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DNA Corta Microarrays Del Oligonucleotide:

Se crean las matrices cortas del oligonucleotide usando síntesis photolithographic "in-situ"

los oligos 25-mer químicamente se sintetizan sobre las diapositivas de cristal usando los métodos photolithographic iniciados originalmente por Affymetrix.  Los micro-espejos controlados de Digital ahora se utilizan en la técnica de impresión photolithographic.

Las diapositivas de cristal están cubiertas con los linkers sintetizados que contienen a grupos químicos foto-photo-labile.  Las máscaras se utilizan para dirigir la luz a las posiciones predeterminadas respecto a la diapositiva y ésta quita a grupos expuestos. Los grupos desprotegidos pueden entonces ser juntados con los dNTPs BI-FUNCIONALES de los trifosfatos del deoxy-deoxy-nucleotide.

Las nuevas máscaras son para empalme directo usado en otros sitios hasta que las secuencias y las longitudes deseadas de oligos se sintetizan.

¡Una viruta de Affymetrix puede tener sobre 500.000 puntas de prueba del oligo 25-mer puestas en orden en una diapositiva de 1.25x1.25 centímetro!

Dondequiera a partir 10 a 20 diversas puntas de prueba del oligo se sintetizan para que cada gene embaldose del final 3' del mRNA.  Hay los oligos que se sintetizan como emparejamientos perfectos (señalados P.M.), y une mal los pares (milímetro).

Cada par del milímetro tiene una discordancía del par de la uno-base en el centro del oligo, que permite un control para el ruido de fondo y permite la normalización del cruz-hibridacio'n.

 

Problemas de la DNA corta Microarrays del oligonucleotide:

- los oligos cortos tienen problemas del cruz-hibridacio'n

- debe por lo tanto utilizar muchos controles del oligo para cada blanco del gene