pathways. GenMAPP (Gene microarray Pathway Profiler) er en microarray expression data visualisering verktøyet, slik at data skal vises på kart som representerer genet grupperinger og biologisk pathways. - [ Read more ] -- [Les mer]

Gene Expression Omnibus: - GEO is a gene expression/molecular abundance repository supporting MIAME compliant data submissions, and a curated, online resource for gene expression data browsing, query and retrieval. Gene Expression Omnibus: - Geografisk er en gene expression / molecular overflod omplasserer støtte MIAME kompatibel data innleveringer og curated, online ressurs for gene expression data surfing, søk og gjenfinning. NCBI - [ Read more ] NCBI - [Les mer]

Gene expression and hybridization array data repository; online resource for retrieval of gene expression data from any organism or artificial source. Gene expression and hybridization array data repository; online ressurs for henting av gene expression data fra en hvilken som helst organisme eller kunstige kilden. - [ Read more ] -- [Les mer]

The Gene Expression Pattern Analysis Suite (GEPAS) is a collection of tools for the analysis of microarray data including data pre-processing, clustering, sample comparison, data mining based on GO terms (FatiGO), and annnotation. The Gene Expression Pattern Analysis Suite (GEPAS) er en samling av verktøy for analyse av microarray data, inkludert data pre-prosessering, gruppering, eksempel på sammenligning av data mining basert på GO termer (bekymrer meg), og annnotation. Also included are tools - [ Read more ] Dessuten er verktøy - [Les mer]

Genome Functional INtegrated Discoverer (GFINDer) takes a list of gene/clone IDs with classification information as input, and allows the user to characterize the different gene classes in the list using annotations of various types from several different - [ Read more ] Genom Funksjonell integrert Discoverer (GFINDer) tar en liste av genet / klone IDer med klassifisering informasjon som inndata, og gjør det mulig for brukeren å karakterisere de forskjellige genet klassene i listen ved hjelp av merknadene av forskjellige typer fra flere forskjellige - [Les mer]

Gene Ontology Automated Lexicon (GOAL) is a tool for the functional analysis of data from SAGE and microarray experiments. Gene ontologi Automated Leksikon (mål) er et verktøy for funksjonell analyse av data fra SAGE og microarray eksperimenter. Gene Ontology terms are used as the basis for statistical analysis. Gene ontologi begrepene er benyttet som grunnlag for statistisk analyse. - [ Read more ] -- [Les mer]

GoMiner organizes and allows the visualization of large sets of genes based on Gene Ontology classifications. GoMiner organiserer og gjør det mulig for visualisering av store mengder gener basert på Gene ontologi klassifikasjoner. - [ Read more ] -- [Les mer]

GoSurfer is a tool for visualizing and comparing gene sets by mapping them onto Gene Ontology (GO) information in the form of a hierarchical tree. GoSurfer er et verktøy for å visualisere og sammenligne genet sett av kartlegging dem på Gene ontologi (GO) informasjon i form av en hierarkisk tre. It is useful for investigating the results of microarray analyses or genome-wide computations. Det er nyttig for å undersøke resultatene av microarray analyser eller genome-wide beregninger. - [ Read more ] -- [Les mer]

Software for microarray image analysis. Programvare for microarray bilde analyse. - [ Read more ] -- [Les mer]

HuGEIndex Database. HuGEIndex Database. - [ Read more ] -- [Les mer]

KARMA (Keck Array Manager and Annotator) allows you compare and annotate your own microarrays against other available arrays. Karma (Keck Array Manager og Annotator) kan du sammenligne og kommentere ditt eget microarrays mot andre tilgjengelige arrays. Comparison of arrays can be achieved within the same species as well as across species (array comparison is based on UniGene Clu - [ Read more ] Sammenligning av matriser kan oppnås innenfor samme art, så vel som på tvers av artene (tabell sammenligning er basert på UniGene Clu - [Les mer]

Multi-Conditional Hybridization Intensity Processing System. Multi-Betinget hybridization Intensitet Processing System. A data warehousing concept that focuses on providing a structure for the statistical analysis of the entire components of microarray database's including the experimental annotations. En datavarehusprodukt konsept som fokuserer på å gi en struktur for statistisk analyse av hele komponenter i microarray database er inkludert eksperimentelle merknader. - [ Read more ] -- [Les mer]

