Microarray Types and Info Microarray Typy a Info

Using Microarrays Použití Microarrays

menu

Tissue Microarrays Tkáňová Microarrays

Tissue Microarrays an Introduction : Tkáňová Microarrays úvod:

Tissue microarrays (TMAs) are used to analyze the expression of genes simultaneously in multiple individual tissue samples on one slide. Tkáňová microarrays (TMAs) se používají k analýze exprese genů současně ve více jednotlivé vzorky tkáně na jeden snímek. TMAs are composed of small 0.6 - 3.0 mm cores of tissue from donor tissue paraffin blocks which are arrayed at a high density on a slide. TMAs jsou složeny z malých 0,6 - 3,0 mm jader tkáně od dárce tkání parafinové bloky, které jsou uspořádány na vysokou hustotou na sklíčko.

tkáně Microarray

Technology Insight: identification of biomarkers with tissue microarray technology Jena M Giltnane and David L Rimm Nature Clinical Practice Oncology (2004) 1, 104-111 Technology Insight: identifikace biomarkerů s tkáněmi Microarray technologie Jena M Giltnane a David L RIMM Příroda klinické praxe onkologie (2004) 1, 104-111

Tissue Microarrays have allowed tissue traditional analysis of conventional histologic paraffin blocks to become miniturized and high-throughput. Tkáňová Microarrays umožnily tkáně tradiční analýzy konvenční histologickým parafinové bloky, aby se stala miniturized a vysoce-průchodnost.

Histochemical and molecular detection techniques can be used on the TMA slides, and thus allow TMAs to be powerful tools to examine gene expression profiling in disease states across a variety of patients and disease conditions. Histochemical a molekulární detekční techniky mohou být používány v TMA diapozitivy, a tím umožnit TMAs být mocný nástroj, aby přezkoumala profilování genové exprese v nemoci uvádí celé řady pacientů onemocnění a podmínky.

Tissue Microarray Contents Tkáňová Microarray Obsah

TMA Introduction TMA Úvod

Characteristics of Tissue Arrays Charakteristika Tkáňová Arrays

Tissue Microarray Synthesis Tkáňová Microarray Synthesis

Applications Aplikace

Advantages of TMAs Výhody TMAs

Types of Tissue Arrays Druhy Tkáňová Arrays

Analysis Software Analýza Software

Tissue Chip References Tkáňová Chip Odkazy

Characteristics of Tissue Microarrays : Charakteristika Tkáňová Microarrays:

Tissue Microarray Synthesis : Tkáňová Microarray Syntéza:

Tissue Microarrays are produced using a microtome which sections tissue into 4 - 5 micrometer sections (see figure 1 above). Tkáňová Microarrays jsou vyrobeny s použitím mikrotom které sekce tkáně do 4 - 5 mikrometr profilů (viz obr. 1 výše). These core tissue biopsy sections are taken from specific areas of interest from paraffin-embedded tissue blocks.˙ These cynlindrical cores of tissue are re-embedded into an arrayed blank recipient blocks. Tyto hlavní částí jsou biopsie tkáně odebrané z konkrétních oblastí zájmu z parafínu-vestavěné tkáňových bloků. Tyto cynlindrical jader tkání jsou znovu-vložených do seřadil prázdné příjemce bloků. Using this method, more than 500 tissue cores can be arrayed on a single slide! Použití této metody, více než 500 tkáni jader mohou být uspořádány na jednom sklíčku! The master block was developed by Konenen et al. Velitel bloku byla vyvinuta Konenen et al.

Applications of Tissue Microarrays : Aplikace Tkáňová Microarrays:

TMA

Advantages of Tissue Arrays or Tissue Chips : Výhody Tkáňová Arrays nebo Tkáňová Chips:

Types of Tissue Microarrays : Druhy Tkáňová Microarrays:

Cryo - Tissue Microarrays : Cryo-TMAs uses frozen tissues which are embedded in an optimal cutting temperature compound. Cryo - Tkáňová Microarrays: Cryo-TMAs používá zmrazené tkáně, které jsou vestavěné v optimální řezné teploty směsi. These cryo-TMAs due to their freezing are superior to formalin fixed tissues for RNA and protein analysis. Tyto kryo-TMAs vzhledem k jejich zmrazení jsou vyšší, než je formaldehydem pevné tkáně pro analýzu RNA a bílkovin. Also, antibodies work much betterl with frozen tissues. Také protilátky práci mnohem betterl s zmrazené tkáně.

