Τύποι Microarray και πληροφορίες

Χρησιμοποίηση Microarrays

κατάλογος επιλογής

Σύντομες oligonucleotide σειρές

πρωτόκολλα
microarray βιοπληροφορική τσιπ
μάθετε
προμηθευτές
συζήτηση φόρουμ σειράς

Πρωτόκολλα DNA Microarray

 

Βιοπληροφορική DNA Microarray

Μάθετε για τα τσιπ DNA

Προμηθευτές και προϊόντα DNA Microarray

Φόρουμ σειράς DNA

Ειδήσεις DNA Microarray

Κοντό oligonucleotide DNA Microarrays:

Οι σύντομες oligonucleotide σειρές δημιουργούνται χρησιμοποιώντας την επιτόπια φωτολιθογραφική σύνθεση

τα oligos 25-mer είναι χημικά συντεθειμένα επάνω στις φωτογραφικές διαφάνειες γυαλιού που χρησιμοποιούν τις φωτολιθογραφικές μεθόδους αρχικά από Affymetrix που καινοτομούν.  Οι ψηφιακά ελεγχόμενοι μικροϋπολογιστής-καθρέφτες χρησιμοποιούνται τώρα στη φωτολιθογραφική τεχνική εκτύπωσης.

Οι φωτογραφικές διαφάνειες γυαλιού είναι ντυμένες με τους συνθετικούς συνδετικούς εκδότες που περιέχουν τις photo-labile χημικές ομάδες.  Οι μάσκες χρησιμοποιούνται στο άμεσο φως στις προκαθορισμένες θέσεις στη φωτογραφική διαφάνεια και αυτό αφαιρεί τις εκτεθειμένες ομάδες. Οι μη προστατευμέές ομάδες μπορούν έπειτα να συνδεθούν με τα διλειτουργικά τριφωσφορικά άλατα dNTPs δεοξυ-νουκλεοτίδας.

Οι νέες μάσκες είναι χρησιμοποιημένη προκειμένου άμεση σύζευξη επί άλλων τόπων έως ότου συντίθενται οι επιθυμητά ακολουθίες και τα μήκη των oligos.

Ένα τσιπ Affymetrix μπορεί να παρατάξει πάνω από 500.000 οληγο ελέγχους 25-mer σε μια φωτογραφική διαφάνεια 1.25x1.25 εκατ.!

Οπουδήποτε από 10 έως 20 διαφορετικούς οληγο ελέγχους είναι συντεθειμένος για κάθε γονίδιο που κεραμώνει από "τέλος τα 3 του mRNA.  Υπάρχουν oligos που είναι συντεθειμένα ως τέλειες αντιστοιχίες (οριζόμενες τον ΠΡΩΘΥΠΟΥΡΓΟ), και ζευγάρια (MM) κακού συνδυασμού.

Κάθε ζευγάρι ΚΚ έχει έναν κακό συνδυασμό ζευγαριού ένας-βάσεων στο κέντρο του οληγο, ο οποίος επιτρέπει έναν έλεγχο για τον παρασιτικό θόρυβο και επιτρέπει την κανονικοποίηση της διαγώνιος-υβριδοποίησης.

 

Προβλήματα του κοντού oligonucleotide DNA Microarrays:

- Τα κοντά oligos έχουν τα προβλήματα διαγώνιος-υβριδοποίησης

- Πρέπει επομένως να χρησιμοποιήσει πολλούς οληγο ελέγχους για κάθε στόχο γονιδίων