Une évaluation globale des bases de données dédiées microarray. Pdf. Sophie Lemoine. - [lu plus]

La base de données de l'information de clone d'alignement (ACIDE) est une ressource rechercheable pour des informations sur l'humain, la souris, et le rat que l'ADN copie. Chaque clone contient les informations sur le cluster(s) assigné d'UniGene, emplacement dans la transcription intégrale, assignée le gène Ontario - [lu plus]

Permet la corrélation des résultats d'alignement de GeneChip avec la conception d'alignement et l'information d'annotation ; permet d'accéder à l'information de contenu d'alignement, y compris des ordres de sonde et des annotations de gène ; l'enregistrement libre est exigé. - [lu plus]

Dépôt public pour des données basées microarray d'expression de gène ; contient plusieurs curated des ensembles de données d'expression de gène. - [lu plus]

ArrayPipe permet à des utilisateurs de personnaliser une canalisation de traitement pour l'analyse des données microarray. Inclut des méthodes pour l'évaluation de qualité des glissières, de la visualisation de données, de la normalisation, et de la détection des gènes différentiel exprimés. La sortie se compose du repor - [lu plus]

ArrayProspector est un ensemble d'associations fonctionnelles prévues entre les gènes qui ont été impliqués des données microarray d'expression de la base de données de Standford Microarray. Les utilisateurs peuvent rechercher des gènes joints pour questionner ou des liens entre deux gènes. - [lu plus]

ArrayXPath est un service Web-basé pour apparier des profils microarray de gène-expression avec des voies biologiques connues. L'entrée est un profil groupé de gène-expression dans une mise en forme de texte tabulateur-délimitée. La sortie inclut des diagrammes de voie. - [lu plus]

BASE - Environnement de Logiciel de BioArray. BASEZ une solution Web-basée libre de base de données pour les données massives produites par analyse microarray. Libéré sous le permis de grand public de GNU. - [lu plus]

L'extraction en lots et l'analyse des régions cis-De normalisation (BEARR) prend une liste d'identificateurs de gène (tels que des identifications de RefSeq et d'Unigene), de configurations de consensus, et (sur option) d'une matrice de poids de position comme entrée et retours une liste d'allumettes pour les configurations dans le BOT - [lu plus]

Le bingo-test est un outil Java-basé pour déterminer quelles catégories d'Ontology de gène (ALLEZ) sont overrepresented statistiquement dans un ensemble de gènes ou un sous-graphe d'un réseau biologique. - [lu plus]

Bioconductor est une source ouverte et un projet ouvert de logiciel de développement qui vise à permettre d'accéder à un éventail de méthodes statistiques et graphiques puissantes pour l'analyse des données genomic. - [lu plus]

Serveur qui balaye d'amont des gènes dans la même batterie d'expression de gène pour des motifs de normalisation d'ordre en utilisant une stratégie de prélèvement de Gibbs. Le modèle de fond de Markov est utilisé pour des bases de non-motif, améliorant la spécificité des emplacements prévus de motif. - [lu plus]

Le MGuide (version 2.0). Les laboratoires bruns terminent le guide de microarraying pour le biologiste moléculaire. - [lu plus]

Entrez en contact avec l'information, les disponibilités et l'expertise des centres microarray canadiens ; inclut les laboratoires qui assurent l'ADN ou les alignements repèrés par oligonucléotide et d'autres services, et les laboratoires qui peuvent analyser ARN avec Affymetrix ébrèche. - [lu plus]

Le serveur qui analyse microarray et les données d'ordre d'instigateur se sont associés à une réponse à un stimulus spécifique. Après analyse un réseau de normalisation de transcriptional potentiel est créé. CARRIE détermine également quels facteurs de transcription étaient invol probable - [lu plus]

Le centre pour la base de données d'expression de gène de biologie de l'information (CIBEX) est un dépôt public pour des données expérimentales d'expression de gène. Le système de base de données est conforme avec la norme de MIAME. - [lu plus]

Un programme pour calculer l'analyse d'enrichissement en batterie et la visualisation intégrée des données d'accepteur de facteur d'expression, d'annotation et de transcription en utilisant le gène Ontology. - [lu plus]

Le serveur qui essaye d'identifier tous les motifs a associé aux gènes prévus aux éléments de normalisation de part. Il modifie le prélèvement de Gibbs par des recherches polarisantes vers des ordres économisés à travers des espèces multiples. - [lu plus]

Le détecteur économisé d'accepteur de facteur de transcription (CONFAC) prend une liste de noms humains et d'identificateurs de gène comme entrée, et les compare à leurs orthologues de souris pour identifier les accepteurs économisés de facteur de transcription. Davantage d'information de t - [lu plus]

La base de données pour l'annotation, la visualisation et la découverte intégrée (DAVID) est un outil Web-basé qui fournit les solutions intégrées pour l'annotation et l'analyse de génome-mesurent des ensembles de données dérivés des technologies de haut-débit telles que microarray et le proteo - [lu plus]

