Tissue Microarrays Tissue microarray

Tissue Microarrays an Introduction : Tissue microarray johdanto:

Tissue microarrays (TMAs) are used to analyze the expression of genes simultaneously in multiple individual tissue samples on one slide. Tissue microarray (TMAs) käytetään analysoida ilmentävät geenit samanaikaisesti useita yksittäisen kudoksen näytteitä yhden dian. TMAs are composed of small 0.6 - 3.0 mm cores of tissue from donor tissue paraffin blocks which are arrayed at a high density on a slide. TMAs ovat muodostuu pienistä 0,6 - 3,0 mm säikeistä kudosta luovuttajan kudokset parafiini lohkot, jotka ovat jotka on joka high density-levyllä.

kudoksen microarray

Technology Insight: identification of biomarkers with tissue microarray technology Jena M Giltnane and David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111 Technology Insight: tunnistaminen biomarkers kanssa kudoksen microarray teknologian Jena M Giltnane ja David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111

Tissue Microarrays have allowed tissue traditional analysis of conventional histologic paraffin blocks to become miniturized and high-throughput. Tissue microarray ovat sallineet kudoksen perinteisen analyysin perinteisen histologic parafiini korttelin tulla miniturized ja korkea-läpijuoksu.

Histochemical and molecular detection techniques can be used on the TMA slides, and thus allow TMAs to be powerful tools to examine gene expression profiling in disease states across a variety of patients and disease conditions. Histochemical ja molekyylitasolla havaitseminen tekniikoita voidaan käyttää, TMA dioja, ja siten mahdollistaa TMAs olla tehokkaita välineitä tutkia geenien ilmentyminen profilointi-tautia todetaan yli erilaisten potilaiden ja sairauksien ehdoilla.

Tissue Microarray Contents Tissue Microarray Sisällys

TMA Introduction TMA Johdanto

Characteristics of Tissue Arrays Characteristics of Tissue Järjestää

Tissue Microarray Synthesis Tissue Microarray Synthesis

Applications Hakemukset

Advantages of TMAs Edut TMAs

Types of Tissue Arrays Types of Tissue Järjestää

Analysis Software Analysis Software

Tissue Chip References Tissue Chip Viitteet

Characteristics of Tissue Microarrays : Characteristics of Tissue microarray:

50 - 500 tissues or more can be analyzed per slide block 50 - 500 kudosten tai useamman voidaan analysoida per slide lohko
high throughput korkea suoritusteho
relatively low cost suhteellisen alhaiset kustannukset
can be stained with a variety of stains such as H & E stained voidaan värjätään kanssa eri piirteet, kuten H & E värjättyä
slides can be analyzed with a wide-variety of techniques diat voidaan analysoida, jolla on laaja-erilaisia tekniikoita
automated analysis and data collection with many techniques automatisoitu analysointi ja tietojen keruu monia tekniikoita

Tissue Microarray Synthesis : Tissue Microarray Synthesis:

Tissue Microarrays are produced using a microtome which sections tissue into 4 - 5 micrometer sections (see figure 1 above). Tissue microarray tuotetaan käyttämällä microtome joka pääluokat kudos-4-5 mikrometriä osat (ks. kuva 1 edellä). These core tissue biopsy sections are taken from specific areas of interest from paraffin-embedded tissue blocks. These cynlindrical cores of tissue are re-embedded into an arrayed blank recipient blocks. Nämä keskeiset kudoksen biopsianeulat osat ovat peräisin tietyillä aloilla, korot, parafiini-sulautetut kudoksen korttelin. Cynlindrical sydämiä kudosmassan on jälleen upotettu osaksi, jotka on tyhjä vastaanottaja blokkeja. Using this method, more than 500 tissue cores can be arrayed on a single slide! Käyttämällä tätä menetelmää, yli 500 kudoksen sydämiä voidaan jotka on yhdellä ainoalla slide! The master block was developed by Konenen et al. Aluksen päällikön lohko on kehittänyt Konenen et al.

Applications of Tissue Microarrays : Hakemukset kudospankkien microarray:

Immunohistochemistry Immunohistokemia
Staining of : H & E, HC, ISH, Värjäys: H & E, HC, ISH,
In situ hybridization In situ hybridization
Fluorescent in situ hybridization (FISH) Fluoresoiva in situ hybridization (FISH)
In situ PCR In situ PCR
RNA or DNA expression analysis RNA-tai DNA-ilmaisun analysointi
TUNEL assay for apoptosis Tunel Määritystä varten apoptosis
Morphological and Clinical Characterisation of Many Patient Tissues Morfologiset ja kliininen kuvaus Monet Potilaiden Kudokset

TMA

Advantages of Tissue Arrays or Tissue Chips : Edut Tissue Järjestää tai kudosten Chips:

