Microarray Types and Info Microarray tyypit ja Info

• Learn About Microarrays Tietoja microarray
• DNA Microarrays DNA microarray
• Protein Microarrays Proteiini microarray
• Antibody Microarrays Vasta microarray
• Tissue Microarrays Tissue microarray

Using Microarrays Using microarray

• Microarray Vendors Microarray Päämiehet
• Microarray Software Microarray Software
• Microarray Protocols Microarray pöytäkirjat
• Microarray Forums Microarray Forums
• Contact Us / Advertise Yhteystiedot / Mainosta

DNA Microarray Protocols DNA Microarray pöytäkirjat	DNA Microarray Bioinformatics DNA Microarray Bioinformatics	Learn about DNA Chips Opi DNA Chips	DNA Microarray Vendors and Products DNA Microarray myyjät ja Tuotteet	DNA Array Forum DNA Array Forum	DNA Microarray News DNA Microarray Uutiset

Short Oligonucleotide DNA Microarrays : Lyhyt Oligonucleotide DNA microarray:

Short Oligonucleotide arrays are created using in-situ photolithographic synthesis Lyhyt Oligonucleotide taulukot on luotu käyttämällä in-situ photolithographic synteesi

25-mer oligos are chemically synthesized onto glass slides using photolithographic methods pioneered originally by Affymetrix.  Digitally controlled micro-mirrors are now used in the photolithographic printing technique. 25-mer oligos ovat kemiallisesti syntesoiduista onto glass slides käyttäen photolithographic menetelmiä uranuurtajana alun perin se Affymetrix. Digitaalisesti ohjatun mikro-asennuspalvelimet ovat nyt käytetään myös photolithographic painatus-tekniikka.

Glass slides are coated with synthetic linkers which contain photo-labile chemical groups.  Masks are used to direct light to pre-determined positions on the slide and this removes exposed groups. Lasi-diat ovat päällystetty synteettisellä linkers, jotka sisältävät valokuva-labile kemialliset ryhmät. Maskit käytetään suoraa valoa esiasetellusta kannat, slide ja tämä poistaa riskialtteimmista ryhmistä. The unprotected groups can then be coupled with bi-functional deoxy-nucleotide triphosphates dNTPs. Suojaamattomia ryhmiä voidaan sitten yhdessä kahden funktionaalisen deoksi-nukleotidien trifosfaatit dNTPs.

New masks are used in order to direct coupling at other sites until the desired sequences and lengths of oligos are synthesized. Uudet naamarit on käytetty, jotta suora kytkentä muihin sivustoihin, kunnes haluamasi sekvenssien ja pituusjakauman oligos ovat syntesoiduista.

An Affymetrix chip can have over 500,000 25-mer oligo probes arrayed on a 1.25x1.25 cm slide! An Affymetrix siru voi olla yli 500000 25-mer oligo anturit, jotka on joka 1.25x1.25 cm slide!

Anywhere from 10 to 20 different oligo probes are synthesized for each gene to tile from the 3' end of the mRNA.  There are oligos that are synthesized as perfect matches (designated PM), and mis-match pairs (MM). Kaikkialle 10-20 eri oligo anturit ovat syntesoiduista kunkin geenin, laattojen, 3 'loppuun, mRNA. On oligos, jotka ovat syntesoiduista kuin täydellinen ottelut (nimetyt PM), ja mis-ottelu paria (MM).

Each MM pair has a one-base pair mismatch in the centre of the oligo, which allows a control for background noise and allows normalization of cross-hybridization. Jokainen MM pari on yhden-base pair mismatch in the center, oligo, joka mahdollistaa valvonnan taustamelu ja mahdollistaa normalisoinnissa rajat hybridization.

Problems of Short Oligonucleotide DNA Microarrays: Ongelmia Lyhyen Oligonucleotide DNA microarray:

- Short oligos have cross-hybridization problems -- Lyhyt oligos on rajat hybridization ongelmia

- Must therefore use many oligo controls for each gene target -- Täytyy siis käyttää useita oligo valvontaa kunkin geenin tavoite