MatchMiner is a tool to compare and convert gene identifiers. MatchMiner er et verktøy for å sammenligne og konvertere genet identifikatorer. Users can translate single or lists of identifiers from one form to another, or compare two lists of identifiers for common gene references. Brukere kan oversette én eller lister av identifikatorer fra en form til en annen, eller sammenligne to lister over identifikatorer for vanlige genet referanser. - [ Read more ] -- [Les mer]

maxd - a data warehouse and visualisation environment for genomic expression data. maxd - et datavarehus og visualisering miljø for Genova uttrykket data. maxdLoad2, maxdView. maxdLoad2, maxdView. - [ Read more ] -- [Les mer]

Server designed to pinpoint protein-DNA interaction sites at the base pair level. Server utformet for å fastslå protein-DNA interaction webområder på base pair nivå. Uses ChIP-array data, word enumeration and position-specific weight matrix updating to search for motifs representing these interaction sites. Bruker Chip-array data, ordet opplisting og posisjon-egenvekten matrise oppdatering for å søke etter motiver som representerer disse interaksjon områder. - [ Read more ] -- [Les mer]

MedMiner can be used to select genes from a microarray set based on GeneCards information. MedMiner kan brukes til å velge gener fra en microarray sett basert på GeneCards informasjon. Based on the genes selected one can then search PubMed abstracts using known gene synonyms and other user-specified search parameters. Basert på gener valgt en kan da søke PubMed sammendrag ved hjelp av kjente genet synonymer og andre bruker-spesifisert søk parametere. The PubMed search can also - [ Read more ] Den PubMed søk kan også - [Les mer]

MIAME (minimum information about a microarray experiment) compliant microarray data submission tool. MIAME (minimum informasjon om en microarray eksperiment) kompatibel microarray data innsending. - [ Read more ] -- [Les mer]

Group facilitating the development of an international repository for gene expression data and the experimental and database standards required for such an endeavour. Gruppe tilrettelegging for utvikling av et internasjonalt samlingssted for gene expression data og den eksperimentelle og database standarder som kreves for en slik bestrebelse. - [ Read more ] -- [Les mer]

MicroArray Project System (MAPS). Microarray Project System (MAPS). MAPS is a MicroArray Project System for the management and interpretation of microarray gene expression experiment data. MAPS er en microarray Project System for håndtering og tolkning av microarray gene expression forsøket data. NIEHS - Microarray Group - [ Read more ] NIEHS - microarray Group - [Les mer]

Protocols, analysis and resources; BLAST against the 15K set cDNA library clones (from 15,000 human UniGene clusters; clones are available). Protokoller, analyse og ressurser; BLAST mot 15K sette cDNA bibliotek kloner (fra 15000 menneskelige UniGene klynger; kloner er tilgjengelig). - [ Read more ] -- [Les mer]

NOMAD. Nomad. An open source system of software for storing and querying the results of microarray experiment data. En åpen kildekode-system av programvare for lagring og spørring av resultatene av microarray eksperiment. UCSF Nomad - [ Read more ] UCSF Nomad - [Les mer]

Oligodb generates oligos suitable for expression experiments based on predicted gene transcripts from the Ensembl project. Oligodb genererer oligos egnet til uttrykk eksperimenter basert på anslått genet transkripsjoner fra Ensembl prosjektet. One can search for transcripts via keyword, or do a batch search by providing a list of Ensembl identifiers. Man kan søke etter transkripsjoner via søkeord, eller gjøre en satsvis søk ved å gi en liste over Ensembl identifikatorer. - [ Read more ] -- [Les mer]

Onto-Tools is a suite of tools for data mining based on information from Gene Ontology (GO). Inn-verktøy er en pakke med verktøy for data mining basert på informasjon fra Gene ontologi (GO). Functional groupings of lists of differentially expressed genes can be created using Onto-Express. Funksjonell grupperinger av lister over differentially uttrykte gener kan være opprettet ved hjelp av inn-Express. Contains tools for assessing the functional bias for sets of - [ Read more ] Inneholder verktøy for å vurdere funksjonell skjevhet for sett - [Les mer]

An XML-based Java application is described that provides a function-oriented overview of the results of cluster analysis of gene-expression microarray data based on Gene Ontology terms and associations. Et XML-baserte Java-applikasjon er beskrevet som gir en funksjon-orientert oversikt over resultatene av klynge analyse av gene-expression microarray data basert på Gene ontologi vilkår og foreninger. The application generates one HTML page with listi - [ Read more ] Programmet genererer en HTML-side med liste - [Les mer]

