Microarray Bioinformatic のツール及びデータベースオンラインで
Microarray Bioinformatic はオンラインで用具を使う。オンラインデータ解析。遺伝子のOntology 。行きなさい。群がること。オンライン統計量のソフトウェア。アレイ及びチップデータベースのDb 。
カテゴリ
ティッシュMicroarray Bioinformatics (3) |
リンクは ソートする: 衝突 & アルファベット
| microarray 専用データベースのPDF - http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/tools/download/data_management_en.pdf
の 全体的な評価 microarray 専用データベースの全体的な評価。PDF. Sophie Lemoine 。- [多く 読まれる] |
| 酸 - http://bioinfo.thep.lu.se/acid.html アレイクローン情報データベース(酸) は人間、マウス、およびラットのDNA のクローンについての情報のための捜せるリソースである。各クローンはUniGene の割り当てられたcluster(s) についての情報、遺伝子ont を割り当てられる実物大のコピーの位置を含んでいる- [多く 読まれる] |
| Affymetrix NetAffx の分析の中心 - http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx アレイデザイン及び注釈情報のGeneChip のアレイ結果の相関関係を許可する; プローブシーケンス及び遺伝子の注釈を含むアレイ内容情報へのアクセスを、提供する; 自由な登録は必要となる。- [多く 読まれる] |
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ArrayExpress - http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ microarray 基づかせていた遺伝子表現データのための公共のリポジトリ; 複数をcurated 遺伝子表現のデータ・セットを含んでいる。- [多く 読まれる] |
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ArrayPipe - http://koch.pathogenomics.ca/cgi-bin/pub/arraypipe.pl ArrayPipe はユーザーがmicroarray データの分析のための処理のパイプラインをカスタマイズすることを可能にする。特異的に表現された遺伝子のスライド、データ視覚化、標準化、および検出の品質アセスメントのための方法を含んでいる。出力はrepor から成っている- [多く 読まれる] |
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ArrayProspector - http://string.embl-heidelberg.de:8080/prophecies_html/prophecies.html ArrayProspector は一組のStandford Microarray のデータベースからのmicroarray 表現データから推論された遺伝子間の予測された機能連合である。ユーザーは問い合わせるためにリンクされる遺伝子または2 つの遺伝子間のリンクを捜すことができる。- [多く 読まれる] |
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ArrayXPath - http://www.snubi.org/software/ArrayXPath/ ArrayXPath は知られていた生物的細道にmicroarray 遺伝子表現のプロフィールをマッチさせる為のWEBベースサービスである。入力はタブ区切られたテキスト形式の群がらせた遺伝子表現のプロフィールである。出力は細道の図表を含んでいる。- [多く 読まれる] |
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ベース- BioArray のソフトウェアの環境 - http://base.thep.lu.se/ ベース- BioArray のソフトウェアの環境。microarray 分析によって生成される大きいデータのための自由なWEBベースのデータベースの解決を基づかせなさい。GNU の一般大衆ライセンスの下で解放される。- [多く 読まれる] |
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BEARR - http://giscompute.gis.a-star.edu.sg/‾vega/BEARR1.0/ シス形規定する領域(BEARR) のバッチ抽出そして分析は入力及びリターンとして遺伝子識別名(RefSeq 及びUnigene のID のような) 、一致パターン、および(任意選択で) 位置の重量のマトリックスのリストをbot のパターンのためのマッチのリスト取る- [多く 読まれる] |
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ビンゴ - http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/ ビンゴはどの遺伝子のOntology の(行きなさい) カテゴリが一組の遺伝子で統計的にoverrepresented か生物的ネットワークのサブグラフあるか定めるJava 基づかせていたツールである。- [多く 読まれる] |
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Bioconductor - http://www.bioconductor.org/ Bioconductor はgenomic データの分析に強力で統計的で、写実的な方法の広範囲へのアクセスを提供することを向けるオープンソースおよび開いた開発ソフトのプロジェクトである。- [多く 読まれる] |