Ce site Web contient le logiciel microarray d'analyse (Argus et Z-regroupement), une base de données endothéliale d'expression de cellules, et d'autres ressources liées à la recherche vasculaire d'endothélium. Voyez les abrégés sur PubMed pour plus d'information. - [lu plus]

Doelan est un outil conçu pour surveiller la qualité de la production microarray d'ADN. - [lu plus]

Utile pour récapituler le "thème" biologique prédominant d'une liste donnée de gène. D'une liste de gènes de microarray ou d'autre génome-mesurez les expériences, FACILITÉ peut rapidement calculer des statistiques d'au-dessus-représentation pour chaque limite possible d'Ontology de gène avec des Re - [lu plus]

l'ermineJ est un outil pour l'analyse des positionnements de gène (l'utilisateur défini ou ceux définis près VONT des limites) dans des données d'expression. Le logiciel est conçu pour être employé par des biologistes avec peu ou pas de fond d'informatique. Une commande-ligne interface est disponible pour les utilisateurs qui - [lu plus]

ExpressDB - une base de données relationnelle contenant des données d'expression de levure et d'ARN de E. coli. - [lu plus]

Le profileur d'expression est une plateforme basée par Web pour l'analyse de données microarray développée à l'EBI. Cette ressource est intégrée avec la base de données d'ArrayExpress, un dépôt public pour des données microarray. - [lu plus]

L'analyseur de données d'expression de gène (GEDA) est un outil pour découvrir l'expression différentielle de gène dans un sous-ensemble de patients. Il est conçu en fonction des études microarray cancer-connexes et offre des options étendues pour la visualisation, la classification et la normalisation. - [lu plus]

GeneX-Lite - une application de logiciel de client fournissant une interface aux systèmes de managment de base de données relationnelle (RDBMS). L'interface d'application permet à l'utilisateur de charger, contrôler, analyser, visualiser et questionner des données d'expression de gène. RDBMS fournit la mémoire des données et des résultats d'analysis/visualization. Libérez le téléchargement. NCGR.org - [lu plus]

GenMAPP (profileur de voie de MicroArray de gène) est un outil microarray de visualisation de données d'expression, permettant à des données d'être visualisées sur des cartes représentant des groupements de gène et des voies biologiques. - [lu plus]

Expression de Gène Omnibus : - GEO est un dépôt d'abondance du gène expression/molecular supportant des soumissions conformes de données de MIAME, et a curated, ressource en ligne pour des données d'expression de gène parcourant, requête et recherche. NCBI - [lu plus]

Gisement de données d'alignement d'expression et d'hybridation de gène ; ressource en ligne pour la recherche des données d'expression de gène de toute organization ou source artificielle. - [lu plus]

La suite d'analyse de configuration d'expression de gène (GEPAS) est une collection d'outils pour l'analyse des données microarray comprenant le prétraitement de données, groupant, comparaison d'échantillon, exploitation de données basée en fonction VONT des limites (FatiGO), et annnotation. En outre inclus sont des outils - [lu plus]

Le découvreur intégré fonctionnel de génome (GFINDer) prend une liste d'identifications de gene/clone avec l'information de classification comme entrée, et permet à l'utilisateur de caractériser les différentes classes de gène dans la liste en utilisant des annotations de divers types de plusieurs différents - [lu plus]

Le lexique automatisé par Ontology de gène (BUT) est un outil pour l'analyse fonctionnelle des données des expériences SAGES et microarray. Des termes d'Ontology de gène sont utilisés comme base pour l'analyse statistique. - [lu plus]

GoMiner organise et permet la visualisation de grands ensembles de gènes basés sur des classifications d'Ontology de gène. - [lu plus]

GoSurfer est un outil pour visualiser et comparer des positionnements de gène en les traçant sur l'information d'Ontology de gène (ALLEZ) sous forme d'arbre hiérarchique. Il est utile pour étudier les résultats des analyses microarray ou des calculs génome-larges. - [lu plus]

Logiciel pour l'analyse d'image microarray. - [lu plus]

Base de données de HuGEIndex. - [lu plus]

Le KARMA (gestionnaire et Annotator d'alignement de Keck) vous permet comparent et annotent vos propres microarrays contre d'autres alignements disponibles. La comparaison des alignements peut être réalisée dans les mêmes espèces comme à travers des espèces (la comparaison d'alignement est basée sur UniGene Clu - [lu plus]

Système de Traitement Multi-Conditionnel d'Intensité d'Hybridation. Un concept d'entreposage de données ce foyers sur fournir une structure pour l'analyse statistique des composants entiers de la base de données microarray comprenant les annotations expérimentales. - [lu plus]

MatchMiner est un outil pour comparer et convertir des identificateurs de gène. Les utilisateurs peuvent traduire simple ou des listes d'identificateurs d'une forme à l'autre, ou comparez deux listes d'identificateurs pour des références communes de gène. - [lu plus]

maxd - un entrepôt de données et un environnement de visualisation pour les données genomic maxdLoad2, maxdView d'expression. - [lu plus]

