DNA Microarray Protocol DNA microarray protokollen
Basic DNA Microarray Protocol: Grundlæggende DNA microarray protokollen:
The Stages in a Microarray Experiment: Etaperne i en microarray eksperiment:
1. Obtain DNA Microarray Chip Anskaf DNA microarray Chip
Currently, over 50,000 cDNA probes can be spotted onto a 25X75mm slide by robotic printing. I øjeblikket er over 50000 cDNA prober kan plettede på en 25X75mm dias ved robot trykning. It is thus possible to array the entire human genome compliment using this high-density array approach (eg Affymetrix Arrays). Det er således muligt at array hele det menneskelige genom kompliment bruge denne high-density array tilgang (f.eks Affymetrix Arrays).
Thousands of distinct spots of known oligos or cDNAs are printed on matrix platforms located on either silicon, nylon sheets, or glass slides. Tusindvis af forskellige vinkler af kendte oligos eller cDNA er trykt på matrix platforme placeret på enten silicium, nylon plader, eller glasslides.
2. Cy3 and Cy5 Labeling of RNA Specimens using (RT-PCR) cDNA synthesis Cy3 og Cy5-mærkning af RNA Enheder bruger (RT-PCR) cDNA syntese
The RNA from 2 or more specimens are compared. The RNA from each specimen is reverse transcribed using RT-PCR to cDNA (complementary cDNA). De RNA fra 2 eller flere prøver er sammenlignet. RNA fra hver prøve er reverse transskriberet bruge RT-PCR til cDNA (der supplerer CDNA). The cDNA is labeled with two different fluorescent dyes which are colored differently (red and green), with Cy3 and Cy5. De CDNA er mærket med to forskellige fluorescerende farvestoffer, der er farvet forskelligt (rød og grøn), med Cy3 og Cy5.
3. Hybridization of cDNA Probes to DNA array Hybridisering af cDNA Probes til DNA-array
The cDNA probes are hybridized to the DNA microarray. The DNA array is then washed. De cDNA prober er hybridized til DNA microarray. DNA array derefter vasket.
4. Detection of Hybridization Signal Påvisning af hybridisering Signal
Fluorescent hybridization signals are scanned and detected using laser confocal devices. Fluorescerende krydsning signaler er scannet og opdagede ved hjælp af laser konfokal enheder. Data is the filtered and processed. Data er filtreret og behandlet.
5. DNA Microarray Data Analysis DNA microarray Data Analysis
Data analysis is conducted using DNA Microarray bioinformatic tools and/or image processing software. Data-analyse er foretaget ved hjælp af DNA microarray Bioinformatic værktøjer og / eller billedbehandling software.
The signal intesities of the spots are correlated with the concentrations of target mRNA samples. Signalet intesities af spots er korreleret med koncentrationerne af target mRNA prøver. Data mining is also conducted using statistical programs and algorithms to determine if the gene of interest is up-regulated, down-regulated, or unchanged. Data mining er også udføres ved hjælp af statistiske programmer og algoritmer til at bestemme, om det gen af renter er op-reguleret, ned-reguleret, eller uændret.
Data is then organized using a database. Data er derefter organiseret vha. en database. Gene Annotation can be then performed on the data, with GO (gene ontology) analysis, clustering analysis (which groups similar genes and pathways together), and analysis of pathways and networks of genes. Gene annotation kan derefter udføres på de data, med GO (gen ontologi) analyse, klynge-analyse (hvilke grupper lignende gener og veje sammen), og analyse af veje og netværk af gener.
![[أربيك]](http://www.microarraystation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