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BioProspector - http://robotics.stanford.edu/‾xsliu/BioProspector/ サーバGibbs のサンプリング作戦を使用して規定するシーケンスモチーフのための同じ遺伝子表現クラスタの遺伝子の上流のスキャン。Markov の背景モデルは非モチーフベースのために使用され、予測されたモチーフの位置の特定性を増進する。- [多く 読まれる] |
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あなた自身のarrayer - http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/index.html …を構築しなさい MGuide (バージョン2.0) 。ブラウンの実験室は分子生物学者のためのmicroarraying へのガイドを完了する。- [多く 読まれる] |
| Microarray のカナダのリソース - http://kinase.uhnres.utoronto.ca/CanArrays.html カナダのmicroarray 中心の連絡先情報、アベイラビリティおよび専門知識; DNA かオリゴヌクレオチドによって斑点を付けられるアレイおよび他のサービスを供給する、分析できる実験室はAffymetrix のRNA 欠ける実験室を含み。- [多く 読まれる] |
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CARRIE - http://zlab.bu.edu/CARRIE
網 microarray 分析する及び促進者シーケンスデータは特定の刺激への応答と関連付けたサーバ。分析の後で潜在的なtranscriptional 規定するネットワークは作成される。CARRIE はまた本当らしいinvol はどのトランスクリプション要因だったか定める- [多く 読まれる] |
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CIBEX - http://cibex.nig.ac.jp/ 情報生物学の遺伝子表現のデータベース(CIBEX) のための中心は遺伝子表現の実験データのための公共のリポジトリである。データベースシステムはMIAME の標準と迎合的である。- [多く 読まれる] |
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- http://www.personal.psu.edu/faculty/n/h/nhs109/Clench/ をくいしばりなさい 表現のクラスタ強化の分析そして統合された視覚化を計算する為のプログラム、注釈およびトランスクリプションは遺伝子のOntology を使用して結合サイトデータを考慮する。- [多く 読まれる] |
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CompareProspector - http://compareprospector.stanford.edu/ モチーフを識別するように試みるサーバは分け前の規定する要素に予測された遺伝子に関連していた。それは多重種を渡る節約されたシーケンスの方の偏る検索によってGibbs のサンプリングを変える。- [多く 読まれる] |
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CONFAC - http://morenolab.whitehead.emory.edu/cgi-bin/confac/login.pl 節約されたトランスクリプション要因結合サイトのファインダー(CONFAC) は入力として人間の遺伝子名前および識別名のリストを取り、マウスorthologues と節約されたトランスクリプション要因結合サイトを識別するためにそれらを比較する。t からのそれ以上の情報- [多く 読まれる] |
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デイヴィッド - http://david.niaid.nih.gov/ 注釈、視覚化および統合された発見(デイヴィッド) のためのデータベースは提供する注釈そして分析のためのWEBベースのツール統合された解決のゲノム位取りするmicroarray 及びproteo のような高スループット技術から得られるデータ・セットをである- [多く 読まれる] |
| 管の内皮- http://www.vessels.bwh.harvard.edu/ のTranscriptional プログラムを定義する このウェブサイトはmicroarray 分析のソフトウェア(アルゴス及びZ プール) 、Endothelial セル表現のデータベース、および管の内皮の研究と関連している他のリソースを含んでいる。より多くの情報についてはPubMed の概要を見なさい。- [多く 読まれる] |
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Doelan - http://www.transcriptome.ens.fr/doelan/ Doelan はDNA のmicroarray 生産の品質を監視するように設計されているツールである。- [多く 読まれる] |
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容易さ - http://david.niaid.nih.gov/david/ease.htm ある特定の遺伝子のリストの優勢な生物的"主題" を要約する為に有用。microarray または他からの遺伝子のリストから実験、容易さを急速にレニウムとのあらゆる可能な遺伝子のOntology タームのためのに表示の統計量を計算するできるゲノム位取りしなさい- [多く 読まれる] |
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ermineJ - http://microarray.genomecenter.columbia.edu/ermineJ/ ermineJ はタームは定義されるユーザー定義またはユーザー定義を表現データの遺伝子セットの分析のためのツール(行く) である。ソフトウェアはほとんど情報科学の背景なしの生物学者によって使用されるように設計されている。コマンドラインインターフェイスはユーザーのために使用できる- [多く 読まれる] |