Le serveur a conçu pour indiquer exactement des sites de l'interaction protéine-ADN au niveau de base de paire. Les utilisations Puce-rangent des données, l'énumération de mot et la matrice position-spécifique de poids mettant à jour pour rechercher des motifs représentant ces sites d'interaction. - [lu plus]

MedMiner peut être employé pour choisir des gènes à partir d'un positionnement microarray basé sur l'information de GeneCards. Basé sur les gènes a choisi un peut alors rechercher des abrégés sur PubMed en utilisant des synonymes connus de gène et d'autres paramètres personnalisés par l'utilisateur de recherche. Le bidon de recherche de PubMed également - [lu plus]

Outil microarray conforme de soumission de données de MIAME (informations minimum sur une expérience microarray). - [lu plus]

Groupe facilitant le développement d'un dépôt international pour des données d'expression de gène et les normes expérimentales et de base de données requises pour un tel effort. - [lu plus]

Système de Projet de MicroArray (CARTES). Les CARTES est un système de projet de MicroArray pour la gestion et la traduction des données microarray d'expérience d'expression de gène. NIEHS - Groupe de Microarray - [lu plus]

Protocoles, analyse et ressources ; Le SOUFFLE contre la bibliothèque réglée d'ADN 15K copie (de 15.000 batteries humaines d'UniGene ; copie sont disponibles). - [lu plus]

NOMADE. Un système ouvert de source de logiciel pour enregistrer et questionner les résultats des données microarray d'expérience. Nomade d'UCSF - [lu plus]

Oligodb produit des oligos appropriés aux expériences d'expression basées sur les transcriptions prévues de gène du projet d'Ensembl. On peut rechercher des transcriptions par l'intermédiaire de mot-clé, ou faites une recherche en lots en fournissant une liste d'identificateurs d'Ensembl. - [lu plus]

Les Sur-Outils est une suite des outils pour l'exploitation de données basée sur l'information du gène Ontology (ALLEZ). Les groupements fonctionnels des listes de gènes différentiel exprimés peuvent être utilisation créée Sur-Expriment. Contient des outils pour évaluer la polarisation fonctionnelle pour des ensembles de - [lu plus]

On décrit une application XML-basée de Java qui fournit une vue d'ensemble fonction-orientée des résultats de l'analyse de batterie des données microarray de gène-expression basées sur des limites et des associations d'Ontology de gène. L'application produit d'un HTML page avec le listi - [lu plus]

Un serveur pour la détection, la comparaison et la vérification des motifs d'accepteur de facteur de transcription dans les instigateurs. L'analyse d'amorce de POBO appliquée à un ou deux batteries des gènes Co-réglés détecte des motifs sous les niveaux extrêmes de la représentation. - [lu plus]

En utilisant les versions en cours des données genomic d'ordre, ProbeLynx permet à des utilisateurs d'évaluer la spécificité des ordres de sonde utilisés pour des expériences microarray. L'utilisateur fournit des ordres de sonde dans FASTA ou format tabulateur-délimité, et ProbeLynx enregistre la spécificité dedans - [lu plus]

RAB - Base de données d'abondance d'ARN - [lu plus]

Bono, H., Kasukawa, T., Hayashizaki, Y., et Okazaki, Y. LU : Recherche d'Acides Nucléiques de Base de données d'Alignement d'Expression de RIKEN, 30, 211-213 (2002). - [lu plus]

ChemBank est un public, environnement Web-basé d'informatique créé par du large le programme chimique de la biologie institut. Cet environnement de la connaissance inclut librement des données disponibles dérivées de petits molécules et écrans de petit-molécule. ChemBank est destiné pour guider des chimistes synthétisant des composés ou des bibliothèques de roman, aux biologistes d'aide recherchant les petites molécules qui perturbent des voies biologiques spécifiques, et pour catalyser le processus par lequel les chasseurs de drogue découvrent de nouvelles et pertinentes médecines. - [lu plus]

L'outil pour établir les renvois de des données microarray a dérivé de différentes espèces et à travers différentes plateformes d'analyse d'expression. Construit en utilisant l'analyse d'ESTs, de l'incrément de gène de TIGR (TGI), et des bases de données d'Orthologs de gène d'Eukaryotic (MOI). - [lu plus]

Logiciel de laboratoire d'Eisen pour le traitement d'image, l'analyse et la visualisation microarry ; disponible pour le téléchargement aux plateformes de fenêtres seulement ; libérez avec l'enregistrement pour l'usage non-commercial. - [lu plus]

La ressource universelle en ligne de Stanford pour copie et ESTs met publiquement des données disponibles généralement recherchées pour n'importe quelle clone, consultation de GenBank, ou gène d'humain, souris, rat. - [lu plus]

SMD enregistre des données crues et normales des expériences microarray, aussi bien que leurs fichiers correspondants d'image. En outre, SMD fournit des interfaces pour l'extraction de données, l'analyse et la visualisation. - [lu plus]

Une liste de progiciels d'ouvrir-source disponibles pour exempt de l'institut pour la recherche de Genomic (TIGR). - [lu plus]