Experimental uniformity Kokeellinen yhdenmukaisuus
Allows amplification (and conservation) of scarce tissue samples Sallii vahvistinpiirejä (ja säilytys) niukkojen kudosten näytteiden
Saving the assay volume Saving määritysalustaan volyymi
Reduces the number of slides examined (conventional slides tissue paraffin) Vähentää diat tutkinut (perinteinen diat kudoksen parafiini)
High-throughput High-läpijuoksu
Analysis can be automated and data can be computerized Analyysi voi olla automatisoituja ja tiedot voidaan tietokoneavusteisesti

Types of Tissue Microarrays : Types of Tissue microarray:

Cryo - Tissue Microarrays : Cryo-TMAs uses frozen tissues which are embedded in an optimal cutting temperature compound. Cryo - Tissue microarray: Cryo-TMAs käyttää jäädytetty kudoksia, jotka on upotettu optimaalisen leikkaaminen lämpötila yhdiste. These cryo-TMAs due to their freezing are superior to formalin fixed tissues for RNA and protein analysis. Nämä cryo-TMAs johtuu niiden jäädytys on ylivoimainen formaliini kiinteiden kudosten RNA: n ja proteiinien analyysi. Also, antibodies work much betterl with frozen tissues. Myös vasta-aineita työtä paljon betterl Pakastetun kudoksiin.

Multi-tumours Tissue Microarrays : multi-tumour TMAs have many different types of tissues aligned on the slide. Multi-kasvaimia Tissue microarray: multi-kasvaimen TMAs on monia erilaisia kudoksia linjattava levyltä. The technique was first used by Kononen et al., 1998. Kononen used this type of TMA to detect 6 gene amplifications. The tekniikkaa käytettiin ensimmäisen kerran, Kononen et al., 1998. Kononen käyttää tämän tyyppisessä TMA havaita 6 gene amplifications. p53 expression was also examined in breast cancer tissue. p53 ilmaus oli myös tutkittava rintasyövän kudosta.

Progression Tissue Microarrays : This type of tissue microarray examines different stages of tumour (or disease) progression within a given organ. Progression Tissue microarray: Tämä tyyppi kudosten microarray tarkastellaan eri vaiheissa kasvain (tai tauti) etenemisen mukaan tietyn urut. For example, examination of tumours in the breast. Esimerkiksi tarkastelu kasvaimia, rinnasta. These slides can then be assayed for markers of interest, or biochemical analysis of the samples can be done. Nämä diat voidaan sitten testattava-markkereita, jotka heitä kiinnostavat tai biokemiallisten näytteiden analyysin voidaan tehdä.

Prognosis Tissue Microarrays : Disease samples such as tumour biopsies can be taken from patients and examined. Ennuste Tissue microarray: Tautien näytteitä kuten kasvaimen biopsies voidaan ottaa potilaita ja tutkittava. These samples can be used for clinical follow-ups to monitor the patient's progression. Nämä näytteet voidaan käyttää kliinisen seuranta-ups seurata potilaan etenemistä. Data is then analyzed and compared with other clinical data. Tiedot on sitten analysoitiin ja verrattiin muiden kliinistä tietoa.

Tissue Microarray Software and Bioinformatics : Tissue Microarray Software ja Bioinformatics:

Software Tools for High-Throughput Analysis of Tissue Microarrays: Image Archiving and Data Analysis Software Tools for High-Läpäisykyky analyysi Tissue microarray: Kuva-arkistointi ja tietojen analysointi

Contains the following software: Sisältää seuraavat ohjelmistot:

TMA-Deconvoluter and Stainfinder. TMA-Deconvoluter ja Stainfinder. The deconvoluter converts raw scoring worksheets from the 3-D Tissue Microarray layout into a 2-D tabulated table format suitable for further data analysis. The deconvoluter muuntaa raaka-pisteytys työlistat, 3-D Tissue Microarray ulkoasun muuttaminen 2-D taulukoidussa taulukon muodossa sopivia uusia data-analyysi.

Tissue Array Data Analysis : Software to creating an interactive database for TMA image viewing and data input. Tissue Array Data Analysis: Ohjelmisto voidaan luoda interaktiivinen tietokanta, TMA kuvien katselu ja tietojen syöttämiseen.

TAD : Tissue Array Database Software for Download. TAD: Tissue Array Database Software for Lataa.

TMAJ : set of software tools used to manage Tissue MicroArray (TMA) data and information.. TMAJ: SET ohjelmiston työkaluja käytetään hallita Tissue MicroArray (TMA) ja tietojen ..

Original Tissue Microarray Reference Papers: Alkuperäinen Tissue Microarray Viite Papers:

Battifora H: The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing. Battifora H: multitumor (makkara) kudosten lohko: uusi menetelmä immunohistokemiallisella vasta-aineiden testausta. Lab Invest 1986, 55:244-248. Lab Invest 1986, 55:244-248.

Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarray korkea-läpijuoksu molekyyli profilointi kasvain yksilöitä. Nat Med 1998, 4:844-847. Nat Med 1998, 4:844-847.

Microarray Types and Info Microarray tyypit ja Info

Using Microarrays Using microarray