Una valutazione globale delle basi di dati dedicate microarray. Pdf. Sophie Lemoine. - [colto più]

La base di dati delle informazioni del clone di allineamento (ACIDO) è una risorsa reperibile per le informazioni sull'essere umano, sul mouse e sul ratto che il DNA clona. Ogni clone contiene le informazioni sul cluster(s) assegnato di UniGene, posizione nella trascrizione integrale, assegnata il gene Ontario - [colto più]

Permette la correlazione dei risultati di allineamento di GeneChip con il disegno di allineamento e le informazioni di annotazione; fornisce l'accesso alle informazioni del soddisfare di allineamento, compreso le sequenze della sonda e le annotazioni del gene; il registro libero è richiesto. - [colto più]

Deposito pubblico per i dati basati microarray di espressione del gene; contiene vari curated i gruppi di dati di espressione del gene. - [colto più]

ArrayPipe permette che gli utenti personalizzino una conduttura elaborante per l'analisi dei dati microarray. Include i metodi per la valutazione di qualità degli scorrevoli, della visualizzazione di dati, della normalizzazione e della rilevazione dei geni differenziale espressi. L'uscita consiste del repor - [colto più]

ArrayProspector è un insieme delle associazioni funzionali previste fra i geni che sono stati arguiti dai dati microarray di espressione dalla base di dati di Standford Microarray. Gli utenti possono cercare i geni collegati per interrogare o i collegamenti fra due geni. - [colto più]

ArrayXPath è un servizio Web-basato per abbinare i profili microarray di gene-espressione con le vie biologiche conosciute. L'input è un profilo ragruppato di gene-espressione in un formato di testo tabulazione-delimitato. L'uscita include gli schemi di via. - [colto più]

BASE - Ambiente Di Software Di BioArray. BASI una soluzione Web-basata libera della base di dati per i dati voluminosi generati da analisi microarray. Liberato sotto l'autorizzazione del grande pubblico di GNU. - [colto più]

L'estrazione in lotti e l'analisi delle regioni cis-Regolarici (BEARR) prende una lista dei contrassegni del gene (quali le identificazioni di Unigene e di RefSeq), dei modelli di consenso e (facoltativamente) di una tabella del peso di posizione come input e ritorni una lista delle corrispondenze per i modelli in BOT - [colto più]

Il biNGO è uno strumento Java-basato per determinare quali categorie di Ontology del gene (VADA) sono statisticamente overrepresented in un insieme dei geni o in un subgraph di una rete biologica. - [colto più]

Bioconductor è una sorgente aperta e un progetto aperto del software di sviluppo che mira a fornire l'accesso ad una vasta gamma dei metodi statistici e grafici efficaci per l'analisi dei dati genomic. - [colto più]

Server che esplora controcorrente dai geni nella stessa serie di ingranaggi di espressione del gene per i motivi regolatori di sequenza usando una strategia di campionamento di Gibbs. Il modello della priorità bassa di Markov è usato per le basi di non-motivo, migliorando la specificità delle posizioni previste di motivo. - [colto più]

Il MGuide (versione 2.0). I laboratori marroni completano la guida a microarraying per il biologo molecolare. - [colto più]

Mettasi in contatto con le informazioni, le disponibilità e la perizia dei centri microarray canadesi; include i laboratori che assicurano il DNA o gli allineamenti macchiati oligonucleotide ed altri servizi ed i laboratori che possono analizzare RNA con Affymetrix scheggia. - [colto più]

Il server che analizza microarray ed i dati di sequenza del promotore si sono associati con una risposta ad uno stimolo specifico. Dopo analisi una rete regolatrice di transcriptional potenziale è creata. CARRIE egualmente determina quali fattori della trascrizione erano invol probabile - [colto più]

Il centro per la base di dati di espressione del gene di biologia delle informazioni (CIBEX) è un deposito pubblico per i dati sperimentali di espressione del gene. Il sistema della base di dati è compliant con lo standard di MIAME. - [colto più]

