Microarray Types and Info Microarray Typer og Info

• Learn About Microarrays Lær om Microarrays
• DNA Microarrays DNA Microarrays
• Protein Microarrays Protein Microarrays
• Antibody Microarrays Antibody Microarrays
• Tissue Microarrays Tissue Microarrays

Using Microarrays Brug Microarrays

• Microarray Vendors Microarray Sælgere
• Microarray Software Microarray Software
• Microarray Protocols Microarray protokoller
• Microarray Forums Microarray Forums
• Contact Us / Advertise Kontakt / Annoncer

DNA Microarray Protocols DNA microarray protokoller	DNA Microarray Bioinformatics DNA microarray Bioinformatik	Learn about DNA Chips Lær om DNA Chips	DNA Microarray Vendors and Products DNA microarray sælgere og Produkter	DNA Array Forum DNA Array Forum	DNA Microarray News DNA microarray Nyheder

Short Oligonucleotide DNA Microarrays : Kort Oligonucleotide DNA Microarrays:

Short Oligonucleotide arrays are created using in-situ photolithographic synthesis Kort Oligonucleotide arrays er oprettet ved hjælp af in-situ photolithographic syntese

25-mer oligos are chemically synthesized onto glass slides using photolithographic methods pioneered originally by Affymetrix.  Digitally controlled micro-mirrors are now used in the photolithographic printing technique. 25-mer oligos er kemisk syntese på glasslides bruger photolithographic metoder pioner oprindeligt fra Affymetrix. Digitalt kontrollerede mikro-spejle er nu anvendes i photolithographic trykning teknik.

Glass slides are coated with synthetic linkers which contain photo-labile chemical groups.  Masks are used to direct light to pre-determined positions on the slide and this removes exposed groups. Glasslides er beklædt med syntetiske linkers som indeholder foto-labile kemiske grupper. Masker er vant til direkte lys til forud fastlagte stillinger på det dias, og det fjerner udsatte grupper. The unprotected groups can then be coupled with bi-functional deoxy-nucleotide triphosphates dNTPs. Den ubeskyttede grupper kan derefter blive kombineret med bi-funktionelle deoxy-nukleotid triphosphater dNTPs.

New masks are used in order to direct coupling at other sites until the desired sequences and lengths of oligos are synthesized. Nye masker der anvendes med henblik på direkte tilkoblingsanordning på andre sites, indtil den ønskede sekvenser og længder af oligos er syntese.

An Affymetrix chip can have over 500,000 25-mer oligo probes arrayed on a 1.25x1.25 cm slide! En Affymetrix chip kan have over 500.000 25-mer oligo sonder samles om en 1.25x1.25 cm dias!

Anywhere from 10 to 20 different oligo probes are synthesized for each gene to tile from the 3' end of the mRNA.  There are oligos that are synthesized as perfect matches (designated PM), and mis-match pairs (MM). Overalt fra 10 til 20 forskellige oligo-sonder er syntese for hver gen til fliser fra 3 'ende af mRNA. Der er oligos, der er syntese så perfekt kampe (udpeget PM), og mis-match par (MM).

Each MM pair has a one-base pair mismatch in the centre of the oligo, which allows a control for background noise and allows normalization of cross-hybridization. Hver MM pair har en en-base pair misforhold i centrum af oligo, som tillader en kontrolordning for baggrundsstøj og tillader normalisering af cross-hybridisering.

Problems of Short Oligonucleotide DNA Microarrays: Problemer af Short Oligonucleotide DNA Microarrays:

- Short oligos have cross-hybridization problems -- Kort oligos har cross-krydsning problemer

- Must therefore use many oligo controls for each gene target -- Derfor må bruge mange oligo kontrol for hver gen-målet