A server for the detection, comparison and verification of transcription factor binding site motifs in promoters. En server for gjenkjenning, sammenligning og verifisering av transkripsjon faktor bindende nettstedet motiver i arrangører. POBO bootstrap analysis applied to one or two clusters of co-regulated genes detects motifs under extreme levels of representation. POBO bootstrap-analyse brukes til ett eller to klynger av co-regulerte gener oppdager motiver under ekstreme nivåer av representasjon. - [ Read more ] -- [Les mer]

Using current releases of genomic sequence data, ProbeLynx allows users to assess the specificity of probe sequences used for microarray experiments. Bruke gjeldende versjoner av Genova sekvens data, ProbeLynx gjør det mulig for brukere å vurdere om det spesielle ved probe sekvenser brukes for microarray eksperimenter. The user provides probe sequences in FASTA or tab-delimited format, and ProbeLynx reports specificity in - [ Read more ] Brukeren gir probe sekvenser i FASTA eller tabulatordelt format, og ProbeLynx rapporter spesifiserer i - [Les mer]

RAB - RNA Abundance Database - [ Read more ] Rab - RNA overflod Database - [Les mer]

Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y. READ: RIKEN Expression Array Database Nucleic Acids Research, 30, 211-213 (2002). Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., og Okazaki, Y. lyde: Riken Expression Array Database Nucleic Løselighet Research, 30, 211-213 (2002). - [ Read more ] -- [Les mer]

ChemBank is a public, web-based informatics environment created by the Broad Institute's Chemical Biology Program. ChemBank er en offentlig, web-basert informatikk miljø opprettet av Broad Institute's Chemical Biology Program. This knowledge environment includes freely available data derived from small molecules and small-molecule screens. Denne kunnskapen miljø inneholder fritt tilgjengelige data hentes fra små molekyler og små-molekylet skjermer. ChemBank is intended to guide chemists synthesizing novel compounds or libraries, to assist biologists searching for small molecules that perturb specific biological pathways, and to catalyze the process by which drug hunters discover new and effective medicines. ChemBank er ment å veilede apotek syntetiserer romanen forbindelser eller biblioteker, for å hjelpe biologists søker for små molekyler som forurolige bestemte biologiske pathways, og catalyze prosessen der stoffet jegere oppdager nye og effektive medisiner. - [ Read more ] -- [Les mer]

Tool for cross-referencing microarray data derived from different species and across different expression analysis platforms. Tool for kryss-refererer microarray data hentes fra ulike arter og på tvers av ulike uttrykk analyse plattformer. Built using the analysis of ESTs, the TIGR Gene Index (TGI), and Eukaryotic Gene Orthologs (EGO) databases. Bygd ved hjelp av analyse av ESTs, TIGR Gene Index (TGI), og eukaryote Gene Orthologs (JEG) databaser. - [ Read more ] -- [Les mer]

Eisen Lab software for microarry image processing, analysis and visualization; available for download to windows platforms only; free with registration for non-commercial use. Eisen Lab programvare for microarry bildebehandling, analyse og visualisering; tilgjengelig for nedlasting til Windows-plattformer; gratis med registrering av ikke-kommersiell bruk. - [ Read more ] -- [Les mer]

Stanford Online Universal Resource for Clones and ESTs pools publicly available data commonly sought for any clone, GenBank accession, or gene from human, mouse, rat. Stanford Online Universal Resource for Clones og ESTs pools offentlig tilgjengelige data ofte søkt på noen klone, GenBank tiltredelse, eller genet fra menneske, mus, rotte. - [ Read more ] -- [Les mer]

SMD stores raw and normalized data from microarray experiments, as well as their corresponding image files. SMD butikker rå og normalisert data fra microarray eksperimenter, så vel som deres tilsvarende bildefiler. In addition, SMD provides interfaces for data retrieval, analysis and visualization. I tillegg SMD gir grensesnitt for data, analyse og visualisering. - [ Read more ] -- [Les mer]

A list of open-source software packages available for free from The Institute for Genomic Research (TIGR). En liste over open-source programvare-pakkene tilgjengelig for gratis fra The Institute for genomiske Research (TIGR). - [ Read more ] -- [Les mer]