Un programma per la calcolazione analisi di arricchimento della serie di ingranaggi e della visualizzazione integrata dei dati del luogo obbligatorio di fattore di espressione, di annotazione e della trascrizione usando il gene Ontology. - [colto più]

Il server che tenta di identificare tutti i motivi si è riferito ai geni previsti agli elementi regolatori della parte. Altera il campione di Gibbs con le ricerche influenzanti verso le sequenze conservate attraverso le specie multiple. - [colto più]

Il cercatore conservato del luogo obbligatorio di fattore della trascrizione (CONFAC) prende una lista dei nomi umani e dei contrassegni del gene come input e li paragona ai loro orthologues del mouse per identificare i luoghi obbligatori conservati di fattore della trascrizione. Ulteriori informazioni dalla t - [colto più]

La base di dati per l'annotazione, la visualizzazione e la scoperta integrata (DAVID) è uno strumento Web-basato che fornisce soluzioni integrate per l'annotazione e l'analisi di genome-regola i gruppi di dati derivati dalle tecnologie di alto-rendimento quali microarray ed il proteo - [colto più]

Questo Web site contiene il software microarray di analisi (Argus e Z-stagno), una base di dati endothelial di espressione delle cellule ed altre risorse relative a ricerca vascolare del endothelium. Veda gli estratti di PubMed per le più informazioni. - [colto più]

Doelan è uno strumento destinato per controllare la qualità di produzione microarray del DNA. - [colto più]

Utile per la ricapitolazione "del tema" biologico predominante di data lista del gene. Da una lista dei geni da microarray o da altro genome-regoli gli esperimenti, FACILITÀ può calcolare velocemente le statistiche della sopra-rappresentazione per ogni termine possibile di Ontology del gene con i Re - [colto più]

il ermineJ è uno strumento per l'analisi degli insiemi del gene (utente definito o quelli definiti vicino VA termini) nei dati di espressione. Il software è destinato per essere usato dai biologhi con poca o nessuna priorità bassa di informatica. Una comando-riga interfaccia è disponibile per gli utenti che - [colto più]

ExpressDB - una base di dati relazionale che contiene i dati di espressione coli del RNA del E. e del lievito. - [colto più]

Il profiler di espressione è una piattaforma basata Web per analisi di dati microarray sviluppata al EBI. Questa risorsa è integrata con la base di dati di ArrayExpress, un deposito pubblico per i dati microarray. - [colto più]

L'analizzatore di dati di espressione del gene (GEDA) è uno strumento per la scoperta dell'espressione differenziale del gene in un sottoinsieme dei pazienti. È adeguato a gli studi microarray cancro-relativi ed offre le vaste opzioni per visualizzazione, la classificazione e la normalizzazione. - [colto più]

GeneX-Lite - un'applicazione del software del cliente che fornisce un'interfaccia ai sistemi di managment della base di dati relazionale (RDBMS). L'interfaccia di applicazione permette che l'utente carichi, gestisca, analizzi, preveda ed interroghi i dati di espressione del gene. RDBMS fornisce la memoria dei dati e dei risultati di analysis/visualization. Liberi il trasferimento dal sistema centrale verso i satelliti. NCGR.org - [colto più]

GenMAPP (profiler di via di MicroArray del gene) è uno strumento microarray di visualizzazione di dati di espressione, permettendo che i dati siano osservati sui programmi che rappresentano i raggruppamenti del gene e le vie biologiche. - [colto più]

Espressione Del Gene Generale: - GEO è un deposito dell'abbondanza del gene expression/molecular che sostiene le presentazioni compliant di dati di MIAME e la a curated, risorsa in linea per i dati di espressione del gene che passano in rassegna, domanda e ricupero. NCBI - [colto più]

