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ADN Courte Microarrays d'Oligonucléotide :

Des alignements courts d'oligonucléotide sont créés en utilisant la synthèse photolithographic in-situ

les oligos 25-mer sont chimiquement synthétisés sur des plaques en verre en utilisant des méthodes photolithographic frayées initialement par Affymetrix.  Des micro-miroirs à commande numérique sont maintenant utilisés dans la technique d'impression photolithographic.

Des plaques en verre sont enduites des éditeurs de liens synthétiques qui contiennent les groupes chimiques photo-labiles.  Des masques sont employés pour diriger la lumière vers des positions prédéterminées sur la glissière et ceci retire les groupes exposés. Les groupes non protégés peuvent alors être couplés aux dNTPs Bi-fonctionnels de triphosphates de deoxy-nucléotide.

Les nouveaux masques sont raccordement direct utilisé à d'autres sites jusqu'à ce que les ordres et les longueurs désirés des oligos soient synthétisés.

Une puce d'Affymetrix peut avoir plus de 500.000 sondes de l'oligo 25-mer rangées sur une glissière de 1.25x1.25 centimètre !

N'importe où de 10 à 20 sondes différentes d'oligo sont synthétisées pour que chaque gène couvre de tuiles de la fin 3'du mRNA.  Il y a des oligos qui sont synthétisés en tant qu'allumettes parfaites (indiquées P.M.), et mal adapte les paires (millimètre).

Chaque paire de millimètre a une erreur d'assortiment de paire d'un-base au centre de l'oligo, qui permet une commande pour le bruit de fond et permet la normalisation de la croix-hybridation.

 

Problèmes d'ADN courte Microarrays d'oligonucléotide :

- les oligos courts ont des problèmes de croix-hybridation

- doit donc utiliser beaucoup de commandes d'oligo pour chaque cible de gène