DNA Microarray Protocol DNA Microarray pöytäkirjan
Basic DNA Microarray Protocol: Basic DNA Microarray pöytäkirja:
The Stages in a Microarray Experiment: Vaiheissa on Microarray Experiment:
1. Obtain DNA Microarray Chip Hanki DNA Microarray Chip
Currently, over 50,000 cDNA probes can be spotted onto a 25X75mm slide by robotic printing. Tällä hetkellä yli 50000 cDNA anturit voidaan laikullinen johonkin 25X75mm slide, robotti tulostusta. It is thus possible to array the entire human genome compliment using this high-density array approach (eg Affymetrix Arrays). On siis mahdollista järjestää koko ihmisen perimä compliment käyttäen tämän korkean tiheyden array lähestymistapa (esim. Affymetrix Järjestää).
Thousands of distinct spots of known oligos or cDNAs are printed on matrix platforms located on either silicon, nylon sheets, or glass slides. Tuhannet erilliset laikut tiedossa oligos tai cDNAs on painettu matriisi-alustojen sijaitsee joko pii, nailon levyinä tai lasi-diat.
2. Cy3 and Cy5 Labeling of RNA Specimens using (RT-PCR) cDNA synthesis Cy3 ja Cy5 Labeling-RNA Yksilöitä käyttäen (RT-PCR) cDNA-synteesi
The RNA from 2 or more specimens are compared. The RNA from each specimen is reverse transcribed using RT-PCR to cDNA (complementary cDNA). The RNA alkaa 2 tai enemmän yksilöt ovat verrattuna. RNA kustakin näytteestä on käänteinen tekstittämiseen käyttäen RT-PCR-cDNA (täydentävät cDNA). The cDNA is labeled with two different fluorescent dyes which are colored differently (red and green), with Cy3 and Cy5. The cDNA nimi on kaksi erilaista fluoresoivia väriaineita, jotka ovat värillisiä eri (punainen ja vihreä), Cy3 ja Cy5.
3. Hybridization of cDNA Probes to DNA array Hybridization, cDNA luotaimet DNA array
The cDNA probes are hybridized to the DNA microarray. The DNA array is then washed. The cDNA anturit ovat hybridized, DNA microarray. DNA array on pestään.
4. Detection of Hybridization Signal Havaitseminen hybridization Signal
Fluorescent hybridization signals are scanned and detected using laser confocal devices. Loistava hybridization signaalit ovat skannattu ja osoitettava käyttäen laser confocal laitteita. Data is the filtered and processed. Tiedot on suodatettu ja jalostetaan.
5. DNA Microarray Data Analysis DNA Microarray Data Analysis
Data analysis is conducted using DNA Microarray bioinformatic tools and/or image processing software. Data-analyysi on suoritettava käyttäen DNA Microarray bioinformatiikan välineitä ja / tai kuvan avulla.
The signal intesities of the spots are correlated with the concentrations of target mRNA samples. Signaali intesities, täplät ovat korreloivat pitoisuudet kohdistaa mRNA näytteitä. Data mining is also conducted using statistical programs and algorithms to determine if the gene of interest is up-regulated, down-regulated, or unchanged. Data mining on myös suoritettava käyttäen tilastollisia ohjelmia ja algoritmeja, onko geeni korko on enintään-säänneltyjä, alas säänneltyä, tai muuttumattomana.
Data is then organized using a database. Tiedot on sitten järjestetty käyttäen tietokantaan. Gene Annotation can be then performed on the data, with GO (gene ontology) analysis, clustering analysis (which groups similar genes and pathways together), and analysis of pathways and networks of genes. Gene merkintä voidaan sitten suorittaa tiedot, GO (geeni ontologian) analyysi, yritysrypäät analyysi (mitkä ryhmät samanlaisia geenejä ja koulutusjaksojen yhdessä), ja analyysi reittejä ja verkostojen geenejä.
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