Deposito di dati di allineamento di espressione e di ibridazione del gene; risorsa in linea per ricupero dei dati di espressione del gene da qualsiasi organismo o sorgente artificiale. - [colto più]

Il suite di analisi del modello di espressione del gene (GEPAS) è una collezione di strumenti per l'analisi dei dati microarray compreso pre-processing di dati, ragruppante, il confronto del campione, estrazione mineraria di dati basata sopra VA termini (FatiGO) ed annnotation. Egualmente sono inclusi gli strumenti - [colto più]

Il discoverer integrato funzionale del genome (GFINDer) prende una lista delle identificazioni di gene/clone con le informazioni di classificazione come input e che permette che l'utente caratterizzi i codici categoria differenti del gene nella lista usando le annotazioni di vari tipi da parecchi differenti - [colto più]

Il lessico automatizzato Ontology del gene (OBIETTIVO) è uno strumento per l'analisi funzionale dei dati dagli esperimenti PRUDENTI e microarray. I termini di Ontology del gene sono usati come la base per analisi statistica. - [colto più]

GoMiner organizza e permette la visualizzazione di grandi insiemi dei geni basati sulle classificazioni di Ontology del gene. - [colto più]

GoSurfer è uno strumento per prevedere e confrontare gli insiemi del gene tracciandoli sulle informazioni di Ontology del gene (VADA) sotto forma d'un albero gerarchico. È utile per lo studio dei risultati delle analisi microarray o dei calcoli genome-larghi. - [colto più]

Software per analisi di immagine microarray. - [colto più]

Base di dati Di HuGEIndex. - [colto più]

Il KARMA (gestore ed Annotator di allineamento di Keck) li permette confronta ed annota i vostri propri microarrays contro altri allineamenti disponibili. Il confronto degli allineamenti può essere realizzato all'interno della stessa specie come pure attraverso la specie (il confronto di allineamento è basato su UniGene Clu - [colto più]

Sistema Elaborante Di Intensità Multi-Condizionale Di Ibridazione. Un concetto d'immagazzinamento di dati quel fuochi sul fornire una struttura per l'analisi statistica di interi componenti di base di dati microarray compreso le annotazioni sperimentali. - [colto più]

MatchMiner è uno strumento per confrontare e convertire i contrassegni del gene. Gli utenti possono tradurre singolo o le liste dei contrassegni da una forma ad un altro, o confronti due liste dei contrassegni per i riferimenti comuni del gene. - [colto più]

maxd - un magazzino di dati e un ambiente di visualizzazione per i dati genomic maxdLoad2, maxdView di espressione. - [colto più]

Il server ha progettato segnare i luoghi con esattezza di interazione proteina-DNA al livello basso di accoppiamento. Gli usi Circuito-allineano i dati, l'enumerazione di parola e la tabella del peso di position-specifico aggiornanti per cercare i motivi che rappresentano questi luoghi di interazione. - [colto più]

MedMiner può essere usato per selezionare i geni a partire da un insieme microarray basato sulle informazioni di GeneCards. Sulla base dei geni ha selezionato uno può allora cercare gli estratti di PubMed usando i sinonimi conosciuti del gene ed altri parametri user-specified di ricerca. La latta di ricerca di PubMed anche - [colto più]

Strumento microarray compliant di presentazione di dati di MIAME (le informazioni minime su un esperimento microarray). - [colto più]

Gruppo che facilita lo sviluppo di un deposito internazionale per i dati di espressione del gene e gli standard della base di dati e sperimentali richiesti per una tal attività. - [colto più]

Sistema Di Progetto MicroArray (PROGRAMMI). I PROGRAMMI è un sistema di progetto MicroArray per la gestione e l'interpretazione dei dati microarray di esperimento di espressione del gene. NIEHS - gruppo di Microarray - [colto più]

Protocolli, analisi e risorse; Lo SCOPPIO contro la libreria stabilita del DNA 15K clona (da 15.000 serie di ingranaggi umane di UniGene; clona sono disponibile). - [colto più]