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ExpressDB - http://arep.med.harvard.edu/ExpressDB/ ExpressDB - イースト及びE. 大腸菌のRNA の表現データを含んでいる関連データベース。- [多く 読まれる] |
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表現の型彫機 - http://www.ebi.ac.uk/expressionprofiler/ 表現の型彫機はEBI で開発されるmicroarray データ解析のための網によって基づかせているプラットホームである。このリソースはArrayExpress のデータベース、microarray データのための公共のリポジトリと統合される。- [多く 読まれる] |
| 遺伝子表現データ検光子 - http://bioinformatics.upmc.edu/GE2/GEDA.html 遺伝子表現データ検光子(GEDA) は患者のサブセットの差動遺伝子表現を検出する為のツールである。それは癌関係したmicroarray 調査に合い、視覚化、分類および標準化のための広汎なオプションを提供する。- [多く 読まれる] |
| GeneX ライト:: の遺伝子表現ライト - http://www.ncgr.org/research/genex/ GeneX ライト- 関連データベースのmanagment システム(RDBMS) にインターフェイスを提供する顧客のソフトウェア・アプリケーション。アプリケーションインターフェイスはユーザーが遺伝子表現データをロードし、管理し、分析し、視覚化し、問い合わせることを可能にする。RDBMS はデータおよびanalysis/visualization の結果の記憶を提供する。フリー・ダウンロード。NCGR.org - [多く 読まれる] |
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GenMAPP - http://www.genmapp.org/ GenMAPP (遺伝子のMicroArray の細道の型彫機) はmicroarray 表現データ視覚化のツールであり、遺伝子のグループ及び生物的細道を表すマップで見られるようにデータがする。- [多く 読まれる] |
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GEO - Omnibus 遺伝子表現 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/ Omnibus 遺伝子表現: - GEO はMIAME 迎合的なデータ服従をサポートする遺伝子expression/molecular の豊富のリポジトリでありa は、閲覧する遺伝子表現データのためのオンラインリソース問い合わせおよび検索curated 。NCBI - [多く 読まれる] |
| GEO - Omnibus 遺伝子表現 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 遺伝子表現及び交配はデータリポジトリを配列する; 有機体または人工的なソースからの遺伝子表現データの検索のためのオンラインリソース。- [多く 読まれる] |
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GEPAS - http://www.gepas.org/ 遺伝子表現のパターン解析の組(GEPAS) は、サンプル比較群がる、データ前処理を含むmicroarray データの分析ターム(FatiGO) 、及びannnotation 基づくデータ鉱山のためのツールのコレクション行くである。またツールは含まれている- [多く 読まれる] |
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GFINDer - http://www.medinfopoli.polimi.it/GFINDer/ ゲノムの機能統合された発見者(GFINDer) は入力として分類情報のgene/clone のID のリストを取り、ユーザーが複数の別からの様々なタイプの注釈を使用してリストの異なった遺伝子のクラスを特徴付けることを許可する- [多く 読まれる] |
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目的 - http://microarrays.unife.it/ 遺伝子のOntology によって自動化される語い(目的) は賢明な、microarray 実験からのデータの機能分析のためのツールである。遺伝子のOntology タームは統計分析のために基礎として使用される。- [多く 読まれる] |
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GoMiner - http://discover.nci.nih.gov/gominer/ GoMiner は遺伝子のOntology の分類に基づく遺伝子の大きいセットの視覚化を組織し、可能にする。- [多く 読まれる] |
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GoSurfer - http://www.biostat.harvard.edu/complab/gosurfer/ GoSurfer は遺伝子のOntology (行きなさい) 情報にそれらのマップによって階層的な木の形に遺伝子セットを視覚化し、比較する為のツール行う。それはmicroarray 分析またはゲノム広い計算の結果を調査する為に有用である。- [多く 読まれる] |
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GridGrinder - http://gridgrinder.sourceforge.net/ microarray イメージ分析のためのソフトウェア。- [多く 読まれる] |
