Microarray Types and Info Microarray Typy a Info

• Learn About Microarrays Získejte informace o Microarrays
• DNA Microarrays DNA Microarrays
• Protein Microarrays Protein Microarrays
• Antibody Microarrays Protilátka Microarrays
• Tissue Microarrays Tkáňová Microarrays

Using Microarrays Použití Microarrays

• Microarray Vendors Microarray Prodejci
• Microarray Software Microarray Software
• Microarray Protocols Microarray protokoly
• Microarray Forums Microarray Fórum
• Contact Us / Advertise Kontakt / Reklama

DNA Microarray Protocols DNA Microarray protokoly	DNA Microarray Bioinformatics DNA Microarray Bioinformatika	Learn about DNA Chips Získejte informace o DNA čipy	DNA Microarray Vendors and Products DNA Microarray Prodejci a produkty	DNA Array Forum DNA Array fórum	DNA Microarray News DNA Microarray Novinky

Short Oligonucleotide DNA Microarrays : Stručný oligonukleotidové DNA Microarrays:

Short Oligonucleotide arrays are created using in-situ photolithographic synthesis Stručný oligonukleotidové pole jsou vytvořeny pomocí in-situ photolithographic syntéza

25-mer oligos are chemically synthesized onto glass slides using photolithographic methods pioneered originally by Affymetrix.ÿ Digitally controlled micro-mirrors are now used in the photolithographic printing technique. 25-mer oligos jsou chemicky syntetizovaných na skleněné diapozitivy pomocí metody photolithographic razil původně ve Affymetrix. Digitálně řízené mikro-zrcátka jsou nyní používány v photolithographic techniky tisku.

Glass slides are coated with synthetic linkers which contain photo-labile chemical groups.ÿ Masks are used to direct light to pre-determined positions on the slide and this removes exposed groups. Skleněné diapozitivy jsou potaženy syntetickou linkers, které obsahují fotografie-labilní chemické skupiny. Masky se používají pro přímé světlo na předvstupní-určeno místa na snímek, což odstraňuje ohrožené skupiny. The unprotected groups can then be coupled with bi-functional deoxy-nucleotide triphosphates dNTPs. Nechráněném skupin pak může být spojen s bi-funkční deoxy-triphosphates nukleotidů dNTPs.

New masks are used in order to direct coupling at other sites until the desired sequences and lengths of oligos are synthesized. Nové masky jsou používány za účelem přímé spoje na jiných stránkách, dokud požadované sekvence a délky oligos jsou syntézou.

An Affymetrix chip can have over 500,000 25-mer oligo probes arrayed on a 1.25x1.25 cm slide! An Affymetrix čip může mít více než 500.000 25-mer oligo sondy seřadil na 1.25x1.25 cm snímek!

Anywhere from 10 to 20 different oligo probes are synthesized for each gene to tile from the 3' end of the mRNA.ÿ There are oligos that are synthesized as perfect matches (designated PM), and mis-match pairs (MM). Kdekoli od 10 do 20 různých oligo sondy jsou syntézou pro každého genu do tašek od 3 'konce tohoto mRNA. Existují oligos, které jsou syntetizované jako perfektní zápasy (určené PM), a mis-match páry (MM).

Each MM pair has a one-base pair mismatch in the centre of the oligo, which allows a control for background noise and allows normalization of cross-hybridization. MM Každý pár má jedno-base pár Neshoda v centru z oligo, který umožňuje kontrolu na pozadí a umožňuje normalizace kříž-hybridizace.

Problems of Short Oligonucleotide DNA Microarrays: Problémy Stručný oligonukleotidové DNA Microarrays:

- Short oligos have cross-hybridization problems -- Krátkodobé oligos mít kříž-hybridizace problémy

- Must therefore use many oligo controls for each gene target -- Proto musí použít mnoho oligo kontroly pro každého genu cíl