NOMAD. Un sistema aperto di sorgente di software per memorizzare e l'interrogazione dei risultati dei dati microarray di esperimento. Nomad di UCSF - [colto più]

Oligodb genera i oligos adatti ad esperimenti di espressione basati sulle trascrizioni previste del gene dal progetto Ensembl. Uno può cercare le trascrizioni via la parola chiave, o faccia una ricerca in lotti fornendo una lista dei contrassegni di Ensembl. - [colto più]

Gli Su-Strumenti è un suite degli strumenti per estrazione mineraria di dati basata sulle informazioni dal gene Ontology (VADA). I raggruppamenti funzionali delle liste dei geni differenziale espressi possono essere usando creato Su-Esprimono. Contiene gli strumenti per valutare la polarizzazione funzionale per gli insiemi di - [colto più]

Un'applicazione XML-basata del Java è descritta che fornisce una descrizione funzione-orientata dei risultati di analisi della serie di ingranaggi dei dati microarray di gene-espressione basati sui termini e sulle associazioni di Ontology del gene. L'applicazione genera un HTML page con il listi - [colto più]

Un server per la rilevazione, il confronto e la verifica dei motivi del luogo obbligatorio di fattore della trascrizione in promotori. L'analisi della linguetta per calzare gli stivali di POBO applicata ad una o due serie di ingranaggi dei geni co-regolati rileva i motivi sotto i livelli estremi della rappresentazione. - [colto più]

Usando le versioni correnti dei dati genomic di sequenza, ProbeLynx permette che gli utenti valutino la specificità delle sequenze della sonda usate per gli esperimenti microarray. L'utente fornisce le sequenze della sonda in FASTA o nel formato tabulazione-delimitato e ProbeLynx segnala la specificità dentro - [colto più]

RAB - base di dati dell'abbondanza del RNA - [colto più]

Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y. ed Okazaki, Y. COLTO: Ricerca Degli Acidi Nucleici Della Base di dati Di Allineamento Di Espressione di RIKEN, 30, 211-213 (2002). - [colto più]

ChemBank è un pubblico, ambiente Web-basato di informatica creato dal programma chimico di biologia del vasto istituto. Questo ambiente di conoscenza include liberamente i dati disponibili derivati dalle piccoli molecole e schermi della piccolo-molecola. ChemBank è inteso per guidare i chimici che sintetizzano i residui o le librerie del romanzo, ai biologhi di aiuto che cercano le piccole molecole che perturbano le vie biologiche specifiche e per catalizzare il processo tramite cui i cacciatori della droga scoprono le nuove e medicine efficaci. - [colto più]

Lo strumento per il riferimento dei dati microarray ha derivato dalla specie differente ed attraverso le piattaforme differenti di analisi di espressione. Costruito usando l'analisi di ESTs, dell'indice del gene di TIGR (TGI) e delle basi di dati di Orthologs del gene di Eukaryotic (EGO). - [colto più]

Software del laboratorio di Eisen per l'elaborazione di immagini, l'analisi e la visualizzazione microarry; disponibile per il trasferimento dal sistema centrale verso i satelliti alle piattaforme delle finestre soltanto; liberi con il registro per uso non commerciale. - [colto più]

La risorsa universale in linea della Stanford per clona ed ESTs riunisce pubblicamente i dati disponibili cercati comunemente per tutta la clone, accessione di GenBank, o gene dall'essere umano, il mouse, ratto. - [colto più]

SMD memorizza i dati grezzi e normalizzati dagli esperimenti microarray, così come i loro archivi corrispondenti di immagine. In più, SMD fornisce le interfacce per reperimento dei dati, analisi e visualizzazione. - [colto più]

Una lista dei pacchetti di programmi di apr-sorgente disponibili per esente dall'istituto per ricerca di Genomic (TIGR). - [colto più]