
Long Oligonucleotide Arrays Long Oligonucleotide Arrays
Long Oligonucleotide DNA Microarrays : Long Oligonucleotide DNA Microarrays:
Long Oligonucleotide arrays are created using either ink-jet printing or robotic printing. Long Oligonucleotide arrays er oprettet ved hjælp af enten inkjet-print eller robot trykning.
Algorithms are used in order to design long oligos of the same size of around 60 nucleotides (60-mers). Algoritmer der anvendes med henblik på at designe lang oligos af samme størrelse på omkring 60 nukleotider (60-forbrugere). However, these longer oligos are more difficult to pick as they need to have little homology to each other. Men disse længere oligos er vanskeligere at vælge som de har brug for lidt homology til hinanden.
Ink-jet pump printing produces the 60-mer arrays. Inkjet-pumpe trykning fremstiller den 60-mer arrays. 100 picoliter droplets of reagents are printed onto aa hydrophobic surface containing chemically active hyrdoxyl- OH groups. 100 picoliter dråber af reagenser er trykt på aa hydrofobe overflade indeholder kemisk aktive hyrdoxyl-OH grupper. The phosphoramidite DNA monomers in the droplets react with the OH groups, resulting in covalent bonding. De phosphoramidite DNA-monomerer i dråber reagere med OH-grupper, hvilket resulterer i kovalente binding.
The slide can then be hybridized with labeled cDNA probes. Det dias kan derefter hybridized med stemplet cDNA prober. Similar to other DNA microarrays, you wash after hybridization, scan and analyze the resulting data. I lighed med andre DNA microarrays, du vasker efter krydsning, scanne og analyserer de resulterende data.
Companies regularly produce Long oligonucleotide arrays with greater than 25,000 different probes. Selskaber regelmæssigt producere Long oligonukleotide arrays med mere end 25000 forskellige sonder.
Differences and Advantages of Long Oligonucleotide DNA Microarrays: Forskelle og fordele ved Long Oligonucleotide DNA Microarrays:
- Long oligos can distinguish between alternatively spliced mRNAs (this is quite important as most genes have alternative isoforms!) -- Long oligos kan skelne mellem alternativt splejset mRNAs (dette er ret vigtigt, da de fleste gener har alternative isoformer!)
- Long oligos (60-mers) are single stranded which makes usual DNA microarray denaturation steps un-necessary -- Long oligos (60 kunder) er enkelt strandede hvilket gør sædvanlige DNA microarray denaturering skridt un-nødvendige
- Long oligos (60-mers) permit better specificity in DNA microarray hybridization -- Long oligos (60-forbrugere) tillader bedre specificitet i DNA microarray hybridisering
- Easily Modified -- Let Modified
- Adaptable -- Fleksibel