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Grundlegendes DNA Microarray Protokoll:

 

Die Stadien in einem Microarray Experiment:

1. Beschaffen Sie DNA Microarray Chip  

Aktuell über 50.000 DNA können Prüfspitzen auf ein 25X75mm Plättchen durch den Roboterdruck beschmutzt werden. Es ist folglich möglich, das gesamte menschliche Genomkompliment mit dieser mit hoher Schreibdichtereihe Annäherung (z.B. Affymetrix Reihen) zu kleiden.

Tausenden der eindeutigen Punkte bekannter oligos oder DNAS werden auf den Matrixplattformen gedruckt, die entweder auf Silikon, Nylonblatt- oder Objektträgern gelegen sind.

2. Beschriften Cy3 und Cy5 der RNS Probenmaterialien mit (RT-PCR) DNA Synthese

Die RNS von 2 oder mehr Probenmaterialien werden verglichen.  Die RNS von jedem Probenmaterial ist übertragen mit RT-PCR zu DNA Rück (ergänzende DNA). Die DNA wird mit zwei unterschiedlichen Leuchtstofffärbungen beschriftet, die anders als (rot und grün) gefärbt werden, mit Cy3 und Cy5.

3. Hybridation der DNA Prüfspitzen zur DNA Reihe

Die DNA Prüfspitzen werden zur microarray DNA hybridisiert. Die DNA Reihe wird dann gewaschen.

4. Abfragung des Hybridation-Signals

Leuchtstoffhybridationsignale werden mit Laser confocal Einheiten abgesucht und entdeckt. Daten sind gefiltert und verarbeitet.

5. DNA Microarray Datenanalyse

Datenanalyse wird mit DNA Microarray bioinformatic Hilfsmitteln und/oder Bildübersetzungsoftware geleitet.

Die Signal intesities der Punkte werden mit den Konzentrationen der Ziel mRNA Proben aufeinander bezogen. Datenbergbau wird auch mit statistischen Programmen und Algorithmen, festzustellen, wenn das Gen des Interesses oben-geregelt wird, unten-geregelt, oder unverändert geleitet.

Daten werden dann mit einer Datenbank organisiert. Gen-Anmerkung kann an den Daten, mit dann durchgeführt werden GEHEN (Gen ontology) Analyse und Analyse (die Gruppen ähnliche Gene und Bahnen zusammen) und Analyse von Bahnen und Netze der Gene bündeln.