DNA Microarray Protocol डीएनए माइक्रोएरे प्रोटोकॉल
Basic DNA Microarray Protocol: मूल डीएनए माइक्रोएरे प्रोटोकॉल :
The Stages in a Microarray Experiment: माइक्रोएरे के चरणों में प्रयोग :
1. 1 . Obtain DNA Microarray Chip प्राप्त डीएनए माइक्रोएरे चिप
Currently, over 50,000 cDNA probes can be spotted onto a 25X75mm slide by robotic printing. वर्तमान में 50000 से अधिक जांच की जा सकती है सीडीएनए धब्बेदार 25X75mm स्लाइड पर एक रोबोट द्वारा मुद्रण . It is thus possible to array the entire human genome compliment using this high-density array approach (eg Affymetrix Arrays). इस प्रकार यह संभव सरणी पूरे मानव जीनोम का उपयोग करके बधाई इस दृष्टिकोण सरणी उच्च घनत्व ( जैसे Affymetrix Arrays ) .
Thousands of distinct spots of known oligos or cDNAs are printed on matrix platforms located on either silicon, nylon sheets, or glass slides. हजारों विशिष्ट स्थलों के नाम से जाना जाता है oligos या cDNAs पर मुद्रित या तो सिलिकॉन मैट्रिक्स प्लेटफार्म पर स्थित है , नायलॉन शीट , या कांच के स्लाइड .
2. 2 . Cy3 and Cy5 Labeling of RNA Specimens using (RT-PCR) cDNA synthesis Cy3 शाही सेना और Cy5 लेबल के नमूनों का प्रयोग करते हुए ( आर.टी. - पीसीआर ) सीडीएनए संश्लेषण
The RNA from 2 or more specimens are compared. The RNA from each specimen is reverse transcribed using RT-PCR to cDNA (complementary cDNA). 2 या अधिक से शाही सेना के नमूनों की तुलना में हैं . की शाही सेना में से हर एक नमूना है रिवर्स transcribed का उपयोग करने के लिए पीसीआर आर.टी. - सीडीएनए ( अनुपूरक सीडीएनए ) . The cDNA is labeled with two different fluorescent dyes which are colored differently (red and green), with Cy3 and Cy5. इस लेबल के साथ दो भिन्न है सीडीएनए फ्लोरोसेंट रंजक होते हैं जो अलग रंगीन ( लाल और हरा ) , Cy3 के साथ और Cy5 .
3. 3 . Hybridization of cDNA Probes to DNA array संकरण की जांच करने के लिए डीएनए सीडीएनए सरणी
The cDNA probes are hybridized to the DNA microarray. The DNA array is then washed. सीडीएनए की जांच के लिए डीएनए माइक्रोएरे hybridized हैं . सरणी के डीएनए है तो धोकर है .
4. 4 . Detection of Hybridization Signal सिग्नल की पहचान संकरण
Fluorescent hybridization signals are scanned and detected using laser confocal devices. प्रतिदीप्त स्कैन कर रहे हैं संकरण संकेतों का पता चला और उपकरणों का उपयोग करके लेजर confocal . Data is the filtered and processed. डाटा है और संसाधित छान .
5. 5 . DNA Microarray Data Analysis डीएनए माइक्रोएरे डाटा विश्लेषण
Data analysis is conducted using DNA Microarray bioinformatic tools and/or image processing software. डाटा विश्लेषण का प्रयोग करते हुए डीएनए माइक्रोएरे है आयोजित bioinformatic उपकरण और / या इमेज प्रोसेसिंग सॉफ़्टवेयर है .
The signal intesities of the spots are correlated with the concentrations of target mRNA samples. यह संकेत intesities के धब्बों से संबंधित हैं mRNA गैसों के नमूनों का लक्ष्य है . Data mining is also conducted using statistical programs and algorithms to determine if the gene of interest is up-regulated, down-regulated, or unchanged. डेटा आंकड़ा खनन का उपयोग कर रहे कार्यक्रमों का आयोजन भी किया है और यदि जीन एल्गोरिदम को निर्धारित करने के लिए ब्याज की विनियमित करना है , कम से विनियमित , या अपरिवर्तित है .
Data is then organized using a database. डाटा का आयोजन किया जाता है तब एक डाटाबेस का उपयोग कर रहे हैं . Gene Annotation can be then performed on the data, with GO (gene ontology) analysis, clustering analysis (which groups similar genes and pathways together), and analysis of pathways and networks of genes. जीन व्याख्या की जा सकती है पर उसके बाद प्रदर्शन डाटा के साथ जाएँ ( जीन सत्तामीमांसा ) विश्लेषण , क्लस्टरिंग विश्लेषण ( जो जीन और इसी तरह के समूहों के रास्ते एक साथ ) , और विश्लेषण के रास्ते और नेटवर्क के जीन .
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