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Lange Oligonucleotide DNA Microarrays:

Lange Oligonucleotidereihen werden entweder mit dem druckenden oder Roboterdruck Tintenstrahl erstellt.

Algorithmen werden verwendet, um lange oligos der gleichen Größe von herum 60 Nukleotiden (60-mers) zu konzipieren. Jedoch sind diese längeren oligos schwieriger auszuwählen, da sie wenig Homologie haben müssen miteinander.

Der Tintenstrahlpumpe Druck produziert die Reihen 60-mer. 100 picoliter Tröpfchen der Reagenzien werden auf eine hydrophobe Oberfläche gedruckt, die chemisch aktive hyrdoxyl- OH- Gruppen enthält. Die phosphoramidite DNA Monomeren in den Tröpfchen reagieren mit den OH- Gruppen, und das resultiert im kovalenten Abbinden.

Das Plättchen kann mit beschrifteten DNA Prüfspitzen dann hybridisiert werden. Ähnlich anderen DNA microarrays, waschen Sie nach Hybridation, Scan und analysieren die resultierenden Daten.

Firmen produzieren regelmäßig lange Oligonucleotidereihen mit grösser als 25.000 unterschiedlichen Prüfspitzen.

 

Unterschiede und Vorteile langer Oligonucleotide DNA Microarrays:

- lange oligos können zwischen wechselweise verbundenen mRNAs unterscheiden (dieses ist ziemlich wichtig, da die meisten Gene alternative isoforms! haben)

- die langen oligos (60-mers) sind angeschwemmt einzelnes, das übliche DNA microarray Denaturierungjobsteps nicht notwendig bildet

- lange oligos (60-mers) ermöglichen bessere Besonderheit DNA in der microarray Hybridation

- Leicht Geändert

- anpassungsfähig