Multi-tumours Tissue Microarrays : multi-tumour TMAs have many different types of tissues aligned on the slide. Multi-nádory Tkáňová Microarrays: multi-nádoru TMAs mají mnoho různých typů tkání souladu se závěrem. The technique was first used by Kononen et al., 1998.˙Kononen used this type of TMA to detect 6 gene amplifications. Tato metoda byla poprvé použita o Kononen et al., 1998. Kononen použit tento typ TMA ke zjišťování 6 genu amplifications. p53 expression was also examined in breast cancer tissue. p53 projevu byla zkoumána také v rakovině prsu tkáně.

Progression Tissue Microarrays : This type of tissue microarray examines different stages of tumour (or disease) progression within a given organ. Progrese Tkáňová Microarrays: Tento typ tkáně Microarray zkoumá různých fázích nádoru (nebo nemoci) progrese v rámci daného orgánu. For example, examination of tumours in the breast. Například vyšetření nádorů v prsu. These slides can then be assayed for markers of interest, or biochemical analysis of the samples can be done. Tyto obrázky pak mohou být pro obsah markerů zájmu, nebo biochemické analýzy vzorků může být provedeno.

Prognosis Tissue Microarrays : Disease samples such as tumour biopsies can be taken from patients and examined. Prognóza Tkáňová Microarrays: Choroba vzorky, jako jsou biopsie nádoru může být převzaty z pacientů a zkoumána. These samples can be used for clinical follow-ups to monitor the patient's progression. Tyto vzorky mohou být použity pro následné klinické-upy sledovat pacienta progrese. Data is then analyzed and compared with other clinical data. Data jsou potom analyzovány a ve srovnání s jinými klinických dat.

Tissue Microarray Software and Bioinformatics : Tkáňová Microarray Software a bioinformatika:

Software Tools for High-Throughput Analysis of Tissue Microarrays: Image Archiving and Data Analysis Softwarové nástroje pro High-throughput Analýza Tkáňová Microarrays: Image Archivace a analýza dat

Contains the following software: Obsahuje následující software:

TMA-Deconvoluter and Stainfinder. TMA-Deconvoluter a Stainfinder. The deconvoluter converts raw scoring worksheets from the 3-D Tissue Microarray layout into a 2-D tabulated table format suitable for further data analysis. Deconvoluter převádí na surový bodování pracovní listy z 3-D Tkáňová Microarray uspořádání do 2-D do tabulek tabulky formát vhodný pro další analýzu dat.

Tissue Array Data Analysis : Software to creating an interactive database for TMA image viewing and data input. Tkáňová Array Analýza dat: software pro vytváření interaktivních databází pro TMA grafické zobrazení a zadávání dat.

TAD : Tissue Array Database Software for Download. TAD: Tkáňová Array databáze software ke stažení.

TMAJ : set of software tools used to manage Tissue MicroArray (TMA) data and information.. TMAJ: sada softwarových nástrojů používaných pro řízení Tkáňová Microarray (TMA) údaje a informace ..

Original Tissue Microarray Reference Papers: Původní Tkáňová Microarray Referenční dokumenty:

Battifora H: The multitumor (sausage) tissue block: novel method for immunohistochemical antibody testing. Battifora H: V multitumor (klobása) tkáňového bloku: nová metoda pro imunohistochemicky protilátka testována. Lab Invest 1986, 55:244-248. Lab Invest 1986, 55:244-248.

Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, Leighton S, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A, Barlund M, Schraml P, S Leighton, Torhorst J, Mihatsch MJ, Sauter G, Kallioniemi OP: Tkáňová microarrays pro vysoce-průchodnost molekulární charakteristiky nádorových vzorků. Nat Med 1998, 4:844-847. Nat Med 1998, 4:844-847.