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Kurze Oligonucleotide DNA Microarrays:

Kurze Oligonucleotidereihen werden mit photolithographic in-situsynthese erstellt

oligos 25-mer werden chemisch auf Objektträger mit den photolithographic Methoden synthetisiert, die ursprünglich von Affymetrix vorangegangen werden.  Digitalgesteuerte Mikro-Spiegel werden jetzt in der photolithographic druckentechnik benutzt.

Objektträger werden mit synthetischen Verknüpfungsprogrammen beschichtet, die Foto-labile chemische Gruppen enthalten.  Schablonen werden benutzt, um Licht auf vorbestimmte Positionen auf dem Plättchen zu verweisen und diese löscht herausgestellte Gruppen. Die ungeschützten Gruppen können mit BifunktionsDeoxynukleotid Triphosphate dNTPs dann verbunden werden.

Neue Schablonen sind benutzte zwecks direkte Koppelung an anderen Sites, bis die gewünschten Reihenfolgen und die Längen von oligos synthetisiert sind.

Ein Affymetrix Chip kann über 500.000 oligo 25-mer Prüfspitzen haben, die auf einem 1.25x1.25 Zentimeter Plättchen gekleidet werden!

Überall von werden 10 bis 20 unterschiedliche oligo Prüfspitzen synthetisiert, damit jedes Gen vom Ende 3' des mRNA mit Ziegeln deckt.  Es gibt oligos, die als vollkommene Übereinstimmungen (gekennzeichnet P.M.) synthetisiert werden, und paßt Paare falsch an (Millimeter).

Jedes Millimeter Paar hat eine Einunterseite Paarnichtübereinstimmung in der Mitte des oligo, das eine Steuerung für Störgeräusch erlaubt und Normalisierung der Kreuz-Hybridation erlaubt.

 

Probleme kurzer Oligonucleotide DNA Microarrays:

- kurze oligos haben Kreuz-Hybridation Probleme

- muß viele oligo Kontrollen für jedes Genziel folglich verwenden