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HuGEIndex のデータベース - http://www.biotechnologycenter.org/hio/databases/index.html HuGEIndex のデータベース。- [多く 読まれる] |
| カルマ - http://biryani.med.yale.edu/karma/cgi-bin/mysql/karma.pl カルマは他の使用できるアレイに対して(Keck のアレイマネージャ及びAnnotator) 比較し、注釈するあなた自身のmicroarrays を可能にする。アレイの比較を種を渡る、また同じ種の内で達成することができる(アレイ比較はUniGene Clu に基づいている- [多く 読まれる] |
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M-CHiPS - http://www.dkfz-heidelberg.de/mchips/ マルチ条件交配の強度の処理システム。そのデータ貯蔵の概念実験注釈を含むmicroarray データベースの全体のコンポーネントの統計分析に構造を提供することの焦点。- [多く 読まれる] |
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MatchMiner - http://discover.nci.nih.gov/matchminer/ MatchMiner は遺伝子識別名を比較し、変えるツールである。ユーザーは1 つの形式からの別のものに識別名の単一かリストを変換できるまたは共通の遺伝子の参照のための識別名の2 つのリストを比較しなさい。- [多く 読まれる] |
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maxd - http://www.bioinf.man.ac.uk/microarray/maxd/ maxd - genomic 表現データmaxdLoad2 のmaxdView のためのデータ倉庫そして視覚化の環境。- [多く 読まれる] |
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MDscan - http://robotics.stanford.edu/‾xsliu/MDscan/ サーバは水平な基礎ペアで蛋白質DNA の相互作用のサイトを正確に示すように設計した。使用はこれらの相互作用のサイトを表すモチーフを捜すためにアップデートするデータ、ワード等置および位置特定の重量のマトリックスをチップ配列する。- [多く 読まれる] |
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MedMiner - http://discover.nci.nih.gov/textmining/ MedMiner がGeneCards 情報に基づくmicroarray セットから遺伝子を選ぶのに使用することができる。遺伝子に基づかせていて1 つをそれから知られていた遺伝子の同義語および他のユーザー指定の検索パラメータを使用してPubMed の概要を検索するできる選んだ。またPubMed の検索の缶- [多く 読まれる] |
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MIAMExpress - http://www.ebi.ac.uk/microarray/MIAMExpress/miamexpress.html MIAME (microarray 実験についての最低情報) 迎合的なmicroarray データ服従のツール。- [多く 読まれる] |
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Microarray の遺伝子表現のデータベース - http://www.mged.org 遺伝子表現データ及びそのような努力に必要な実験及びデータベースの標準のための国際的なリポジトリの開発を促進しているグループ。- [多く 読まれる] |
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MicroArray のプロジェクトシステム(マップ) - http://dir.niehs.nih.gov/microarray/software/maps/ MicroArray のプロジェクトシステム(マップ) 。マップはmicroarray 遺伝子表現の実験データの管理そして解釈のためのMicroArray のプロジェクトシステムである。NIEHS - Microarray のグループ- [多く 読まれる] |
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NHGRI Micorarray のプロジェクト - http://www.nhgri.nih.gov/DIR/Microarray/main.html プロトコル、分析およびリソース; 15K 一定のDNA ライブラリクローンに対する送風(UniGene 15,000 の人間のクラスタから; クローンは使用できる) 。- [多く 読まれる] |
| 遊牧民 - http://ucsf-nomad.sourceforge.net/ 遊牧民。microarray 実験データの結果を保存し、問い合わせる為のソフトウェアのオープンソースシステム。UCSF の遊牧民- [多く 読まれる] |
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Oligodb - http://oligodb.charite.de/ Oligodb はEnsembl のプロジェクトからの予測された遺伝子のコピーに基づく表現の実験のために適したoligos を生成する。1 つはキーワードによるコピーを捜すことができるまたはEnsembl 識別名のリストの提供によってバッチ検索をしなさい。- [多く 読まれる] |
