DNA Microarray Protocol DNA microarray Protocol
Basic DNA Microarray Protocol: Basic DNA microarray Protokoll:
The Stages in a Microarray Experiment: Stadiene i en microarray eksperiment:
1. Obtain DNA Microarray Chip Motta DNA microarray Chip
Currently, over 50,000 cDNA probes can be spotted onto a 25X75mm slide by robotic printing. Foreløpig er over 50000 cDNA probes kan bli sett på en 25X75mm lysbilde av robotic utskrift. It is thus possible to array the entire human genome compliment using this high-density array approach (eg Affymetrix Arrays). Det er dermed mulig å oppstille hele menneskelige genome kompliment å bruke denne high-density array tilnærming (f.eks Affymetrix Arrays).
Thousands of distinct spots of known oligos or cDNAs are printed on matrix platforms located on either silicon, nylon sheets, or glass slides. Tusenvis av distinkte flekker på kjente oligos eller cDNAs er trykt på matrise plattformer plassert på enten silisium, nylon ark eller glass skred.
2. Cy3 and Cy5 Labeling of RNA Specimens using (RT-PCR) cDNA synthesis Cy3 og Cy5 Merking av RNA eksemplarer som er bruker (RT-PCR) cDNA syntese
The RNA from 2 or more specimens are compared. The RNA from each specimen is reverse transcribed using RT-PCR to cDNA (complementary cDNA). The RNA fra 2 eller flere eksemplarer som er sammenlignet. RNA fra hvert eksemplar er revers transkribert ved hjelp av RT-PCR til cDNA (utfyllende cDNA). The cDNA is labeled with two different fluorescent dyes which are colored differently (red and green), with Cy3 and Cy5. The cDNA er merket med to forskjellige fluorescerende dyes som er farget annerledes (rød og grønn), med Cy3 og Cy5.
3. Hybridization of cDNA Probes to DNA array Hybridization av cDNA prober til DNA array
The cDNA probes are hybridized to the DNA microarray. The DNA array is then washed. The cDNA probes er hybridized til DNA microarray. DNA array deretter vasket.
4. Detection of Hybridization Signal Detection of hybridization Signal
Fluorescent hybridization signals are scanned and detected using laser confocal devices. Fluorescent hybridization signaler er skannet og registrert ved hjelp av laser konfokalmikroskoper enheter. Data is the filtered and processed. Data er filtrert og behandlet.
5. DNA Microarray Data Analysis DNA microarray Data Analysis
Data analysis is conducted using DNA Microarray bioinformatic tools and/or image processing software. Data-analyse er gjennomført ved hjelp av DNA microarray bioinformatic verktøy og / eller bildebehandling.
The signal intesities of the spots are correlated with the concentrations of target mRNA samples. Signalet intesities av stedene er korrelert med konsentrasjonene av målet mRNA vareprøver. Data mining is also conducted using statistical programs and algorithms to determine if the gene of interest is up-regulated, down-regulated, or unchanged. Data mining er også gjennomført ved hjelp av statistiske programmer og algoritmer for å finne ut om genet av interesse er opp-regulert, ned-regulert, eller uendret.
Data is then organized using a database. Data er deretter organisert ved hjelp av en database. Gene Annotation can be then performed on the data, with GO (gene ontology) analysis, clustering analysis (which groups similar genes and pathways together), and analysis of pathways and networks of genes. Gene Kommentaren kan deretter utføres på data, med GO (genet ontologi) analyse, gruppering analyse (som grupper lignende gener og pathways sammen), og analyse av pathways og nettverk av gener.
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
