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Protocolli del DNA Microarray

 

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Tribuna Di Allineamento del DNA

Notizie del DNA Microarray

Protocollo Di base del DNA Microarray:

 

Le fasi in un esperimento di Microarray:

1. Ottenga Il Circuito integrato del DNA Microarray  

Attualmente, oltre 50.000 DNA le sonde possono essere macchiate su uno scorrevole di 25X75mm dalla stampa robot. È così possibile allineare l'intero complimento umano del genome usando questo metodo ad alta densità di allineamento (per esempio allineamenti di Affymetrix).

Le migliaia dei punti distinti dei oligos o di DNAS conosciuti sono stampate sulle piattaforme della tabella situate su silicone, sui fogli di nylon, o sulle lastre di vetro.

2. Identificare Cy3 e Cy5 degli esemplari del RNA usando (RT-PCR) sintesi del DNA

Il RNA da 2 o più esemplari è confrontato.  Il RNA da ogni esemplare è d'inversione trascritto usando RT-PCR al DNA (DNA complementare). Il DNA è identificato con due tinture fluorescenti differenti che sono colorate diversamente (rosso e verde), con Cy3 e Cy5.

3. Ibridazione delle sonde del DNA all'allineamento del DNA

Le sonde del DNA sono ibridate al DNA microarray. L'allineamento del DNA allora è lavato.

4. Rilevazione del segnale di ibridazione

I segnali fluorescenti di ibridazione sono esplorati e rilevati per mezzo dei dispositivi confocal del laser. I dati sono filtrata ed elaborato.

5. Analisi Di Dati del DNA Microarray

L'analisi di dati è condotta usando gli strumenti del DNA Microarray e/o il software bioinformatic di elaborazione di immagini.

I intesities del segnale dei punti sono correlati con le concentrazioni dei campioni di mRNA dell'obiettivo. L'estrazione mineraria di dati egualmente è condotta usando i programmi e le procedure statistici per determinare se il gene di interesse in su-è regolato, giù-regolato, o identicamente.

I dati allora sono organizzati usando una base di dati. L'annotazione del gene può allora essere realizzata sui dati, con VA (analisi di ontology del gene), ragruppando l'analisi (che geni simili e vie dei gruppi insieme) e l'analisi delle vie e le reti dei geni.