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にツール - http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html にツールは遺伝子のOntology からの情報に基づくデータ鉱山のためのツールの組帰宅している(行きなさい) 。特異的に表現された遺伝子のリストの機能グループはに表現するを使用して作成することができる。セットのための機能バイアスをの査定する為のツールを含んでいる- [多く 読まれる] |
| Ontologizing の遺伝子表現のmicroarray データ: - http://www.charite.de/ch/medgen/ontologizer/ 遺伝子のOntology ターム及び連合に基づく遺伝子表現のmicroarray データのクラスタ分析の結果の機能方向づけられた概要を提供するJava のXML 基づかせていたアプリケーションは記述されている。アプリケーションはlisti の1 HTML ページを生成する- [多く 読まれる] |
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POBO - http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi:9801/pobo 検出のためのサーバ、トランスクリプションの比較および確認は促進者で結合サイトのモチーフを考慮する。POBO のブートストラップの分析は1 つに適用したまたはco 調整された遺伝子の2 つのクラスタは表示の極度なレベルの下でモチーフを検出する。- [多く 読まれる] |
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ProbeLynx - http://www.pathogenomics.ca/probelynx genomic シーケンスデータの現在のバージョンを使用して、ProbeLynx はユーザーがmicroarray 実験に使用するプローブシーケンスの特定性を査定することを可能にする。ユーザーはFASTA またはタブ区切られたフォーマットのプローブシーケンスを提供し、ProbeLynx は特定性を報告する- [多く 読まれる] |
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RAB - RNA の豊富のデータベース - http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/index.php RAB - RNA の豊富のデータベース- [多く 読まれる] |
| 読まれる: RIKEN の表現のアレイデータベース - http://read.gsc.riken.go.jp/ Bono 、H. 、Kasukawa 、t. 、Hayashizaki 、Y. 、および岡崎、読まれるY.: RIKEN の表現のアレイデータベースの核酸の研究、30 、211-213 (2002 年) 。- [多く 読まれる] |
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研究Assistan II - http://chembank.broad.harvard.edu ChemBank は広い協会の化学生物学プログラムによって作成される公共の、WEBベースの情報科学の環境である。この知識の環境は小さい分子および小さ分子スクリーンから得られる使用できるデータを自由に含んでいる。新しい混合物かライブラリを総合している化学者を特定の生物的細道を導き混乱させる、薬剤のハンターが新しく、有効な薬を検出するプロセスに意図されている小さい分子を捜している援助の生物学者に触媒作用を及ぼすようにChemBank は。- [多く 読まれる] |
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Resourcerer - http://www.tigr.org/tigr-scripts/magic/r1.pl microarray データをクロスレファレンスする為のツールは異なった種類からそして異なった表現の分析のプラットホームを渡って得た。ESTs 、TIGR の遺伝子指標(TGI) 、および遺伝子のOrthologs Eukaryotic (自我) のデータベースの分析を使用して構築される。- [多く 読まれる] |
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ScanAlyze のクラスタ、TreeView - http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm microarry 画像処理、分析及び視覚化のためのEisen の実験室のソフトウェア; 唯一のWindows のプラットホームにダウンロードのために使用できる; 非営利的な使用のための登録と放しなさい。- [多く 読まれる] |
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ソース - http://source.stanford.edu クローン及びESTs のためのスタンフォードオンライン普遍的なリソースは一般に人間、マウス、ラットからのGenBank のクローン、取得、または遺伝子のために追求される使用できるデータを公に分かち合う。- [多く 読まれる] |
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スタンフォードMicroarray データベース(SMD) - http://genome-www5.stanford.edu/ SMD は対応するイメージファイルと同様、microarray 実験からの未加工及び正規化データを、保存する。さらに、SMD はデータ収集、分析および視覚化にインターフェイスを提供する。- [多く 読まれる] |
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TIGR のソフトウエアツール - http://www.tigr.org/software/ Genomic の研究(TIGR) のための協会からの自由のために使用できる開けソースソフトウエアパッケージのリスト。- [多く 読まれる] |
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
